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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G202950
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 53053574-53055829 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2256 bp · TkA08G202950|TK1151|cDNA

ATGGCTTTTTCCTCTTGTTTAAGTTGCGACCCCTGGACTCTTCCTAAAAACCTAAACCACCCCTCTCTATTTCCCACTCCCACAAAGCTCTCTAACTTCGTCTCCTTCGCATCAACAAAACCCTACGAGCAACTCACCACTTTACCTTCCGAAAAAGAACTCATTGACATCCTACGTCGTGAAAAAGATGAACATTCAGTCCTAAACGCCTTCAAATGGGCTTTAAAACAACCAAGTTTCCAACCCTCTTTATCCATCTA...

CDS

下载 CDS FASTA

2256 bp · TkA08G202950|TK1151|CDS

ATGGCTTTTTCCTCTTGTTTAAGTTGCGACCCCTGGACTCTTCCTAAAAACCTAAACCACCCCTCTCTATTTCCCACTCCCACAAAGCTCTCTAACTTCGTCTCCTTCGCATCAACAAAACCCTACGAGCAACTCACCACTTTACCTTCCGAAAAAGAACTCATTGACATCCTACGTCGTGAAAAAGATGAACATTCAGTCCTAAACGCCTTCAAATGGGCTTTAAAACAACCAAGTTTCCAACCCTCTTTATCCATCTA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

751 aa · TkA08G202950|TK1151|PROTEIN

MAFSSCLSCDPWTLPKNLNHPSLFPTPTKLSNFVSFASTKPYEQLTTLPSEKELIDILRREKDEHSVLNAFKWALKQPSFQPSLSIYEEMLKKLGQVGSIDSIRGVLDDMKKSSCKVAEDTFFILIENFAKFNLYDEAICVLFIMDEEFGVKPGTHTFNFLLNVLVDGNKLKLVEDVHSLMSSSRIKKDVSTYNILIKALCKAHQMRPAVLMMEDMPTHGLTPDEKTYTTLMHGFIEEGNLNGALRIKEQMTSAKCELTN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G202950
TK1151 IDTkA08G202950
OH-1004 IDLXL04_032744
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)100.000
蛋白覆盖度 (%)TK1151 25.433 / OH-1004 25.433
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G202950
位置Chr08:53053574-53055829 (-)
描述Similar to MEE40: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g53700, chloroplastic
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g53700 可能参与雌配子体发育。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032744 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程
GO:0010239 chloroplast mRNA processing 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0009507 chloroplast 细胞组分
GO:0042644 chloroplast nucleoid 细胞组分
GO:0003729 mRNA binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G74580
ath:AT3G53700
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.735
排名 1 · TkA08G202950 · TK1151
质体0.185
排名 2 · TkA08G202950 · TK1151
细胞核0.058
排名 3 · TkA08G202950 · TK1151
细胞质0.032
排名 4 · TkA08G202950 · TK1151
细胞膜0.012
排名 5 · TkA08G202950 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF06239ECSIT_N9-20 aa
PF29070MSC6_N46-206 aa
PF23279TPR_2576-112 aa
PF13812PPR_379-128 aa
PF13041PPR_283-131 aa
PF22330Rib_mS39_PPR84-136 aa
PF01535PPR90-115 aa
PF23276TPR_2490-166 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G202950PF06239ECSIT_N9200.004716.9
TkA08G202950PF29070MSC6_N462062.2e-41142.9
TkA08G202950PF23279TPR_25761120.0007120.4
TkA08G202950PF13812PPR_3791284.5e-80264.4
TkA08G202950PF13041PPR_2831315.3e-195632.3
TkA08G202950PF22330Rib_mS39_PPR841360.001419.2
TkA08G202950PF01535PPR901157.2e-102327.5
TkA08G202950PF23276TPR_24901665.3e-48163.0
TkA08G202950PF17177PPR_long982034.8e-41141.2
TkA08G202950PF10037MRP-S271161653e-2279.9
TkA08G202950PF24760TPR_IF140_C1171424.2e-0731.1
TkA08G202950PF12854PPR_11211391.1e-150489.7
TkA08G202950PF13041PPR_21241665.3e-195632.3
TkA08G202950PF01535PPR1241477.2e-102327.5
TkA08G202950PF29978ATP18_TPR1261671.8e-1144.8
TkA08G202950PF12854PPR_11501641.1e-150489.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LFF1拟南芥sp|Q9LFF1|PP281_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g53700, chloroplastic44.000%Swiss-Prot低置信

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