LXL04_032311 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_032311

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 20285752-20288028 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1600 bp · LXL04_032311|LXL04_032311|OH1004|cDNA

ACAAAGAGGCTGCCCATAAGCAGGTCTACAAAACTATTCTTAATTTGATTCGCCTTCCAGTTCCAACTATTCGAAAATGGCGATGGCAAATTTAGCCAGGCGAAAGGCGGTCAATCTGTTCAACACCGTCCCTTCCGAAGCCTTAAGGTATTCCTACTCTCTTTCATCTACCTTCACCAGAGGATTCGCATCAGGATCTGAGGAGAACGATGTCGTTGTCATCGGAGGAGGTCCAGGCGGTTACGTCGCCGCGATTAAGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1524 bp · LXL04_032311|LXL04_032311|OH1004|CDS

ATGGCGATGGCAAATTTAGCCAGGCGAAAGGCGGTCAATCTGTTCAACACCGTCCCTTCCGAAGCCTTAAGGTATTCCTACTCTCTTTCATCTACCTTCACCAGAGGATTCGCATCAGGATCTGAGGAGAACGATGTCGTTGTCATCGGAGGAGGTCCAGGCGGTTACGTCGCCGCGATTAAGGCTGCTCAGCTAGGGCTTAAAACTACTTGTATTGAGAAACGTGGTGCGCTTGGTGGTACTTGCCTCAATGTCGGCTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

507 aa · LXL04_032311|LXL04_032311|OH1004|PROTEIN

MAMANLARRKAVNLFNTVPSEALRYSYSLSSTFTRGFASGSEENDVVVIGGGPGGYVAAIKAAQLGLKTTCIEKRGALGGTCLNVGCIPSKALLHSSHMYHEAKTTFAKHGVKFDTVEVDLPAMMGQKDKAVSNLTKGIEGLFKKNKVTYIKGSGKFLSPSEISVDTIDGSTTTVTGKNIIIATGSDVKPLPGITIDEKRIVSSTGALALTEIPKRLIVIGAGYIGLEMGSVWGRLGSEVTVVEFAPDIVPSMDGEVRKQ...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_032311`
TK1151 ID	TkA08G165110
OH-1004 ID	LXL04_032311
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 89.053 / OH-1004 59.369 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_032311

位置 Chr07:20285752-20288028 (+)

描述 Similar to LPD: Dihydrolipoyl dehydrogenase, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g48030`	Lipoamide脱氢酶是甘氨酸脱羧酶（GDC）或甘氨酸裂解系统以及α-酮酸脱氢酶复合体的组成部分。	暂无已核实直接文献
`At3g17240`	Lipoamide脱氢酶是甘氨酸脱羧酶（GDC）或甘氨酸裂解系统以及α-酮酸脱氢酶复合体的组成部分。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032311 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006103 2-oxoglutarate metabolic process 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0019464 glycine decarboxylation via glycine cleavage system 生物过程

GO:0046686 response to cadmium ion 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005759 mitochondrial matrix 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005960 glycine cleavage complex 细胞组分

GO:0045252 oxoglutarate dehydrogenase complex 细胞组分

GO:0045271 respiratory chain complex I 细胞组分

GO:0048046 apoplast 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ag:AAB30526

ag:AAD53185

ath:AT1G48030

ath:AT3G17240

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.857

排名 1 · LXL04_032311 · OH-1004

细胞质0.189

排名 2 · LXL04_032311 · OH-1004

细胞核0.082

排名 3 · LXL04_032311 · OH-1004

质体0.031

排名 4 · LXL04_032311 · OH-1004

细胞膜0.029

排名 5 · LXL04_032311 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF07992.21Pyr_redox_245-369 aa

PF12831.14FAD_oxidored45-85 aa

PF01134.29GIDA45-186 aa

PF00890.31FAD_binding_245-81 aa

PF13450.13NAD_binding_848-83 aa

PF13738.13Pyr_redox_3167-353 aa

PF00070.34Pyr_redox216-292 aa

PF02852.29Pyr_redox_dim388-497 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_032311	`PF07992.21`	Pyr_redox_2	45	369	3.1e-74	250.7
LXL04_032311	`PF12831.14`	FAD_oxidored	45	85	1.1e-12	48.7
LXL04_032311	`PF01134.29`	GIDA	45	186	5e-12	46.3
LXL04_032311	`PF00890.31`	FAD_binding_2	45	81	1.9e-08	34.7
LXL04_032311	`PF13450.13`	NAD_binding_8	48	83	1.6e-07	32.2
LXL04_032311	`PF13738.13`	Pyr_redox_3	167	353	2.6e-10	40.8
LXL04_032311	`PF00070.34`	Pyr_redox	216	292	2.3e-25	89.6
LXL04_032311	`PF02852.29`	Pyr_redox_dim	388	497	6.2e-41	139.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M5K3`	拟南芥	Dihydrolipoyl dehydrogenase 1, mitochondrial	80.664%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9M5K2`	拟南芥	Dihydrolipoyl dehydrogenase 2, mitochondrial	79.843%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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