TkA08G361690 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G361690

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 92679771-92686564 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3695 bp · TkA08G361690|TK1151|cDNA

TAGACGTATGACTCAAATTGAGTAAATTTTTGTACGCGATTCAGATTTTATTGAGGGTAAAAGCACGTCTTTAATGACATATTGTATTTACCAAAAAGTTGTGTTGTTTTTGGCGCCAATTTCACTCCTGGTTCTTCTTTGACGAGACCTCTCTTCGTGATGATATCTTCTTCTTGATACGGACCTGCAAACCCTAGTTCTCTCCAAGATACTCTAAATTCAACTGATAACCAAGTTGATTGAAGCTCCAAAGAATGGGC...

CDS

下载 CDS FASTA

3156 bp · TkA08G361690|TK1151|CDS

ATGGGCGAACCCCGAGCTAAGCGTCCGAAAATCAGCAGGGGCGCAGATGATTACTTACCAGGAAACATAGTTGAAATTGAGATCCACAACTTCATGACTTTCAATCATCTTGTATGCAAGCCTGGTTCTCGCTTGAATCTTGTCATTGGTCCAAATGGATCCGGTAAAAGCTCTCTGGTGTGTGCAATTGCTCTTGGTTTAGGTGGTGAACCTCAGCTTTTGGGAAGGGCAGGGACTGTTGGTGCATTTGTGAAACGTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1051 aa · TkA08G361690|TK1151|PROTEIN

MGEPRAKRPKISRGADDYLPGNIVEIEIHNFMTFNHLVCKPGSRLNLVIGPNGSGKSSLVCAIALGLGGEPQLLGRAGTVGAFVKRGEESGYTKITLRGDTPNEKLIITRKIDSRNKSDWLFNGRTVSKKEILEVIQKFNIQVNNLTQFLPQDRVCEFAKLSPVRLLEETEKAVGDPQLPVLHRALVDTSAEVQRSEQAVEKNKETLSQLKALNAEQERDVERVRQRDELLAKAESMKKKLPWLKYDMKKAEYLEAKELE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G361690`
TK1151 ID	TkA08G361690
OH-1004 ID	LXL04_034120
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	98.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G361690

位置 Chr08:92679771-92686564 (+)

描述 Similar to SMC5: Structural maintenance of chromosomes protein 5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g15920`	SMC5-SMC6 复合物的核心成分，可在 DNA 损伤后促进姐妹染色单体对齐，并通过姐妹染色单体之间的同源重组促进双链 DNA 断裂修复。	The STRUCTURAL MAINTENANCE OF CHROMOSOMES 5/6 complex promotes sister chromatid alignment and homologous recombination after DNA damage in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.060525

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034120 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000722 telomere maintenance via recombination 生物过程

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0006974 DNA damage response 生物过程

GO:0007059 chromosome segregation 生物过程

GO:0007062 sister chromatid cohesion 生物过程

GO:0016925 protein sumoylation 生物过程

GO:0018393 internal peptidyl-lysine acetylation 生物过程

GO:0019827 stem cell population maintenance 生物过程

GO:0030261 chromosome condensation 生物过程

GO:0032204 regulation of telomere maintenance 生物过程

GO:0034184 positive regulation of maintenance of mitotic sister chromatid cohesion 生物过程

GO:0044772 mitotic cell cycle phase transition 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G15920

dre:566749

hsa:23137

mmu:226026

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.885

排名 1 · TkA08G361690 · TK1151

细胞质0.192

排名 2 · TkA08G361690 · TK1151

线粒体0.034

排名 3 · TkA08G361690 · TK1151

细胞膜0.027

排名 4 · TkA08G361690 · TK1151

内质网0.014

排名 5 · TkA08G361690 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02463SMC_N23-989 aa

PF13555AAA_2925-65 aa

PF13476AAA_2326-268 aa

PF00005ABC_tran39-64 aa

PF13191AAA_1640-64 aa

PF13304AAA_2145-81 aa

PF01191RNA_pol_Rpb5_C126-162 aa

PF20292MC7131-147 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G361690	`PF02463`	SMC_N	23	989	1.2e-22	81.1
TkA08G361690	`PF13555`	AAA_29	25	65	0.00011	22.6
TkA08G361690	`PF13476`	AAA_23	26	268	4.1e-06	28.3
TkA08G361690	`PF00005`	ABC_tran	39	64	0.14	13.5
TkA08G361690	`PF13191`	AAA_16	40	64	0.34	12.1
TkA08G361690	`PF13304`	AAA_21	45	81	7.9e-07	30.0
TkA08G361690	`PF01191`	RNA_pol_Rpb5_C	126	162	0.62	10.6
TkA08G361690	`PF20292`	MC7	131	147	0.0039	17.9
TkA08G361690	`PF00005`	ABC_tran	215	275	0.14	13.5
TkA08G361690	`PF01191`	RNA_pol_Rpb5_C	226	257	0.62	10.6
TkA08G361690	`PF20292`	MC7	315	333	0.0039	17.9
TkA08G361690	`PF00005`	ABC_tran	387	387	0.14	13.5
TkA08G361690	`PF01191`	RNA_pol_Rpb5_C	391	402	0.62	10.6
TkA08G361690	`PF00005`	ABC_tran	623	694	0.14	13.5
TkA08G361690	`PF13476`	AAA_23	737	834	4.1e-06	28.3
TkA08G361690	`PF13191`	AAA_16	797	815	0.34	12.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LFS8`	拟南芥	sp\|Q9LFS8\|SMC5_ARATH Structural maintenance of chromosomes protein 5	61.700%	Swiss-Prot	高置信

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