TkA08G239750 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G239750

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 62465081-62467201 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1014 bp · TkA08G239750|TK1151|cDNA

AAAAAATACAAAAATAACTTAGCTTAGGAAAGCATGTATTTTTCATTTCAAACTCGAAGCAATGCATTAACCTCGTCCATTACTTGAACATTCAAGTCTGGTCGGATTAAAATTATCAAACTGTAGGTGTAGGCTAAACGCCGACCCAACTCTCACCCATAAATTGAGCTTGTGACGTTAGAAATTGGGTCCGATCAGGCTTTTCAAAACCCGGATAGGCTGAAGTCATTAGACGGCGACAGTCTGCATTTCAATTTCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

711 bp · TkA08G239750|TK1151|CDS

ATGGAATCGAGAGATCATTTGAGCAAATACAAAGTCGGCTCAGTTCCAACTTTGTACTACATCCCGGACTTCATCTCCGATTCCGATCAAAAACTTCTCCTAAATTATATTTACGCAGCTCCGGTTTCAAAATGGAAGTCTCTGAAAAACAGGAGATTGCAAAATTGGGGAGGGATTGTCCATGAAAAGGGTCTTTTGCCTCAAGATTTACCACCATGGCTGACAAAAATTACAGAAAAAATCAACAAGGAATTGCAATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

237 aa · TkA08G239750|TK1151|PROTEIN

MESRDHLSKYKVGSVPTLYYIPDFISDSDQKLLLNYIYAAPVSKWKSLKNRRLQNWGGIVHEKGLLPQDLPPWLTKITEKINKELQLFHSPINHVLINEYLPNQGIMAHQDGPAYFPVVAILSLGSPVIMDFTPHSSIADSTSNIQETNHGNLQNYPPFSIALMPCSLLVFKDMAYSDYLHAIKDSEIQQYDTAVNASEVENDDGDLKVIHRSATRVSLTCRVVSKVHKNLFRKSVV

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G239750`
TK1151 ID	TkA08G239750
OH-1004 ID	LXL04_033185
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.312 / OH-1004 99.573 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G239750

位置 Chr08:62465081-62467201 (+)

描述 Similar to Alkbh6: Alpha-ketoglutarate-dependent dioxygenase alkB homolog 6

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g20350`	可能作为 RNA 去甲基化酶，结合含 m⁶A 或 m⁵C 修饰的 RNA 并参与去除这些修饰。	Functional Characterization of a Putative RNA Demethylase ALKBH6 in Arabidopsis Growth and Abiotic Stress Responses.2020 · DOI: 10.3390/ijms21186707

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033185 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006950 response to stress 生物过程

GO:0009408 response to heat 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009737 response to abscisic acid 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010187 negative regulation of seed germination 生物过程

GO:1902584 positive regulation of response to water deprivation 生物过程

GO:1905614 negative regulation of developmental vegetative growth 生物过程

GO:1905615 positive regulation of developmental vegetative growth 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G20350

dre:317736

hsa:84964

mmu:233065

xla:495973

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.636

排名 1 · TkA08G239750 · TK1151

细胞质0.525

排名 2 · TkA08G239750 · TK1151

线粒体0.061

排名 3 · TkA08G239750 · TK1151

细胞膜0.033

排名 4 · TkA08G239750 · TK1151

内质网0.028

排名 5 · TkA08G239750 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23613ELP3_N7-42 aa

PF135322OG-FeII_Oxy_218-38 aa

PF135322OG-FeII_Oxy_256-222 aa

PF23613ELP3_N74-97 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G239750	`PF23613`	ELP3_N	7	42	0.19	12.4
TkA08G239750	`PF13532`	2OG-FeII_Oxy_2	18	38	2.2e-11	45.1
TkA08G239750	`PF13532`	2OG-FeII_Oxy_2	56	222	2.2e-11	45.1
TkA08G239750	`PF23613`	ELP3_N	74	97	0.19	12.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SUP1`	拟南芥	sp\|Q9SUP1\|ALKB6_ARATH Alkylated DNA repair protein ALKBH6 homolog	60.800%	Swiss-Prot	高置信

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