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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G297730
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 77157336-77160005 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2225 bp · TkA08G297730|TK1151|cDNA

ACAAGGTTTACCTACTTCCAACCTCAGCTCTCCCCCAACCATCTTCTGCTCCTCCCATATGTCGCCACTGCCGCCCCTTTAATCTCTTTAGAAAAATCCAACAACGACCCTGCCTTCCCCATCTCCTCCGATTGCCACCGTATCCATGTATCTTCACCAAATTTAAAAGACATGTCTTCTTCAGGGGTCAACCTTGAAATTTATGTAATTCCGTTGGAGGAAATCAATCGTGCCACCGAAAACTTCATTCAAGAAAGATG...

CDS

下载 CDS FASTA

1902 bp · TkA08G297730|TK1151|CDS

ACAAGGTTTACCTACTTCCAACCTCAGCTCTCCCCCAACCATCTTCTGCTCCTCCCATATGTCGCCACTGCCGCCCCTTTAATCTCTTTAGAAAAATCCAACAACGACCCTGCCTTCCCCATCTCCTCCGATTGCCACCGTATCCATGTATCTTCACCAAATTTAAAAGACATGTCTTCTTCAGGGGTCAACCTTGAAATTTATGTAATTCCGTTGGAGGAAATCAATCGTGCCACCGAAAACTTCATTCAAGAAAGATG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

633 aa · TkA08G297730|TK1151|PROTEIN

TRFTYFQPQLSPNHLLLLPYVATAAPLISLEKSNNDPAFPISSDCHRIHVSSPNLKDMSSSGVNLEIYVIPLEEINRATENFIQERCIGGGGFGLVYKGQLSDRWQNRTAAIKRLGRDSCQGEHEFRTELEMISTFHHENIISFIGYCDEGNEMILVYDYAINGSLDHHLQDPSKMCCITWTQRLKICIEAARGLNYLHSGLGEHNRVIHRDVKSSNILLDENLVAKICDFGLSKVGPRNQPDTQLYTRVAGTQFYLDPT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G297730
TK1151 IDTkA08G297730
OH-1004 IDLXL04_033671
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)98.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 63.507 / OH-1004 67.563
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G297730
位置Chr08:77157336-77160005 (-)
描述Similar to PUB13: U-box domain-containing protein 13
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g59700 可能的受体样蛋白激酶 At5g59700。 暂无已核实直接文献
At3g46290 营养生长过程中细胞伸长所需的受体样蛋白激酶，主要以油菜素甾醇 独立的方式进行。
Three related receptor-like kinases are required for optimal cell elongation in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1073/pnas.0812346106
At5g39000 推测的受体样蛋白激酶At5g39000。 暂无已核实直接文献
At5g38990 可能的受体样蛋白激酶At5g38990。 暂无已核实直接文献
At2g39360 可能的受体样蛋白激酶 At2g39360。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033671 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0007166 cell surface receptor signaling pathway 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程
GO:0050777 negative regulation of immune response 生物过程
GO:2000028 regulation of photoperiodism, flowering 生物过程
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0004842 ubiquitin-protein transferase activity 分子功能
GO:0061630 ubiquitin protein ligase activity 分子功能
GO:0070696 transmembrane receptor protein serine/threonine kinase binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G28830
ath:AT3G46510
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.505
排名 1 · TkA08G297730 · TK1151
细胞核0.304
排名 2 · TkA08G297730 · TK1151
细胞膜0.299
排名 3 · TkA08G297730 · TK1151
内质网0.048
排名 4 · TkA08G297730 · TK1151
高尔基体0.048
排名 5 · TkA08G297730 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069Pkinase84-354 aa
PF07714PK_Tyr_Ser-Thr85-355 aa
PF00514Arm180-198 aa
PF01636APH197-239 aa
PF12330Haspin_kinase210-255 aa
PF25598ARM_PUB382-617 aa
PF13646HEAT_2391-442 aa
PF24768ARM_ARMC5400-554 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G297730PF00069Pkinase843545.9e-45154.4
TkA08G297730PF07714PK_Tyr_Ser-Thr853557.1e-45154.0
TkA08G297730PF00514Arm1801983.6e-36122.7
TkA08G297730PF01636APH1972390.01415.9
TkA08G297730PF12330Haspin_kinase2102550.03713.8
TkA08G297730PF25598ARM_PUB3826174.7e-1763.1
TkA08G297730PF13646HEAT_23914427.5e-0936.5
TkA08G297730PF24768ARM_ARMC54005543e-1866.9
TkA08G297730PF13513HEAT_EZ4064423.1e-0525.1
TkA08G297730PF00514Arm4074463.6e-36122.7
TkA08G297730PF05804KAP4095330.0512.5
TkA08G297730PF06371Drf_GBD4114400.1212.6
TkA08G297730PF04826Arm_24124570.04214.1
TkA08G297730PF02985HEAT4194464e-0524.2
TkA08G297730PF05536Neurochondrin4204720.01914.1
TkA08G297730PF13646HEAT_24215247.5e-0936.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FN92拟南芥sp|Q9FN92|Y5597_ARATH Probable receptor-like protein kinase At5g5970045.900%Swiss-Prot低置信
Q9LX66拟南芥sp|Q9LX66|HERK_ARATH Receptor-like protein kinase HERK 145.800%Swiss-Prot低置信
Q9FID8拟南芥sp|Q9FID8|Y5900_ARATH Putative receptor-like protein kinase At5g3900044.900%Swiss-Prot低置信
Q9FID9拟南芥sp|Q9FID9|Y5389_ARATH Probable receptor-like protein kinase At5g3899044.900%Swiss-Prot低置信
O80623拟南芥sp|O80623|Y2393_ARATH Probable receptor-like protein kinase At2g3936041.800%Swiss-Prot低置信

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