TkA08G181120 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G181120

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 47377572-47378996 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

945 bp · TkA08G181120|TK1151|cDNA

ATGAAAGGCCGAGTCGGAATTATTGGTGAAATCATCTCAATAAACCTCGAAACCATTGAGTTGGTTACAGACCATGGTGAAACTGTTCTTCATCTTGCGGTGAAGTATAACCAGTTTGAGGTTCTAAAACACTTAAAGGAAACAGTGAACATCGTAAAACTCGTGAATGTACAAGACAACGACGGCAGCACCGTGTTACATGTCGCAACAGCCGGAAAACTCACTACAATGGTGACATATCTACTTAAAAGCGGTGTGGA...

CDS

下载 CDS FASTA

945 bp · TkA08G181120|TK1151|CDS

ATGAAAGGCCGAGTCGGAATTATTGGTGAAATCATCTCAATAAACCTCGAAACCATTGAGTTGGTTACAGACCATGGTGAAACTGTTCTTCATCTTGCGGTGAAGTATAACCAGTTTGAGGTTCTAAAACACTTAAAGGAAACAGTGAACATCGTAAAACTCGTGAATGTACAAGACAACGACGGCAGCACCGTGTTACATGTCGCAACAGCCGGAAAACTCACTACAATGGTGACATATCTACTTAAAAGCGGTGTGGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

314 aa · TkA08G181120|TK1151|PROTEIN

MKGRVGIIGEIISINLETIELVTDHGETVLHLAVKYNQFEVLKHLKETVNIVKLVNVQDNDGSTVLHVATAGKLTTMVTYLLKSGVDVNAINQKGYTALDIVESDGSNSSGLQIVPALLEAGAKTCEQLPRTSRDTIKEVVRRISTTHSLDTKRVDSSIHRYRYRKHSHRRSKQIELQHEGLRNARNTITIVAVLIATVTFSAGINPPGGFSQETGKAKIGSKQPFKVFMLCNIMALFLSLGCTLVVLLGLSILLGKQWS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G181120`
TK1151 ID	TkA08G181120
OH-1004 ID	LXL04_032478
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	72.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 88.217 / OH-1004 55.072 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G181120

位置 Chr08:47377572-47378996 (-)

描述 Similar to At5g02620: Ankyrin repeat-containing protein At5g02620

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g12360`	参与耐盐胁迫。	ITN1, a novel gene encoding an ankyrin-repeat protein that affects the ABA-mediated production of reactive oxygen species and is involved in salt-stress tolerance in Arabidopsis thaliana.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2008.03614.x
`At2g01680`	含锚蛋白重复的蛋白 At2g01680。	暂无已核实直接文献
`At5g02620`	含锚蛋白重复序列的蛋白At5g02620。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os01g0837000`	参与耐盐胁迫。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032478 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G01680

ath:AT5G02620

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.640

排名 1 · TkA08G181120 · TK1151

细胞质0.148

排名 2 · TkA08G181120 · TK1151

细胞核0.137

排名 3 · TkA08G181120 · TK1151

内质网0.130

排名 4 · TkA08G181120 · TK1151

溶酶体／液泡0.060

排名 5 · TkA08G181120 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12796Ank_220-46 aa

PF13857Ank_524-45 aa

PF13637Ank_424-43 aa

PF00023Ank25-46 aa

PF13606Ank_325-47 aa

PF12796Ank_230-124 aa

PF13857Ank_555-101 aa

PF13637Ank_455-71 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G181120	`PF12796`	Ank_2	20	46	1.4e-12	48.7
TkA08G181120	`PF13857`	Ank_5	24	45	4.8e-12	46.6
TkA08G181120	`PF13637`	Ank_4	24	43	6e-08	33.5
TkA08G181120	`PF00023`	Ank	25	46	1.4e-11	44.7
TkA08G181120	`PF13606`	Ank_3	25	47	8.2e-08	32.6
TkA08G181120	`PF12796`	Ank_2	30	124	1.4e-12	48.7
TkA08G181120	`PF13857`	Ank_5	55	101	4.8e-12	46.6
TkA08G181120	`PF13637`	Ank_4	55	71	6e-08	33.5
TkA08G181120	`PF00023`	Ank	61	92	1.4e-11	44.7
TkA08G181120	`PF13606`	Ank_3	61	90	8.2e-08	32.6
TkA08G181120	`PF06086`	Pox_A30L_A26L_N	62	83	2.8	8.3
TkA08G181120	`PF13637`	Ank_4	77	102	6e-08	33.5
TkA08G181120	`PF00023`	Ank	95	124	1.4e-11	44.7
TkA08G181120	`PF13606`	Ank_3	95	102	8.2e-08	32.6
TkA08G181120	`PF06086`	Pox_A30L_A26L_N	128	199	2.8	8.3
TkA08G181120	`PF13962`	PGG	180	253	1.5e-22	80.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C7A2`	拟南芥	sp\|Q9C7A2\|ITN1_ARATH Ankyrin repeat-containing protein ITN1	31.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9ZU96`	拟南芥	sp\|Q9ZU96\|Y2168_ARATH Ankyrin repeat-containing protein At2g01680	32.600%	Swiss-Prot	中等置信
`Q6AWW5`	拟南芥	sp\|Q6AWW5\|Y5262_ARATH Ankyrin repeat-containing protein At5g02620	36.500%	Swiss-Prot	低置信
`A2CIR5`	水稻	sp\|A2CIR5\|NPR4_ORYSJ Ankyrin repeat-containing protein NPR4	30.000%	Swiss-Prot	中等置信

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