LXL04_025855 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_025855

当前版本: OH-1004 染色体: Chr05 坐标: 117725418-117727015 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

828 bp · LXL04_025855|LXL04_025855|OH1004|cDNA

ATGGAGGTGCCAGCTAATCTCCCTTCAAGTTTTCAAATTCAAGACATCAATTCAAAAGAACCAAAGTCAGAAGTTGTTGATTACGGATGCTGTCACTACCGTAGGAAATGCAAGATAAGGTCCCCTTGTTGTAATGAAATATTTGATTGTCGCCATTGTCATAATGAAGCAAAGAATGACATCAATGTTGATCACAAAGAGAGGCACGCAATCCCTCGCCATCAAATCCAACAAGTTATATGCACCCTTTGTGGTACAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

828 bp · LXL04_025855|LXL04_025855|OH1004|CDS

ATGGAGGTGCCAGCTAATCTCCCTTCAAGTTTTCAAATTCAAGACATCAATTCAAAAGAACCAAAGTCAGAAGTTGTTGATTACGGATGCTGTCACTACCGTAGGAAATGCAAGATAAGGTCCCCTTGTTGTAATGAAATATTTGATTGTCGCCATTGTCATAATGAAGCAAAGAATGACATCAATGTTGATCACAAAGAGAGGCACGCAATCCCTCGCCATCAAATCCAACAAGTTATATGCACCCTTTGTGGTACAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

275 aa · LXL04_025855|LXL04_025855|OH1004|PROTEIN

MEVPANLPSSFQIQDINSKEPKSEVVDYGCCHYRRKCKIRSPCCNEIFDCRHCHNEAKNDINVDHKERHAIPRHQIQQVICTLCGTEQEVRQMCVNCGVCMGKYFCRTCKLFDDDISKLQFHCDGCGICRIGGRENFFHCDKCRCCYSNFLRDSHPCVEGAMHHDCPVCFEYLFDSVDDVTVMPCGHTIHKKCLKEMQQHYQYACPLCFKSVCDMSKVWEKLDMEVAATPMPEFYQNKLIRILCNDCGTNSEVGFHIVAV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_025855`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_025855

位置 Chr05:117725418-117727015 (+)

描述 Similar to RZFP34: Probable E3 ubiquitin-protein ligase RZFP34

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g22920`	具有体外 E3 泛素蛋白连接酶活性。	Expression of a gene encoding a rice RING zinc-finger protein, OsRZFP34, enhances stomata opening.2014 · DOI: 10.1007/s11103-014-0217-6 Arabidopsis RZFP34/CHYR1, a Ubiquitin E3 Ligase, Regulates Stomatal Movement and Drought Tolerance via SnRK2.6-Mediated Phosphorylation.2015 · DOI: 10.1105/tpc.15.00321
`At5g18650`	E3 泛素蛋白连接酶，充当细胞死亡和防御的调节剂。	Arabidopsis ubiquitin ligase MIEL1 mediates degradation of the transcription factor MYB30 weakening plant defence.2013 · DOI: 10.1038/ncomms2479

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0719100`	在酵母细胞中具有反式激活活性。	Expression of a gene encoding a rice RING zinc-finger protein, OsRZFP34, enhances stomata opening.2014 · DOI: 10.1007/s11103-014-0217-6
`Os03g0348900`	具有体外 E3 泛素蛋白连接酶活性。	Knock-down of stress inducible OsSRFP1 encoding an E3 ubiquitin ligase with transcriptional activation activity confers abiotic stress tolerance through enhancing antioxidant protection in rice.2015 · DOI: 10.1007/s11103-015-0294-1

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_025855 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0010255 glucose mediated signaling pathway 生物过程

GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程

GO:0031398 positive regulation of protein ubiquitination 生物过程

GO:0032436 positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0051865 protein autoubiquitination 生物过程

GO:0072344 rescue of stalled cytosolic ribosome 生物过程

GO:1900425 negative regulation of defense response to bacterium 生物过程

GO:1902456 regulation of stomatal opening 生物过程

GO:0000151 ubiquitin ligase complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G18650

ath:AT5G22920

dosa:Os01g0719100

dosa:Os03g0348900

mmu:68098

osa:4324695

osa:4332833

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.586

排名 1 · LXL04_025855 · OH-1004

细胞质0.580

排名 2 · LXL04_025855 · OH-1004

线粒体0.061

排名 3 · LXL04_025855 · OH-1004

细胞膜0.052

排名 4 · LXL04_025855 · OH-1004

内质网0.047

排名 5 · LXL04_025855 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF05495.18zf-CHY30-104 aa

PF13639.13zf-RING_2165-208 aa

PF14634.13zf-RING_5165-208 aa

PF13445.13zf-RING_UBOX166-206 aa

PF00097.32zf-C3HC4166-208 aa

PF13923.13zf-C3HC4_2166-208 aa

PF14599.12zinc_ribbon_6213-271 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_025855	`PF05495.18`	zf-CHY	30	104	2.4e-17	63.8
LXL04_025855	`PF13639.13`	zf-RING_2	165	208	1.4e-08	35.5
LXL04_025855	`PF14634.13`	zf-RING_5	165	208	1.5e-06	28.7
LXL04_025855	`PF13445.13`	zf-RING_UBOX	166	206	2.1e-08	34.7
LXL04_025855	`PF00097.32`	zf-C3HC4	166	208	1.2e-07	32.2
LXL04_025855	`PF13923.13`	zf-C3HC4_2	166	208	4.3e-06	27.1
LXL04_025855	`PF14599.12`	zinc_ribbon_6	213	271	1.6e-25	89.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FFB6`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase RZFP34	66.667%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8VZK0`	拟南芥	E3 ubiquitin-protein ligase MIEL1	55.422%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5JL96`	水稻	Probable E3 ubiquitin-protein ligase RZFP34	70.968%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q10LI1`	水稻	E3 ubiquitin-protein ligase SRFP1	49.388%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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