基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
TkA08G390150
当前版本: TK1151
染色体: Chr08
坐标: 99506635-99511840
链方向: +
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA3230 bp · TkA08G390150|TK1151|cDNA
AAGTGCAAGACTTTTATTTATAAACGGATAATATATATTTTTTTCCCTTCTACGCAGGAGAGATCTCTCTCGTTAAGCTTCTAGGGTTTTAAGAAGGCATTTTCTAATGGTTACAGTGTCGATGGATCTTTGAAGAGTCCTTTTGGGTTTTCAAAATTTAGATTTTGCTATTGTAAATTACAAGTACGTAATCTCACCACATACAAACTTTCATCAATGTCGATTCCAAGCGACTTGTATCCAAGCCAAGACGATCTTCT...
CDS
下载 CDS FASTA2760 bp · TkA08G390150|TK1151|CDS
ATGTCGATTCCAAGCGACTTGTATCCAAGCCAAGACGATCTTCTGTACGAGGAAGAACTCCTCAGAAACCCCTTTAGTCTGAAGCTATGGTGGCGTTACTTAATTGCACGAACCGAATCTCCCTTCAAGAAAAGAGCCGTAATCTACGAACGAGCGCTCAAAGCTCTTCCCGGAAGCTACAAACTATGGCATGCTTACCTCCGCGAACGCCTCGAATTGGTACGTAATTTACCCATTTCTCACTCACAATACCAAACCCT...
919 aa · TkA08G390150|TK1151|PROTEIN
MSIPSDLYPSQDDLLYEEELLRNPFSLKLWWRYLIARTESPFKKRAVIYERALKALPGSYKLWHAYLRERLELVRNLPISHSQYQTLNNTFERALVTMHKMPRIWFMYLTSLTEQKLVTRTRRTFDRALCALPVTQHERIWDPYLVFVSQRGVPIETSLRVYRRYLKYDPGHIENLIEFLLNSGLWQEAAERLAGVLNDDRFYSIKGKTKHRLWLELCDLLTQHATEISGLNVDAIIRGGIRKFTDEVGRLWTSLADYYI...
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | TkA08G390150 |
|---|---|
| TK1151 ID | TkA08G390150 |
| OH-1004 ID | LXL04_034458 |
| 关系 / 置信度 | 跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系 |
| 蛋白一致性 (%) | 98.300 |
| 蛋白覆盖度 (%) | TK1151 100.000 / OH-1004 100.000覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。 |
| 版本 | TK1151 / GWHBCHF00000000 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | TkA08G390150 |
|---|---|
| 位置 | Chr08:99506635-99511840 (+) |
| 描述 | Similar to Xab2: Pre-mRNA-splicing factor SYF1 |
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 | |
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · |
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0000349 generation of catalytic spliceosome for first transesterification step 生物过程 GO:0000381 regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0006281 DNA repair 生物过程 GO:0006283 transcription-coupled nucleotide-excision repair 生物过程 GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0008380 RNA splicing 生物过程 GO:0000974 Prp19 complex 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分 GO:0016020 membrane 细胞组分 |
| KEGG 基因交叉引用 | ddi:DDB_G0277977 dme:Dmel_CG6197 hsa:56949 mmu:67439 rno:245976 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞核0.929
细胞质0.131
细胞膜0.019
线粒体0.016
内质网0.012
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF23233HAT_Syf1_CNRKL1_N12-170 aaPF23240HAT_PRP39_N16-144 aaPF05843Suf16-121 aaPF23241HAT_PRP39_C27-68 aaPF13429TPR_1535-67 aaPF29376PRP6_TPR42-131 aaPF13428TPR_1446-67 aaPF14559TPR_1948-64 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| TkA08G390150 | PF23233 | HAT_Syf1_CNRKL1_N | 12 | 170 | 4e-73 | 245.2 |
| TkA08G390150 | PF23240 | HAT_PRP39_N | 16 | 144 | 4.5e-30 | 105.6 |
| TkA08G390150 | PF05843 | Suf | 16 | 121 | 1.1e-13 | 51.3 |
| TkA08G390150 | PF23241 | HAT_PRP39_C | 27 | 68 | 2.8e-28 | 99.5 |
| TkA08G390150 | PF13429 | TPR_15 | 35 | 67 | 5.3e-07 | 30.1 |
| TkA08G390150 | PF29376 | PRP6_TPR | 42 | 131 | 3.4e-16 | 59.7 |
| TkA08G390150 | PF13428 | TPR_14 | 46 | 67 | 8.4e-22 | 76.2 |
| TkA08G390150 | PF14559 | TPR_19 | 48 | 64 | 4e-07 | 31.0 |
| TkA08G390150 | PF07719 | TPR_2 | 49 | 57 | 1e-06 | 29.1 |
| TkA08G390150 | PF23240 | HAT_PRP39_N | 80 | 169 | 4.5e-30 | 105.6 |
| TkA08G390150 | PF23241 | HAT_PRP39_C | 80 | 178 | 2.8e-28 | 99.5 |
| TkA08G390150 | PF23231 | HAT_Syf1_CNRKL1_C | 90 | 165 | 1e-189 | 631.1 |
| TkA08G390150 | PF13429 | TPR_15 | 100 | 174 | 5.3e-07 | 30.1 |
| TkA08G390150 | PF23055 | DUF7041 | 100 | 137 | 0.18 | 12.9 |
| TkA08G390150 | PF13428 | TPR_14 | 102 | 133 | 8.4e-22 | 76.2 |
| TkA08G390150 | PF13432 | TPR_16 | 158 | 191 | 0.077 | 14.2 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
没有找到该查询的结果。