TkA08G160990 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G160990

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 42002424-42004579 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1341 bp · TkA08G160990|TK1151|cDNA

ATAGTCATTAATTAATAATGAATAAAGACAAAAAAGTAATAATTTGTCGTCGTTATTCATGTTGATCAAATCCAGGTCTTTCTGGTGATCTCCTTGCCTCCTTTTCACAGGGCTCCCAATCTTCATCGGCCGCCAATTCTTAAAACTCGGTTCACCCCTACGATCCCCGAATGTCTGCAGATAACTCAATCATTCCTTGAAACCTAGGATTTGAAATGGTACATAGAAGAAACCTCTCTGCAAATTGTACTTCGATCCAA...

CDS

下载 CDS FASTA

780 bp · TkA08G160990|TK1151|CDS

ATGCAATTAATGTCAAATGACAATCCAAACGGACGCTCTTCAGAAACAGAACCAATATTAAACGAATCCAGATGTGCTGAAGAAGCCGACAATCATTCATCTACATTTGAAATAAGAACCGAAGGTAGCAGTGACTGTTCCATATCTGTTGAAGACTCACAAACCTCCGAAGCCAATGAAAACACCAGTCTCGTAGCTTCAGACCAACCACAGTGCCGCATATGCCTTGATACAGAAGGGGACGATCTGATTGCACCCTG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

259 aa · TkA08G160990|TK1151|PROTEIN

MQLMSNDNPNGRSSETEPILNESRCAEEADNHSSTFEIRTEGSSDCSISVEDSQTSEANENTSLVASDQPQCRICLDTEGDDLIAPCHCRGTQKYVHRSCLDNWRSTREGFAFSHCTECRAVFILRANVPPDRWWLRLKFQLLVARDHAFIFVIVQLIVAVLGVLVYKFYGDELREMFGYEEHPYGFYTMAVLAIVLVGLLYGFFIAIICGQRINERHYHILAKQELTKEYIVEDREVNKDVKELDPSHVTELRMLGLY

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G160990`
TK1151 ID	TkA08G160990
OH-1004 ID	LXL04_032244
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G160990`
位置	Chr08:42002424-42004579 (+)
描述	Similar to Marchf8: E3 ubiquitin-protein ligase MARCHF8
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_032244` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000209 protein polyubiquitination 生物过程 GO:0002495 antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II 生物过程 GO:0006955 immune response 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0045347 negative regulation of MHC class II biosynthetic process 生物过程 GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0005764 lysosome 细胞组分 GO:0005765 lysosomal membrane 细胞组分 GO:0005768 endosome 细胞组分 GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	bta:540667 hsa:220972 mmu:71779 xla:495072 xtr:448095 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.308

排名 1 · TkA08G160990 · TK1151

高尔基体0.300

排名 2 · TkA08G160990 · TK1151

内质网0.280

排名 3 · TkA08G160990 · TK1151

溶酶体／液泡0.210

排名 4 · TkA08G160990 · TK1151

细胞膜0.200

排名 5 · TkA08G160990 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF12906RINGv18-26 aa

PF13920zf-C3HC4_369-120 aa

PF13639zf-RING_271-120 aa

PF12906RINGv72-119 aa

PF18303Saf_2TM133-209 aa

PF02687FtsX142-214 aa

PF06836DUF1240150-220 aa

PF13639zf-RING_2209-217 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G160990	`PF12906`	RINGv	18	26	7.7e-11	42.7
TkA08G160990	`PF13920`	zf-C3HC4_3	69	120	5.3	7.6
TkA08G160990	`PF13639`	zf-RING_2	71	120	1.5	9.9
TkA08G160990	`PF12906`	RINGv	72	119	7.7e-11	42.7
TkA08G160990	`PF18303`	Saf_2TM	133	209	0.2	12.0
TkA08G160990	`PF02687`	FtsX	142	214	0.0021	18.8
TkA08G160990	`PF06836`	DUF1240	150	220	0.27	12.5
TkA08G160990	`PF13639`	zf-RING_2	209	217	1.5	9.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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