TkA08G165110 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G165110

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 43129189-43131570 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1709 bp · TkA08G165110|TK1151|cDNA

CCTTATTCCACCTCCCACCAAGAACCAGAAAATATAATATACAAAGAGGCTGCCCATAAGCAGGTCTACAAAACTACTCTTAATTTGATTCGCCTTCCAGTTCCAATTATTCGAAAATGGCGATGGCAAATTTAGCCAGGCGAAAGGCGGTCAATCTGTTCAACACCGTCCCTTCCGAAGCCTTAAGGTATTCCTACTCTCTTTCATCTACCTTCACCAGAGGATTCGCATCAGGATCTGAGGAGAACGATGTCGTCGTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1017 bp · TkA08G165110|TK1151|CDS

ATGGCGATGGCAAATTTAGCCAGGCGAAAGGCGGTCAATCTGTTCAACACCGTCCCTTCCGAAGCCTTAAGGTATTCCTACTCTCTTTCATCTACCTTCACCAGAGGATTCGCATCAGGATCTGAGGAGAACGATGTCGTCGTCATCGGAGGAGGTCCAGGCGGTTACGTCGCCGCGATTAAGGCTGCTCAGCTAGGGCTCAAAACTACTTGTATTGAGAAACGTGGTGCGCTTGGTGGTACTTGCCTCAATGTCGGCTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

338 aa · TkA08G165110|TK1151|PROTEIN

MAMANLARRKAVNLFNTVPSEALRYSYSLSSTFTRGFASGSEENDVVVIGGGPGGYVAAIKAAQLGLKTTCIEKRGALGGTCLNVGCIPSKALLHSSHMYHEAKTTFAKHGVKFDTVEVDLPAMMGQKDKAVSNLTKGIEGLFKKNKVTYIKGSGKFLSPSEISVDTIDGSTTTVTGKNIIIATGSDVKPLPGITIDEKRIVSSTGALALTEIPKRLIVIGAGYIGLEMGSVWGRLGSEVTVVEFAPDIVPSMDGEVRKQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G165110`
TK1151 ID	TkA08G165110
OH-1004 ID	LXL04_032311
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 89.053 / OH-1004 59.369 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G165110

位置 Chr08:43129189-43131570 (+)

描述 Similar to LPD: Dihydrolipoyl dehydrogenase, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g48030`	Lipoamide脱氢酶是甘氨酸脱羧酶（GDC）或甘氨酸裂解系统以及α-酮酸脱氢酶复合体的组成部分。	暂无已核实直接文献
`At3g17240`	Lipoamide脱氢酶是甘氨酸脱羧酶（GDC）或甘氨酸裂解系统以及α-酮酸脱氢酶复合体的组成部分。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032311 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006103 2-oxoglutarate metabolic process 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0019464 glycine decarboxylation via glycine cleavage system 生物过程

GO:0046686 response to cadmium ion 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005759 mitochondrial matrix 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005960 glycine cleavage complex 细胞组分

GO:0045252 oxoglutarate dehydrogenase complex 细胞组分

GO:0045271 respiratory chain complex I 细胞组分

GO:0048046 apoplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ag:AAB30526

ag:AAD53185

ath:AT1G48030

ath:AT3G17240

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.915

排名 1 · TkA08G165110 · TK1151

细胞质0.123

排名 2 · TkA08G165110 · TK1151

细胞核0.074

排名 3 · TkA08G165110 · TK1151

质体0.031

排名 4 · TkA08G165110 · TK1151

细胞膜0.029

排名 5 · TkA08G165110 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13434Lys_Orn_oxgnase29-53 aa

PF01262AlaDh_PNT_C38-75 aa

PF01946Thi443-92 aa

PF01494FAD_binding_344-76 aa

PF07992Pyr_redox_245-293 aa

PF01134GIDA45-186 aa

PF12831FAD_oxidored45-86 aa

PF00890FAD_binding_245-81 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G165110	`PF13434`	Lys_Orn_oxgnase	29	53	0.023	14.6
TkA08G165110	`PF01262`	AlaDh_PNT_C	38	75	4.5e-07	30.2
TkA08G165110	`PF01946`	Thi4	43	92	2.5e-05	24.4
TkA08G165110	`PF01494`	FAD_binding_3	44	76	0.00018	21.5
TkA08G165110	`PF07992`	Pyr_redox_2	45	293	1.9e-53	182.5
TkA08G165110	`PF01134`	GIDA	45	186	8.3e-13	48.9
TkA08G165110	`PF12831`	FAD_oxidored	45	86	9.3e-12	45.7
TkA08G165110	`PF00890`	FAD_binding_2	45	81	5.5e-07	29.8
TkA08G165110	`PF03486`	HI0933_like	45	79	2.4e-05	24.7
TkA08G165110	`PF01266`	DAO	45	88	0.00011	22.6
TkA08G165110	`PF05834`	Lycopene_cycl	45	74	0.0022	17.8
TkA08G165110	`PF00070`	Pyr_redox	46	78	5e-26	91.7
TkA08G165110	`PF03721`	UDPG_MGDP_dh_N	46	73	0.00029	21.3
TkA08G165110	`PF02737`	3HCDH_N	46	75	0.00038	21.1
TkA08G165110	`PF13478`	XdhC_C	46	79	0.058	14.6
TkA08G165110	`PF13738`	Pyr_redox_3	47	79	8.3e-09	35.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M5K3`	拟南芥	sp\|Q9M5K3\|DLDH1_ARATH Dihydrolipoyl dehydrogenase 1, mitochondrial	80.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q9M5K2`	拟南芥	sp\|Q9M5K2\|DLDH2_ARATH Dihydrolipoyl dehydrogenase 2, mitochondrial	79.700%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情