TkA08G362630 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G362630

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 92904970-92905344 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

375 bp · TkA08G362630|TK1151|cDNA

ATGAAATTAAAAGCATTCGGAGATAGCAGAGTAGAAAAATTGAAGAGTTTCATGGGAAAATCATACGCAAAGTCTCCAAAATCAAAGTTGCGGATAATCGGGGTCACTACGGCGGTGCTGTTATGGACTTTTGTAGTTCAATTAACAGCAATAGGGGATGCTTGGGGACCTATGGTTTTGAAAGGTTGGGCTTCTCACAGTTCTCTTTCTGCTACTGATTATGATGTCAAATTATTACCCATTGTTCCTGCTAGAGTTCT...

CDS

下载 CDS FASTA

375 bp · TkA08G362630|TK1151|CDS

ATGAAATTAAAAGCATTCGGAGATAGCAGAGTAGAAAAATTGAAGAGTTTCATGGGAAAATCATACGCAAAGTCTCCAAAATCAAAGTTGCGGATAATCGGGGTCACTACGGCGGTGCTGTTATGGACTTTTGTAGTTCAATTAACAGCAATAGGGGATGCTTGGGGACCTATGGTTTTGAAAGGTTGGGCTTCTCACAGTTCTCTTTCTGCTACTGATTATGATGTCAAATTATTACCCATTGTTCCTGCTAGAGTTCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

124 aa · TkA08G362630|TK1151|PROTEIN

MKLKAFGDSRVEKLKSFMGKSYAKSPKSKLRIIGVTTAVLLWTFVVQLTAIGDAWGPMVLKGWASHSSLSATDYDVKLLPIVPARVLPRVSYLLLLLLETCCHIITNWHLPNLVILMVKNKGVQ

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G362630`
TK1151 ID	TkA08G362630
OH-1004 ID	LXL04_034124
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.161 / OH-1004 36.760 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G362630

位置 Chr08:92904970-92905344 (+)

描述 Similar to RRT1: Rhamnogalacturonan I rhamnosyltransferase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g02250`	参与种子外皮黏液中鼠李半乳糖醛酸I（RG-I）低聚糖形成的糖基转移酶，这是具有丰富RG-I的特化细胞壁（通过相似性）。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034124 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006004 fucose metabolic process 生物过程

GO:0007155 cell adhesion 生物过程

GO:0010214 seed coat development 生物过程

GO:0010395 rhamnogalacturonan I metabolic process 生物过程

GO:0045489 pectin biosynthetic process 生物过程

GO:0071555 cell wall organization 生物过程

GO:0080157 regulation of plant-type cell wall organization or biogenesis 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G14020

ath:AT2G03280

ath:AT3G02250

ath:AT5G01100

ath:AT5G15740

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.308

排名 1 · TkA08G362630 · TK1151

线粒体0.225

排名 2 · TkA08G362630 · TK1151

细胞质0.152

排名 3 · TkA08G362630 · TK1151

细胞核0.143

排名 4 · TkA08G362630 · TK1151

高尔基体0.137

排名 5 · TkA08G362630 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

没有找到该查询的结果。

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93ZR8`	拟南芥	sp\|Q93ZR8\|RRT2_ARATH Rhamnogalacturonan I rhamnosyltransferase 1	43.100%	Swiss-Prot	中等置信

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