TkA08G158130 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G158130

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 41151010-41152690 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

783 bp · TkA08G158130|TK1151|cDNA

ATGAAGCTCCGGTGGCGTTGGCGCCTAAGTCACCAGCCTGCCTTTGCTCAGAGTTCCAAGGCGGTGGCTGGAGTGGCACCACCGTCGCCGGGTGGAATAGTGGGTGCTGAACAAAGAGCGGCGGAGTGGGGTTTAGTTTTGCAAACAGACACCGAGACCGGTAAGCCACAGGGGGTTAAAGTAAGAACCTCCGGCGAGGATACGAATGTTAAACCTGGTTCAAATCGGAGGGATTCCGGTAATTCCTATCAGAGTTCCAG...

CDS

下载 CDS FASTA

783 bp · TkA08G158130|TK1151|CDS

ATGAAGCTCCGGTGGCGTTGGCGCCTAAGTCACCAGCCTGCCTTTGCTCAGAGTTCCAAGGCGGTGGCTGGAGTGGCACCACCGTCGCCGGGTGGAATAGTGGGTGCTGAACAAAGAGCGGCGGAGTGGGGTTTAGTTTTGCAAACAGACACCGAGACCGGTAAGCCACAGGGGGTTAAAGTAAGAACCTCCGGCGAGGATACGAATGTTAAACCTGGTTCAAATCGGAGGGATTCCGGTAATTCCTATCAGAGTTCCAG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

260 aa · TkA08G158130|TK1151|PROTEIN

MKLRWRWRLSHQPAFAQSSKAVAGVAPPSPGGIVGAEQRAAEWGLVLQTDTETGKPQGVKVRTSGEDTNVKPGSNRRDSGNSYQSSSDISDEEGLGKERGFPRVSEDLKDALSTFQQTFVVSDATKPDYPILYASAGFFKMTGYTSKEVIGRNWWNKMITGSGLTISNKSTEYNSILFWVHKYTSLSISITRATCKCKKVGHTGTLDPMATGLLIVCIGKATKLVDRFQGMVKGYSGVRRLGEATSTLDADSRVSVLLVD

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G158130`
TK1151 ID	TkA08G158130
OH-1004 ID	LXL04_005722
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	95.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 82.692 / OH-1004 47.926 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G158130

位置 Chr08:41151010-41152690 (-)

描述 Similar to PHOT1: Phototropin-1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g45780`	蛋白激酶，在光诱导运动的信号转导途径中作为蓝光（BL）光受体。	RPT2. A signal transducer of the phototropic response in Arabidopsis.2000 · DOI: 10.1105/tpc.12.2.225 Unexpected roles for cryptochrome 2 and phototropin revealed by high-resolution analysis of blue light-mediated hypocotyl growth inhibition.2001 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2001.01038.x Phototropin 1 is required for high-fluence blue-light-mediated mRNA destabilization.2003 · DOI: 10.1023/a:1022393406204 Phot1 and phot2 mediate blue light-induced transient increases in cytosolic Ca2+ differently in Arabidopsis leaves.2003 · DOI: 10.1073/pnas.1336802100 A transgene encoding a blue-light receptor, phot1, restores blue-light responses in the Arabidopsis phot1 phot2 double mutant.2004 · DOI: 10.1093/jxb/erh044 Functional analysis of each blue light receptor, cry1, cry2, phot1, and phot2, by using combinatorial multiple mutants in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1073/pnas.0305984101 RPT2 is a signal transducer involved in phototropic response and stomatal opening by association with phototropin 1 in Arabidopsis thaliana.2004 · DOI: 10.1105/tpc.019901 Biochemical characterization of plasma membrane H+-ATPase activation in guard cell protoplasts of Arabidopsis thaliana in response to blue light.2005 · DOI: 10.1093/pcp/pci104 PHYTOCHROME KINASE SUBSTRATE 1 is a phototropin 1 binding protein required for phototropism.2006 · DOI: 10.1073/pnas.0603799103 In vivo phosphorylation site mapping and functional characterization of Arabidopsis phototropin 1.2008 · DOI: 10.1093/mp/ssm017 An ATP-Binding Cassette Transporter, ABCB19, Regulates Leaf Position and Morphology during Phototropin1-Mediated Blue Light Responses.2020 · DOI: 10.1104/pp.20.00223
`At5g58140`	在光诱导运动的信号传导通路中，作为蓝光光受体的蛋白激酶。	Arabidopsis NPL1: a phototropin homolog controlling the chloroplast high-light avoidance response.2001 · DOI: 10.1126/science.291.5511.2138 Arabidopsis nph1 and npl1: blue light receptors that mediate both phototropism and chloroplast relocation.2001 · DOI: 10.1073/pnas.101137598 Phot1 and phot2 mediate blue light-induced transient increases in cytosolic Ca2+ differently in Arabidopsis leaves.2003 · DOI: 10.1073/pnas.1336802100 A transgene encoding a blue-light receptor, phot1, restores blue-light responses in the Arabidopsis phot1 phot2 double mutant.2004 · DOI: 10.1093/jxb/erh044 Functional analysis of each blue light receptor, cry1, cry2, phot1, and phot2, by using combinatorial multiple mutants in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1073/pnas.0305984101 RPT2 is a signal transducer involved in phototropic response and stomatal opening by association with phototropin 1 in Arabidopsis thaliana.2004 · DOI: 10.1105/tpc.019901 Biochemical characterization of plasma membrane H+-ATPase activation in guard cell protoplasts of Arabidopsis thaliana in response to blue light.2005 · DOI: 10.1093/pcp/pci104 An ATP-Binding Cassette Transporter, ABCB19, Regulates Leaf Position and Morphology during Phototropin1-Mediated Blue Light Responses.2020 · DOI: 10.1104/pp.20.00223

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os12g0101800`	蛋白激酶，在光向性反应的信号转导通路中作为蓝光光受体。	暂无已核实直接文献
`Os11g0102200`	蛋白激酶，在光向性反应的信号转导通路中作为蓝光光受体。	暂无已核实直接文献
`Os04g0304200`	蛋白激酶，在光向性反应的信号转导通路中作为蓝光光受体。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005722 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009637 response to blue light 生物过程

GO:0009638 phototropism 生物过程

GO:0009639 response to red or far red light 生物过程

GO:0009785 blue light signaling pathway 生物过程

GO:0009903 chloroplast avoidance movement 生物过程

GO:0009904 chloroplast accumulation movement 生物过程

GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程

GO:0010155 regulation of proton transport 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0060772 leaf phyllotactic patterning 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G18610

ath:AT3G45780

dosa:Os04g0620700

dosa:Os11g0102200

dosa:Os12g0101800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.407

排名 1 · TkA08G158130 · TK1151

细胞质0.369

排名 2 · TkA08G158130 · TK1151

细胞膜0.159

排名 3 · TkA08G158130 · TK1151

线粒体0.115

排名 4 · TkA08G158130 · TK1151

内质网0.107

排名 5 · TkA08G158130 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13426PAS_9125-156 aa

PF08447PAS_3131-159 aa

PF00989PAS131-153 aa

PF01509TruB_N193-254 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G158130	`PF13426`	PAS_9	125	156	0.00011	23.1
TkA08G158130	`PF08447`	PAS_3	131	159	0.042	14.8
TkA08G158130	`PF00989`	PAS	131	153	0.16	12.7
TkA08G158130	`PF01509`	TruB_N	193	254	1.8e-20	74.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O48963`	拟南芥	sp\|O48963\|PHOT1_ARATH Phototropin-1	69.200%	Swiss-Prot	中等置信
`P93025`	拟南芥	sp\|P93025\|PHOT2_ARATH Phototropin-2	49.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q2QYY8`	水稻	sp\|Q2QYY8\|PHT1A_ORYSJ Phototropin-1A	56.300%	Swiss-Prot	低置信
`Q2RBR1`	水稻	sp\|Q2RBR1\|PHT1B_ORYSJ Phototropin-1B	56.300%	Swiss-Prot	低置信
`Q9ST27`	水稻	sp\|Q9ST27\|PHOT2_ORYSJ Phototropin-2	56.000%	Swiss-Prot	低置信

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