TkA08G258780 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G258780

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 67459734-67462874 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2855 bp · TkA08G258780|TK1151|cDNA

AGAAAATCAATGAAAATGTATGCTTTTTTTATCCAAAGTAGATGTTGACTTGGAGAGTTCCTCTATAAAATGCCCTGCTTCCTAATGTGATTATAAATCTAGTCTCACATCAGTCATACATTTCCATCACTTACAATAATGGCTCTTCTCTCCGACTTTGTCAAAGGATCATCTTCTTCATCAATTGATGTATTTGTAAGTTATAGACCTAACGATACTCGTTATGGTTTCACCGATCATCTCCGTAAAGCCCTCCTGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2466 bp · TkA08G258780|TK1151|CDS

ATGGCTCTTCTCTCCGACTTTGTCAAAGGATCATCTTCTTCATCAATTGATGTATTTGTAAGTTATAGACCTAACGATACTCGTTATGGTTTCACCGATCATCTCCGTAAAGCCCTCCTGGATTCCAATATCTCTACCTTTGTGGATGATGAAGATATTGAAACCGGAGAATTTCTGAAACCTGAATTGGTGGGTGCGATTAAAGCATCTAGGGCTTCTATTATCGTGTTTTCCAATAACTACGCGGATTCAGCATGGTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

821 aa · TkA08G258780|TK1151|PROTEIN

MALLSDFVKGSSSSSIDVFVSYRPNDTRYGFTDHLRKALLDSNISTFVDDEDIETGEFLKPELVGAIKASRASIIVFSNNYADSAWCLDELVLILEQHRESNQLVIPIFYHVDPRHIRHQTDTIAVAMTKHSKYMMAEKDAEKNRVAAQRLNGWIQALSALASLAGIKWECSDRLESEFIKEVVKYICRRLHVPKWSAMPQLIGIDDSIKYVTSWLKDGSSDILAILGMGGIGKTSLARYVYGLHSYDFDTSSFIGDIGT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G258780`
TK1151 ID	TkA08G258780
OH-1004 ID	LXL04_033531
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	58.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.635 / OH-1004 42.943 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G258780

位置 Chr08:67459734-67462874 (-)

描述 Similar to PYRD: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g12010`	参与植物防御的 TIR-NB-LRR 受体样蛋白。	Matching NLR Immune Receptors to Autoimmunity in camta3 Mutants Using Antimorphic NLR Alleles.2017 · DOI: 10.1016/j.chom.2017.03.005

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033531 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006207 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process 生物过程

GO:0006225 UDP biosynthetic process 生物过程

GO:0009220 pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process 生物过程

GO:0009410 response to xenobiotic stimulus 生物过程

GO:0031000 response to caffeine 生物过程

GO:0042594 response to starvation 生物过程

GO:0044205 'de novo' UMP biosynthetic process 生物过程

GO:0090140 regulation of mitochondrial fission 生物过程

GO:1903576 response to L-arginine 生物过程

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G23300

azc:AZC_4640

dosa:Os04g0676300

mmu:56749

rno:65156

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.386

排名 1 · TkA08G258780 · TK1151

细胞质0.377

排名 2 · TkA08G258780 · TK1151

细胞核0.252

排名 3 · TkA08G258780 · TK1151

内质网0.083

排名 4 · TkA08G258780 · TK1151

质体0.041

排名 5 · TkA08G258780 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01582TIR17-191 aa

PF13676TIR_218-114 aa

PF00931NB-ARC207-380 aa

PF01637ATPase_2208-317 aa

PF24883NPHP3_N212-243 aa

PF13191AAA_16218-246 aa

PF13401AAA_22222-316 aa

PF00005ABC_tran222-249 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G258780	`PF01582`	TIR	17	191	9e-38	130.6
TkA08G258780	`PF13676`	TIR_2	18	114	7.5e-16	59.4
TkA08G258780	`PF00931`	NB-ARC	207	380	3.6e-15	56.7
TkA08G258780	`PF01637`	ATPase_2	208	317	1.3e-05	25.8
TkA08G258780	`PF24883`	NPHP3_N	212	243	0.0031	18.5
TkA08G258780	`PF13191`	AAA_16	218	246	0.24	12.6
TkA08G258780	`PF13401`	AAA_22	222	316	0.093	13.8
TkA08G258780	`PF00005`	ABC_tran	222	249	0.22	12.9
TkA08G258780	`PF05729`	NACHT	223	348	0.1	13.1
TkA08G258780	`PF23282`	WHD_ROQ1	450	521	5e-20	72.2
TkA08G258780	`PF13401`	AAA_22	458	520	0.093	13.8
TkA08G258780	`PF13676`	TIR_2	502	551	7.5e-16	59.4
TkA08G258780	`PF13855`	LRR_8	566	584	2.8e-09	37.3
TkA08G258780	`PF25013`	LRR_Zer-1	571	641	0.0005	20.9
TkA08G258780	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	571	584	2.7	8.6
TkA08G258780	`PF23286`	LRR_13	583	602	0.00042	20.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SZ66`	拟南芥	sp\|Q9SZ66\|DSC1_ARATH Disease resistance-like protein DSC1	31.200%	Swiss-Prot	中等置信

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