TkA08G200260 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G200260

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 52273775-52276962 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1972 bp · TkA08G200260|TK1151|cDNA

AAATATCTCATTTCCTCGAAGAAGATCTTTTTTCCCCGTTCTTTTGCTTTTCTTCGATCGTTCGAAAACTCCACTTTCCTTTTACGGAAACTGTCTCGTTGATTCAATTTGACATAAATCATGGTTATACCAGTTTGATTAGTGTATATCGGCTCGAATCTAGCTCAGATGTCTTGTAAATTCATTTAATCTTCCGGAAGCTTTTACGGGTCTACTTATTGCTCAATGATTAGCTTTCCGACCTTTTTTACCATCAACAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1467 bp · TkA08G200260|TK1151|CDS

ATGACCAGTAATGGTGGCAGGGACGAAGGATTTCAAGTGGCGAGCCATGTGAAAGACGATTACATTCAAGATGTTAATGTAGTTGTAGGCAACAAACAAAGTTCACAACTATACAACGAGTTACAGGTCAGTAAAGTTGATGAGAATGTAAACAATGGAAGAGATCCGGTGGTGGTGGTGCACCGGAATATCATATCTCAACCACCACAACCACAGCAAGAGTCCCTGGCTCATTGGGAGAGATTTCTTCATGTTAAATC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

488 aa · TkA08G200260|TK1151|PROTEIN

MTSNGGRDEGFQVASHVKDDYIQDVNVVVGNKQSSQLYNELQVSKVDENVNNGRDPVVVVHRNIISQPPQPQQESLAHWERFLHVKSIKVMLVENDDSTRHIVTALLRNCNYEVIEASNGFQAWKILENLSNHIDIVLTEVVMPSFSGVGLLCKIMRHKTRKNIPVIMMSSHDSMGLVFKCLSKGAVDFLLKPIRKNELKNLWQHVWRRCHSSSGSGSESGTNGQKSVNSKRSDDIESTHDGSDDGSGTQSSWTKQAVEL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G200260`
TK1151 ID	TkA08G200260
OH-1004 ID	LXL04_032710
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	90.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.951 / OH-1004 93.967 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G200260

位置 Chr08:52273775-52276962 (+)

描述 Similar to APRR7: Two-component response regulator-like APRR7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g02810`	CCA1 和 LHY 的转录抑制因子，以及 LWD1 和 LWD2 表达的正调节因子。	Circadian waves of expression of the APRR1/TOC1 family of pseudo-response regulators in Arabidopsis thaliana: insight into the plant circadian clock.2000 · DOI: 10.1093/pcp/pcd043
`At5g60100`	控制光周期开花反应。	Circadian waves of expression of the APRR1/TOC1 family of pseudo-response regulators in Arabidopsis thaliana: insight into the plant circadian clock.2000 · DOI: 10.1093/pcp/pcd043

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2XFB7`	控制光周期开花反应。	暂无已核实直接文献
`Os03g0284100`	控制光周期开花反应。	暂无已核实直接文献
`UniProt: A2YQ93`	控制光周期开花反应。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032710 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000160 phosphorelay signal transduction system 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009736 cytokinin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010017 red or far-red light signaling pathway 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0048511 rhythmic process 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0003677 DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G02810

dosa:Os03g0284100

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.845

排名 1 · TkA08G200260 · TK1151

细胞质0.154

排名 2 · TkA08G200260 · TK1151

细胞膜0.104

排名 3 · TkA08G200260 · TK1151

内质网0.038

排名 4 · TkA08G200260 · TK1151

高尔基体0.017

排名 5 · TkA08G200260 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29701TP_0454_N88-173 aa

PF00072Response_reg90-201 aa

PF29701TP_0454_N384-405 aa

PF06203CCT452-473 aa

PF09425Jas_motif452-470 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G200260	`PF29701`	TP_0454_N	88	173	0.0034	17.9
TkA08G200260	`PF00072`	Response_reg	90	201	1.3e-21	77.6
TkA08G200260	`PF29701`	TP_0454_N	384	405	0.0034	17.9
TkA08G200260	`PF06203`	CCT	452	473	0.00031	21.4
TkA08G200260	`PF09425`	Jas_motif	452	470	0.026	15.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93WK5`	拟南芥	sp\|Q93WK5\|APRR7_ARATH Two-component response regulator-like APRR7	67.800%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LVG4`	拟南芥	sp\|Q9LVG4\|APRR3_ARATH Two-component response regulator-like APRR3	44.500%	Swiss-Prot	中等置信
`A2XFB7`	水稻	sp\|A2XFB7\|PRR73_ORYSI Two-component response regulator-like PRR73	60.100%	Swiss-Prot	低置信
`Q10N34`	水稻	sp\|Q10N34\|PRR73_ORYSJ Two-component response regulator-like PRR73	61.800%	Swiss-Prot	低置信
`A2YQ93`	水稻	sp\|A2YQ93\|PRR37_ORYSI Two-component response regulator-like PRR37	60.400%	Swiss-Prot	低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情