TkA08G158480 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G158480

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 41265393-41265983 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

591 bp · TkA08G158480|TK1151|cDNA

ATGAATCAGATCATGGAACTGAAATTCACCGCGAAGAGCCTCCAACGCCAGGCCAGGAAGTGCGAAAAGGACGAGAAAACCGAGAAACTCAAAGTCAAGAAGGCAATCGAGAAAGGAAACATGGACGGAGCACGAATCTACGCCGAAAACGCAATCCGTAAGCGTAACGAACAGATGAATTACCTCCGTCTAGCCTCTCGCCTCGACGCCGTGGTCGCAAGGCTCGACACACAAGCCAAAATGAACACGATCAGCAAGTC...

CDS

下载 CDS FASTA

591 bp · TkA08G158480|TK1151|CDS

ATGAATCAGATCATGGAACTGAAATTCACCGCGAAGAGCCTCCAACGCCAGGCCAGGAAGTGCGAAAAGGACGAGAAAACCGAGAAACTCAAAGTCAAGAAGGCAATCGAGAAAGGAAACATGGACGGAGCACGAATCTACGCCGAAAACGCAATCCGTAAGCGTAACGAACAGATGAATTACCTCCGTCTAGCCTCTCGCCTCGACGCCGTGGTCGCAAGGCTCGACACACAAGCCAAAATGAACACGATCAGCAAGTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

196 aa · TkA08G158480|TK1151|PROTEIN

MNQIMELKFTAKSLQRQARKCEKDEKTEKLKVKKAIEKGNMDGARIYAENAIRKRNEQMNYLRLASRLDAVVARLDTQAKMNTISKSMGSIVKSLESTLATGNLQKMSETMDQFEQQFVNMEVQAEFMESSMAGSTSLSTPEGEVNSLMQQVADDYGLEVSVGLPQPAAHAVPTKTAEKVDEDDLSRRLAELKARG

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G158480`
TK1151 ID	TkA08G158480
OH-1004 ID	LXL04_032172
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 96.552 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G158480

位置 Chr08:41265393-41265983 (+)

描述 Similar to CHMP1A: ESCRT-related protein CHMP1A

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g73030`	参与 ESCRT 依赖性多囊泡体形成以及将内体货物蛋白分类为 MVB。	The ESCRT-related CHMP1A and B proteins mediate multivesicular body sorting of auxin carriers in Arabidopsis and are required for plant development.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064865 The endosomal protein CHARGED MULTIVESICULAR BODY PROTEIN1 regulates the autophagic turnover of plastids in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1105/tpc.114.135939
`At1g17730`	参与 ESCRT 依赖性多囊泡体形成以及将内体货物蛋白分类为 MVB。	The ESCRT-related CHMP1A and B proteins mediate multivesicular body sorting of auxin carriers in Arabidopsis and are required for plant development.2009 · DOI: 10.1105/tpc.108.064865 The endosomal protein CHARGED MULTIVESICULAR BODY PROTEIN1 regulates the autophagic turnover of plastids in Arabidopsis.2015 · DOI: 10.1105/tpc.114.135939

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os06g0643300`	参与 ESCRT 依赖性多囊泡体 (MVB) 形成以及将内体货物蛋白分类为 MVB。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032172 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000578 embryonic axis specification 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006623 protein targeting to vacuole 生物过程

GO:0006914 autophagy 生物过程

GO:0007080 mitotic metaphase chromosome alignment 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0015031 protein transport 生物过程

GO:0031468 nuclear membrane reassembly 生物过程

GO:0032509 endosome transport via multivesicular body sorting pathway 生物过程

GO:0039702 viral budding via host ESCRT complex 生物过程

GO:0043162 ubiquitin-dependent protein catabolic process via the multivesicular body sorting pathway 生物过程

GO:0045324 late endosome to vacuole transport 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G17730

ath:AT1G73030

ddi:DDB_G0267394

dosa:Os06g0643300

pon:100173638

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.861

排名 1 · TkA08G158480 · TK1151

细胞核0.240

排名 2 · TkA08G158480 · TK1151

细胞膜0.088

排名 3 · TkA08G158480 · TK1151

线粒体0.062

排名 4 · TkA08G158480 · TK1151

内质网0.048

排名 5 · TkA08G158480 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03357Snf74-167 aa

PF23005DUF70325-33 aa

PF03398Ist16-158 aa

PF01025GrpE6-120 aa

PF22085NorB_cytochrome_c-like11-56 aa

PF01725Ham1p_like47-51 aa

PF11101DUF288448-126 aa

PF22085NorB_cytochrome_c-like49-106 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G158480	`PF03357`	Snf7	4	167	1.3e-14	55.0
TkA08G158480	`PF23005`	DUF7032	5	33	0.7	10.4
TkA08G158480	`PF03398`	Ist1	6	158	0.00015	22.4
TkA08G158480	`PF01025`	GrpE	6	120	1.6	9.1
TkA08G158480	`PF22085`	NorB_cytochrome_c-like	11	56	1.4	10.0
TkA08G158480	`PF01725`	Ham1p_like	47	51	0.081	13.5
TkA08G158480	`PF11101`	DUF2884	48	126	0.055	13.8
TkA08G158480	`PF22085`	NorB_cytochrome_c-like	49	106	1.4	10.0
TkA08G158480	`PF23005`	DUF7032	62	80	0.7	10.4
TkA08G158480	`PF23005`	DUF7032	83	114	0.7	10.4
TkA08G158480	`PF22085`	NorB_cytochrome_c-like	93	159	1.4	10.0
TkA08G158480	`PF01725`	Ham1p_like	98	192	0.081	13.5
TkA08G158480	`PF03357`	Snf7	175	193	1.3e-14	55.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SSM4`	拟南芥	sp\|Q9SSM4\|CHM1B_ARATH ESCRT-related protein CHMP1B	90.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q8LE58`	拟南芥	sp\|Q8LE58\|CHM1A_ARATH ESCRT-related protein CHMP1A	88.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q84VG1`	水稻	sp\|Q84VG1\|CHMP1_ORYSJ ESCRT-related protein CHMP1	85.900%	Swiss-Prot	高置信

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