TkA08G350480 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G350480

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 89818888-89824258 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1499 bp · TkA08G350480|TK1151|cDNA

GAAAGACCTCAACTTTACATCTTCCCCTTCACTTTTCAGGGAAAAACAAAAATAAAGAGTAGGGTTAGTGTGCCTGATTCACCCCTCCCTCATTCTTTTCTGATTTGAAGGTCCGAGAAAAACAAGAAAAACAAGGTTGTGGTGGTCTATTGCTGATGGTAGCGGGGTAGGGTTATGGGTGTGATTTGTGGCTACTATGGTGTTGGTTTGGCGGTGGTGATGGTGGGATTGAGGGTATCAAACTCCTTTTTATGTGTCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

675 bp · TkA08G350480|TK1151|CDS

ATGAAATCTTCAAATCGCTGTTCAGTTATCATCGTCGGAACCGGAATTTCAGGCATATCGGCAGCGAAGGTATTGGCCCAGAATGGTGTGGAGGACATTTTGATACTTGAAGCGTCGGATAGTATCGGTGGAAGAATAAAAAAGCACAATTTCGGAAACATATCCGTGGAGCTCGGTGCCGGTTGGATCGCCGGTGTTGGTGGAAAAGAACCTAATCCTGTTTGGGAGTTAGCTGCTCAATCCGGTCTTCGTACATGCTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

224 aa · TkA08G350480|TK1151|PROTEIN

MKSSNRCSVIIVGTGISGISAAKVLAQNGVEDILILEASDSIGGRIKKHNFGNISVELGAGWIAGVGGKEPNPVWELAAQSGLRTCFSDYSNARYNIYDRSGEIFPSGVAGDTYKKAVESAIEKLRTDQDSLLAADVSDDPQLSTIPKTPIELAIDFNLQDFEMAEVEPISTYVDFGEREYLVAEERGYEYLLYKMAEEFLFTSDGKIFDNRLKLNTVSLQNLP

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G350480`
TK1151 ID	TkA08G350480
OH-1004 ID	LXL04_034075
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	95.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.321 / OH-1004 44.764 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G350480

位置 Chr08:89818888-89824258 (+)

描述 Similar to PAO1: Polyamine oxidase 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g13700`	涉及多胺逆转作用的黄素酶。	Heterologous expression and biochemical characterization of a polyamine oxidase from Arabidopsis involved in polyamine back conversion.2006 · DOI: 10.1104/pp.106.080911 Characterization of five polyamine oxidase isoforms in Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.1007/s00299-010-0881-1 Functional diversity inside the Arabidopsis polyamine oxidase gene family.2011 · DOI: 10.1093/jxb/erq341 Reducing Cytoplasmic Polyamine Oxidase Activity in Arabidopsis Increases Salt and Drought Tolerance by Reducing Reactive Oxygen Species Production and Increasing Defense Gene Expression.2016 · DOI: 10.3389/fpls.2016.00214
`At2g43020`	涉及多胺逆转作用的黄素酶。	Characterization of five polyamine oxidase isoforms in Arabidopsis thaliana.2010 · DOI: 10.1007/s00299-010-0881-1 Functional diversity inside the Arabidopsis polyamine oxidase gene family.2011 · DOI: 10.1093/jxb/erq341 POLYAMINE OXIDASE2 of Arabidopsis contributes to ABA mediated plant developmental processes.2015 · DOI: 10.1016/j.plaphy.2015.08.003

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os09g0368200`	黄素酶，参与多胺的回转化（基于相似性）。	暂无已核实直接文献
`Os09g0368500`	涉及多胺逆转作用的黄素酶。	Polyamine oxidase 7 is a terminal catabolism-type enzyme in Oryza sativa and is specifically expressed in anthers.2014 · DOI: 10.1093/pcp/pcu047

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_034075 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006598 polyamine catabolic process 生物过程

GO:0046203 spermidine catabolic process 生物过程

GO:0046208 spermine catabolic process 生物过程

GO:1903602 thermospermine catabolic process 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009505 plant-type cell wall 细胞组分

GO:0048046 apoplast 细胞组分

GO:0046592 polyamine oxidase activity 分子功能

GO:0050660 flavin adenine dinucleotide binding 分子功能

GO:0052897 N8-acetylspermidine:oxygen oxidoreductase (propane-1,3-diamine-forming) activity 分子功能

GO:0052900 spermine oxidase (propane-1,3-diamine-forming) activity 分子功能

GO:0052901 spermine oxidase activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G13700

dosa:Os09g0368200

dosa:Os09g0368500

zma:541983

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.347

排名 1 · TkA08G350480 · TK1151

质体0.276

排名 2 · TkA08G350480 · TK1151

过氧化物酶体0.169

排名 3 · TkA08G350480 · TK1151

细胞核0.158

排名 4 · TkA08G350480 · TK1151

细胞外0.092

排名 5 · TkA08G350480 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01488Shikimate_DH4-36 aa

PF00899ThiF5-35 aa

PF01946Thi47-45 aa

PF01494FAD_binding_37-35 aa

PF07992Pyr_redox_28-36 aa

PF03486HI0933_like8-48 aa

PF06100MCRA8-49 aa

PF00070Pyr_redox8-43 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G350480	`PF01488`	Shikimate_DH	4	36	0.2	12.5
TkA08G350480	`PF00899`	ThiF	5	35	0.24	11.2
TkA08G350480	`PF01946`	Thi4	7	45	2.1e-05	24.6
TkA08G350480	`PF01494`	FAD_binding_3	7	35	0.00028	20.9
TkA08G350480	`PF07992`	Pyr_redox_2	8	36	0.017	15.2
TkA08G350480	`PF03486`	HI0933_like	8	48	0.022	15.0
TkA08G350480	`PF06100`	MCRA	8	49	0.17	11.4
TkA08G350480	`PF00070`	Pyr_redox	8	43	0.2	12.9
TkA08G350480	`PF01266`	DAO	9	106	1.5e-06	28.7
TkA08G350480	`PF12831`	FAD_oxidored	9	45	0.0013	18.8
TkA08G350480	`PF00890`	FAD_binding_2	9	45	0.0021	18.1
TkA08G350480	`PF01134`	GIDA	9	51	0.0095	15.7
TkA08G350480	`PF00743`	FMO-like	9	47	0.16	11.1
TkA08G350480	`PF13738`	Pyr_redox_3	10	45	0.01	15.9
TkA08G350480	`PF13454`	NAD_binding_9	10	46	0.23	12.1
TkA08G350480	`PF13450`	NAD_binding_8	11	77	3.2e-12	47.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FNA2`	拟南芥	sp\|Q9FNA2\|PAO1_ARATH Polyamine oxidase 1	73.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SKX5`	拟南芥	sp\|Q9SKX5\|PAO2_ARATH Polyamine oxidase 2	33.800%	Swiss-Prot	中等置信
`A0A0P0XM10`	水稻	sp\|A0A0P0XM10\|PAO6_ORYSJ Polyamine oxidase 6	36.000%	Swiss-Prot	中等置信
`Q0J290`	水稻	sp\|Q0J290\|PAO7_ORYSJ Polyamine oxidase 7	37.100%	Swiss-Prot	中等置信

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