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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G219680
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 57410419-57413036 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1553 bp · TkA08G219680|TK1151|cDNA

AAAGCCAATAACTGTTGAGGTAGAAATATTTTGTACATATATTATTCTTTTCAATCAAACTCAATCATGCACTTTTCAATTCAGTCCATCTTTTTTATCTGGTTCATATCCCATTCACTCAACACTACATTCAACTAGCAGATCGCCGCATCTTATTCGTTTATCGCTTCAATTTCTCCTAATCAGCTTTCGTGTTTGTGAAGTTAACGTTTTGAACTTAAATCAAGGCTGTTTCTAAGCTTGTTAGTGTGGTTGTGCGA...

CDS

下载 CDS FASTA

864 bp · TkA08G219680|TK1151|CDS

ATGAAATTCAAATTTTCGTTTCGATATATGTTTAATTTTGCCGATAGTAAATTTGAAGAGAAGAAGAAAAGGAACTCTGAAATGGAGCCGCAAGCGTCACTTCTTCATCTAGAAGTCGGTCATGTAAACGATTCTTCTTTGGTGGAGGTTGCTGGAGGCGATTTTAGTTGCTCAAATCTACAGGAGGAAATGCAAATCAAGGCCACCATTTGTGATGAAATCTTTGATTGCCGCCATTGTCATAACGAAACCCAGAATTC...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

287 aa · TkA08G219680|TK1151|PROTEIN

MKFKFSFRYMFNFADSKFEEKKKRNSEMEPQASLLHLEVGHVNDSSLVEVAGGDFSCSNLQEEMQIKATICDEIFDCRHCHNETQNSLDIDPLHRHDVPRHEVKKGICSLCETEQDVQQNCINWGVTMGKYFCQKCKFFDDDVSKNQYHCDQCGICRTGGQENFFHCDKCGCCYSKVIRDTHVCVERAMHHDCPICSEFLFDTLKDLTILPCGHTMHLDCLKEMEQHHRYSCPVCSKSICDDYQISGESLIMRLKQRLCP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G219680
TK1151 IDTkA08G219680
OH-1004 IDLXL04_025855
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)44.500
蛋白覆盖度 (%)TK1151 80.836 / OH-1004 88.364
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G219680
位置Chr08:57410419-57413036 (+)
描述Similar to RZFP34: Probable E3 ubiquitin-protein ligase RZFP34
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g22920 具有体外 E3 泛素蛋白连接酶活性。
Expression of a gene encoding a rice RING zinc-finger protein, OsRZFP34, enhances stomata opening.2014 · DOI: 10.1007/s11103-014-0217-6
Arabidopsis RZFP34/CHYR1, a Ubiquitin E3 Ligase, Regulates Stomatal Movement and Drought Tolerance via SnRK2.6-Mediated Phosphorylation.2015 · DOI: 10.1105/tpc.15.00321
At5g18650 E3 泛素蛋白连接酶，充当细胞死亡和防御的调节剂。
Arabidopsis ubiquitin ligase MIEL1 mediates degradation of the transcription factor MYB30 weakening plant defence.2013 · DOI: 10.1038/ncomms2479
At1g74770 可能的E3泛素蛋白连接酶，可能调节对铁缺乏的响应，从而有助于铁稳态。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os01g0719100 在酵母细胞中具有反式激活活性。
Expression of a gene encoding a rice RING zinc-finger protein, OsRZFP34, enhances stomata opening.2014 · DOI: 10.1007/s11103-014-0217-6
Os03g0348900 具有体外 E3 泛素蛋白连接酶活性。
Knock-down of stress inducible OsSRFP1 encoding an E3 ubiquitin ligase with transcriptional activation activity confers abiotic stress tolerance through enhancing antioxidant protection in rice.2015 · DOI: 10.1007/s11103-015-0294-1
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025855 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0010255 glucose mediated signaling pathway 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0031398 positive regulation of protein ubiquitination 生物过程
GO:0032436 positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程
GO:0072344 rescue of stalled cytosolic ribosome 生物过程
GO:1900425 negative regulation of defense response to bacterium 生物过程
GO:1902456 regulation of stomatal opening 生物过程
GO:0000151 ubiquitin ligase complex 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT5G18650
ath:AT5G22920
dosa:Os01g0719100
dosa:Os03g0348900
mmu:68098
osa:4324695
osa:4332833
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.540
排名 1 · TkA08G219680 · TK1151
细胞核0.487
排名 2 · TkA08G219680 · TK1151
线粒体0.072
排名 3 · TkA08G219680 · TK1151
内质网0.063
排名 4 · TkA08G219680 · TK1151
细胞膜0.057
排名 5 · TkA08G219680 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05495zf-CHY57-131 aa
PF13639zf-RING_257-83 aa
PF14634zf-RING_562-112 aa
PF13445zf-RING_UBOX71-79 aa
PF15227zf-C3HC4_471-89 aa
PF17123zf-RING_1176-80 aa
PF00097zf-C3HC477-80 aa
PF14570zf-RING_477-85 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G219680PF05495zf-CHY571312.8e-1247.6
TkA08G219680PF13639zf-RING_257839.8e-0832.9
TkA08G219680PF14634zf-RING_5621121.8e-0525.3
TkA08G219680PF13445zf-RING_UBOX71793.3e-0627.7
TkA08G219680PF15227zf-C3HC4_471890.0001922.2
TkA08G219680PF17123zf-RING_1176800.0007419.9
TkA08G219680PF00097zf-C3HC477806.1e-0729.9
TkA08G219680PF14570zf-RING_477850.003917.7
TkA08G219680PF04641Rtf21021150.02914.5
TkA08G219680PF13639zf-RING_21081579.8e-0832.9
TkA08G219680PF15227zf-C3HC4_41081210.0001922.2
TkA08G219680PF14570zf-RING_41081120.003917.7
TkA08G219680PF13445zf-RING_UBOX1191243.3e-0627.7
TkA08G219680PF15227zf-C3HC4_41291530.0001922.2
TkA08G219680PF05495zf-CHY1311732.8e-1247.6
TkA08G219680PF14634zf-RING_51311581.8e-0525.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FFB6拟南芥sp|Q9FFB6|ZFP34_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase RZFP3465.000%Swiss-Prot中等置信
Q8VZK0拟南芥sp|Q8VZK0|MIEL1_ARATH E3 ubiquitin-protein ligase MIEL139.500%Swiss-Prot中等置信
F4HVS0拟南芥sp|F4HVS0|BTSL2_ARATH Zinc finger protein BRUTUS-like At1g7477029.000%Swiss-Prot低置信
Q5JL96水稻sp|Q5JL96|ZFP34_ORYSJ Probable E3 ubiquitin-protein ligase RZFP3453.500%Swiss-Prot高置信
Q10LI1水稻sp|Q10LI1|SRFP1_ORYSJ E3 ubiquitin-protein ligase SRFP146.500%Swiss-Prot中等置信

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