TkA08G245980 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G245980

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 64303628-64318394 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1784 bp · TkA08G245980|TK1151|cDNA

TTCCATCTGTATCGTGATCATTAAAAGGAGCGGCCGTTCGATTCTAATCATAAACACCTTCAATTTCAGCTCCTCTTTTTTTGCCTCATTGTTAGCTCTTGCACACTGATGCTTCGGTATATAACAAAACGATGTGCACATGAACTGATGACCGTATCGGAACACATTCCAATCACAGCATCTCAATTGCAGCTCATCTGATCATCATTATCCATTTGAATCTGTCTGATCATCGAATTGGAGATCGAATACATTGTACT...

CDS

下载 CDS FASTA

744 bp · TkA08G245980|TK1151|CDS

ATGATCCTATCAGAAAGATGTTTTGCGATTGTAGATGGAACTGGAAGCAAGAAAGGGCGGTCTAAACCACCCCTCGAGATTGAAAAGCTGGCTGAAATCATTGAAGATTTCAAGATGGTTTTGGTTGTAAGAAATGACTTAAAGATGGGGAAAGGGAAGATTGCTACCCAATGCAGTCACGCAACTTTAGGAATCTATAAAAAGATTCTTCATTGGGCACCTAAAGCTTTAAACAGGTGGGAGATGTGTGGGCAGGTTAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

247 aa · TkA08G245980|TK1151|PROTEIN

MILSERCFAIVDGTGSKKGRSKPPLEIEKLAEIIEDFKMVLVVRNDLKMGKGKIATQCSHATLGIYKKILHWAPKALNRWEMCGQVKVVVKIESEDDMLVLQVLREFNHVNPQDDEEGKEFANTRNLLTLNVAACYLKMGDCRKSIETCNKVLDANPVHVKALYRRGMAYMEVGDYEEARTDFNKMMTIDKSSEVNAKSALLKLKQTEQEVEKKARKQFKGLFDEKPVEIAEVGVTDTVTESKNEGA

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G245980`
TK1151 ID	TkA08G245980
OH-1004 ID	LXL04_016137
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	85.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 96.761 / OH-1004 62.974 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G245980

位置 Chr08:64303628-64318394 (-)

描述 Similar to PAS1: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase PASTICCINO1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g54010`	PPIases 加速蛋白质折叠。	Very-long-chain fatty acids are involved in polar auxin transport and developmental patterning in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.071209 The PASTICCINO genes of Arabidopsis thaliana are involved in the control of cell division and differentiation.1998 · DOI: 10.1242/dev.125.5.909 Mutation in the Arabidopsis PASTICCINO1 gene, which encodes a new FK506-binding protein-like protein, has a dramatic effect on plant development.1998 · DOI: 10.1128/mcb.18.5.3034

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_016137 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006457 protein folding 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009735 response to cytokinin 生物过程

GO:0009736 cytokinin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0009826 unidimensional cell growth 生物过程

GO:0009880 embryonic pattern specification 生物过程

GO:0010629 negative regulation of gene expression 生物过程

GO:0030010 establishment of cell polarity 生物过程

GO:0030154 cell differentiation 生物过程

GO:0042761 very long-chain fatty acid biosynthetic process 生物过程

GO:0048364 root development 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G54010

bta:516595

dme:Dmel_CG1307

hsa:51651

mmu:217057

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.513

排名 1 · TkA08G245980 · TK1151

细胞核0.368

排名 2 · TkA08G245980 · TK1151

线粒体0.127

排名 3 · TkA08G245980 · TK1151

细胞膜0.066

排名 4 · TkA08G245980 · TK1151

内质网0.059

排名 5 · TkA08G245980 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12320SbcD_C26-42 aa

PF01981PTH237-102 aa

PF13374TPR_1049-70 aa

PF13371TPR_957-80 aa

PF25063ARM_TT21_C57-86 aa

PF23914TPR_CcmH_CycH69-90 aa

PF16918PknG_TPR92-189 aa

PF12569NatA_aux_su105-212 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G245980	`PF12320`	SbcD_C	26	42	0.018	16.0
TkA08G245980	`PF01981`	PTH2	37	102	5.7e-23	82.0
TkA08G245980	`PF13374`	TPR_10	49	70	0.069	13.9
TkA08G245980	`PF13371`	TPR_9	57	80	1.4e-06	29.0
TkA08G245980	`PF25063`	ARM_TT21_C	57	86	0.041	14.5
TkA08G245980	`PF23914`	TPR_CcmH_CycH	69	90	0.018	15.6
TkA08G245980	`PF16918`	PknG_TPR	92	189	0.021	14.3
TkA08G245980	`PF12569`	NatA_aux_su	105	212	0.0037	17.0
TkA08G245980	`PF25058`	ARM_TT21	119	170	0.048	14.3
TkA08G245980	`PF12895`	ANAPC3	126	181	0.00014	22.9
TkA08G245980	`PF25063`	ARM_TT21_C	128	205	0.041	14.5
TkA08G245980	`PF13424`	TPR_12	129	154	1.2e-06	29.4
TkA08G245980	`PF10602`	RPN7	129	154	0.039	14.4
TkA08G245980	`PF21033`	RMD1-3	129	158	0.07	13.0
TkA08G245980	`PF14559`	TPR_19	130	164	0.0015	19.5
TkA08G245980	`PF00515`	TPR_1	131	157	1.8e-11	44.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q7DMA9`	拟南芥	sp\|Q7DMA9\|PAS1_ARATH Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase PASTICCINO1	63.900%	Swiss-Prot	中等置信

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