TkA08G413640 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G413640

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 105300306-105300851 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

483 bp · TkA08G413640|TK1151|cDNA

ATGAATCTAAGTTCAAATTCAACAGGATTGCACACTCTATTAAGTTCCCCTTTCATGGATCACATACTCTATTTTCTTCAGGATGTTGACATCTCCATTCAAGAATCATCTTTAAAAGCTGCATTTTGGTTAAGTGGAATTTCCGATGATTTCAAGAAAGCTATGGGAGATAAAGAGTTCATGCAAGAACTTGTCAAATTGATAGCCGCAAAGTCGTTTGAAGTTCGAGAAATGGCATCCGAGACCTTATCGAATTTAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

483 bp · TkA08G413640|TK1151|CDS

ATGAATCTAAGTTCAAATTCAACAGGATTGCACACTCTATTAAGTTCCCCTTTCATGGATCACATACTCTATTTTCTTCAGGATGTTGACATCTCCATTCAAGAATCATCTTTAAAAGCTGCATTTTGGTTAAGTGGAATTTCCGATGATTTCAAGAAAGCTATGGGAGATAAAGAGTTCATGCAAGAACTTGTCAAATTGATAGCCGCAAAGTCGTTTGAAGTTCGAGAAATGGCATCCGAGACCTTATCGAATTTAGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

160 aa · TkA08G413640|TK1151|PROTEIN

MNLSSNSTGLHTLLSSPFMDHILYFLQDVDISIQESSLKAAFWLSGISDDFKKAMGDKEFMQELVKLIAAKSFEVREMASETLSNLVSIPKNRRKFVENDQNVTLIMQSIGCNSGRKKILSSGYLKNIEKLADEQVSDARKIVRNLSSNRFVRMIRGFWR

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G413640`
TK1151 ID	TkA08G413640
OH-1004 ID	LXL04_010135
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	56.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 73.750 / OH-1004 22.973 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G413640`
位置	Chr08:105300306-105300851 (+)
描述	Similar to PUB4: U-box domain-containing protein 4
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_010135` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000011 vacuole inheritance 生物过程 GO:0000045 autophagosome assembly 生物过程 GO:0000425 pexophagy 生物过程 GO:0006629 lipid metabolic process 生物过程 GO:0006914 autophagy 生物过程 GO:0016236 macroautophagy 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0031503 protein-containing complex localization 生物过程 GO:0034497 protein localization to phagophore assembly site 生物过程 GO:0034517 ribophagy 生物过程 GO:0034614 cellular response to reactive oxygen species 生物过程 GO:0034727 piecemeal microautophagy of the nucleus 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ago:AGOS_AEL048W ath:AT2G23140 ath:AT5G67340 cgr:2891501 sce:YEL013W 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.435

排名 1 · TkA08G413640 · TK1151

细胞核0.356

排名 2 · TkA08G413640 · TK1151

细胞膜0.135

排名 3 · TkA08G413640 · TK1151

线粒体0.102

排名 4 · TkA08G413640 · TK1151

内质网0.072

排名 5 · TkA08G413640 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24768ARM_ARMC53-114 aa

PF25786HEAT_GCN1_C11-99 aa

PF00514Arm18-37 aa

PF02985HEAT19-40 aa

PF18185STALD32-75 aa

PF25598ARM_PUB35-119 aa

PF00514Arm49-88 aa

PF25151TPR_Trm732_C54-94 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G413640	`PF24768`	ARM_ARMC5	3	114	0.0023	18.1
TkA08G413640	`PF25786`	HEAT_GCN1_C	11	99	0.042	14.6
TkA08G413640	`PF00514`	Arm	18	37	0.00041	21.0
TkA08G413640	`PF02985`	HEAT	19	40	0.014	16.3
TkA08G413640	`PF18185`	STALD	32	75	0.11	12.7
TkA08G413640	`PF25598`	ARM_PUB	35	119	0.0091	16.1
TkA08G413640	`PF00514`	Arm	49	88	0.00041	21.0
TkA08G413640	`PF25151`	TPR_Trm732_C	54	94	0.0051	17.4
TkA08G413640	`PF02985`	HEAT	61	88	0.014	16.3
TkA08G413640	`PF28867`	T26G10_4	75	141	0.091	13.6
TkA08G413640	`PF18185`	STALD	103	148	0.11	12.7
TkA08G413640	`PF25786`	HEAT_GCN1_C	118	152	0.042	14.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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