TkA08G251590 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G251590

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 65685721-65687826 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1422 bp · TkA08G251590|TK1151|cDNA

TTGATTTCTTATTTTCTTCTCTGATTCTATGGAAACACCAATATCAGACACGATTTCTTATTCTTCTGTTTAGATACAGAAATTCGATTTTTGAAGACTAGCCATCTTATTTGTGAAATACCTTCGATACCTGGTTCTGATATACGATTTCTTTGCGAACTTCTGATTCTTTTGAAGACTGAAGTTCGATTCCCTTTTCCATATCACGGGCTCAACCTCGGGTACTTTTGATGGTGAGACGAATCATTTCACGCTCCTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

912 bp · TkA08G251590|TK1151|CDS

ATGGAGGCAAAGGCATCATCTCCCACAGATATTGTTGTCGAGGAATTCAACAAGATAAAGAAAGATTGGGAAGATGGGTATGTTCAAACCCTAGACCACATTCACGCCATCGAACAATACGGGAAATCAAGATCCCCCGGCGACGACGCCAGGAAAGATTCCTTACCCAGATTGAACGGCGTCGCTCAAGACGGACTATCTTTGTTGGTTACGGCACAATTCAATCTCGATCTTTTGGCCCCTCAGCTTCCCACAGATGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

303 aa · TkA08G251590|TK1151|PROTEIN

MEAKASSPTDIVVEEFNKIKKDWEDGYVQTLDHIHAIEQYGKSRSPGDDARKDSLPRLNGVAQDGLSLLVTAQFNLDLLAPQLPTDDHIQKARTLLQSWSKEIQSLRSSLRHANLQAKANMRKAAKEERELLLGGGEESTARRRNLQTKAGMTSAAESITESLRRTRQLMVQEVERSGNTLMAFEESTGVLKKAESEYKGHRSLLTRTRNLLSTMKRQDVLDRIILIVGFLLFSLAVLYVVSKRIGILKLQRKVIGAIKA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G251590`
TK1151 ID	TkA08G251590
OH-1004 ID	LXL04_033338
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G251590`
位置	Chr08:65685721-65687826 (-)
描述	Protein of unknown function
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_033338` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006886 intracellular protein transport 生物过程 GO:0006890 retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum 生物过程 GO:0007029 endoplasmic reticulum organization 生物过程 GO:0014823 response to activity 生物过程 GO:0015031 protein transport 生物过程 GO:0016320 endoplasmic reticulum membrane fusion 生物过程 GO:0042594 response to starvation 生物过程 GO:0090649 response to oxygen-glucose deprivation 生物过程 GO:0005635 nuclear envelope 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005741 mitochondrial outer membrane 细胞组分 GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	hsa:662 mmu:224630 rno:140932 spo:2541996 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.649

排名 1 · TkA08G251590 · TK1151

高尔基体0.223

排名 2 · TkA08G251590 · TK1151

细胞质0.095

排名 3 · TkA08G251590 · TK1151

细胞核0.082

排名 4 · TkA08G251590 · TK1151

细胞膜0.044

排名 5 · TkA08G251590 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF27021BOS1_GOSR2_MEM11-like_N45-134 aa

PF09177STX6_10_61_N87-121 aa

PF03908Sec20103-103 aa

PF27021BOS1_GOSR2_MEM11-like_N144-172 aa

PF03908Sec20154-245 aa

PF09177STX6_10_61_N154-218 aa

PF31148NfeD_C155-175 aa

PF27021BOS1_GOSR2_MEM11-like_N196-219 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G251590	`PF27021`	BOS1_GOSR2_MEM11-like_N	45	134	0.01	16.8
TkA08G251590	`PF09177`	STX6_10_61_N	87	121	8.1	7.8
TkA08G251590	`PF03908`	Sec20	103	103	5.1e-29	100.8
TkA08G251590	`PF27021`	BOS1_GOSR2_MEM11-like_N	144	172	0.01	16.8
TkA08G251590	`PF03908`	Sec20	154	245	5.1e-29	100.8
TkA08G251590	`PF09177`	STX6_10_61_N	154	218	8.1	7.8
TkA08G251590	`PF31148`	NfeD_C	155	175	0.15	12.8
TkA08G251590	`PF27021`	BOS1_GOSR2_MEM11-like_N	196	219	0.01	16.8
TkA08G251590	`PF31148`	NfeD_C	253	281	0.15	12.8
TkA08G251590	`PF09177`	STX6_10_61_N	267	283	8.1	7.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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