TkA08G319570 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G319570

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 82568486-82569697 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1212 bp · TkA08G319570|TK1151|cDNA

ATGAACCTTCCTAGTTCAGCCGATTGTCTATCCACCCCACTCCTATCAACCACCACAACCACCACCAGTAGCAGCGACGCCGACGAAAGTCCGGCCACCTCCCACCGTTTCATTCCGTACAATATACCCAAAACACTAAGCTCCTCCTGTTCCTCATACCGGTCACTATCTGTCCTCACCGGCCACGGTGGATCAGTTTCATGTCTGGCCATATGCGGTGAGTTCATCCTCAGCGCCTCCCACGGAAAAGACATCATCGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1212 bp · TkA08G319570|TK1151|CDS

ATGAACCTTCCTAGTTCAGCCGATTGTCTATCCACCCCACTCCTATCAACCACCACAACCACCACCAGTAGCAGCGACGCCGACGAAAGTCCGGCCACCTCCCACCGTTTCATTCCGTACAATATACCCAAAACACTAAGCTCCTCCTGTTCCTCATACCGGTCACTATCTGTCCTCACCGGCCACGGTGGATCAGTTTCATGTCTGGCCATATGCGGTGAGTTCATCCTCAGCGCCTCCCACGGAAAAGACATCATCGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

403 aa · TkA08G319570|TK1151|PROTEIN

MNLPSSADCLSTPLLSTTTTTTSSSDADESPATSHRFIPYNIPKTLSSSCSSYRSLSVLTGHGGSVSCLAICGEFILSASHGKDIIVWQQPDLRQFTKFGQGEGSVKALVTAGNKVFTAHQDSRIRVWKVSRSSENIFRLVDTLPTTKDYLGKFMKQSNYVQTRRHHKRLWIEHADSISCLSVHDGLIYSGSWDKTLKVWRISDLKCLESIKAHDDAINSLIASNGVVYSASADGKIKAWGRTETDPKSSHSLKGILEGH...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G319570`
TK1151 ID	TkA08G319570
OH-1004 ID	LXL04_033958
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G319570

位置 Chr08:82568486-82569697 (-)

描述 Similar to JGB: Protein JINGUBANG

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g26490`	花粉萌发的负调控因子。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033958 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000132 establishment of mitotic spindle orientation 生物过程

GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程

GO:0000281 mitotic cytokinesis 生物过程

GO:0006470 protein dephosphorylation 生物过程

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006935 chemotaxis 生物过程

GO:0007097 nuclear migration 生物过程

GO:0007281 germ cell development 生物过程

GO:0009846 pollen germination 生物过程

GO:0016055 Wnt signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0031023 microtubule organizing center organization 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G26490

ddi:DDB_G0290687

mmu:103583

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.562

排名 1 · TkA08G319570 · TK1151

细胞质0.309

排名 2 · TkA08G319570 · TK1151

细胞膜0.128

排名 3 · TkA08G319570 · TK1151

溶酶体／液泡0.052

排名 4 · TkA08G319570 · TK1151

内质网0.048

排名 5 · TkA08G319570 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24017Beta-prop_SCAP47-241 aa

PF25047Beta-prop_TEP1_2nd51-88 aa

PF25171Beta-prop_WDR36-Utp21_1st51-133 aa

PF25172Beta-prop_WDR3_2nd52-91 aa

PF25173Beta-prop_WDR3_1st54-132 aa

PF24796WDR5554-89 aa

PF00400WD4055-88 aa

PF23381Beta-prop_IFT122_1st55-136 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G319570	`PF24017`	Beta-prop_SCAP	47	241	3.8e-09	36.6
TkA08G319570	`PF25047`	Beta-prop_TEP1_2nd	51	88	3.7e-19	69.6
TkA08G319570	`PF25171`	Beta-prop_WDR36-Utp21_1st	51	133	5e-11	43.2
TkA08G319570	`PF25172`	Beta-prop_WDR3_2nd	52	91	8.9e-22	78.4
TkA08G319570	`PF25173`	Beta-prop_WDR3_1st	54	132	6.4e-25	88.6
TkA08G319570	`PF24796`	WDR55	54	89	1.3e-11	44.9
TkA08G319570	`PF00400`	WD40	55	88	2.9e-32	110.4
TkA08G319570	`PF23381`	Beta-prop_IFT122_1st	55	136	2.8e-22	80.1
TkA08G319570	`PF25047`	Beta-prop_TEP1_2nd	58	130	3.7e-19	69.6
TkA08G319570	`PF25175`	Beta-prop_WDR5	59	243	1.1e-26	94.5
TkA08G319570	`PF24805`	EIF3I	59	132	3.7e-08	33.6
TkA08G319570	`PF30361`	TRM82_WD	60	101	0.21	11.1
TkA08G319570	`PF25048`	Beta-prop_TEP1_C	62	107	8.8e-21	74.4
TkA08G319570	`PF20426`	NBCH_WD40	64	131	2.1e-06	27.6
TkA08G319570	`PF24814`	WD40_Prp19	65	134	7.7e-23	81.7
TkA08G319570	`PF24817`	WD40_WDHD1_1st	65	89	1.5e-13	51.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O48716`	拟南芥	sp\|O48716\|JGB_ARATH Protein JINGUBANG	30.500%	Swiss-Prot	中等置信

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