LXL04_005722 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_005722

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 171951330-171953731 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1305 bp · LXL04_005722|LXL04_005722|OH1004|cDNA

ATGTTCAATattgaaactgaatttgcaaagATCTCGGAAAATCTCGCCTGCTTACCCCTTCCCCTATATCCACCTCCATCACTTTCATCGACTTCCAACTACAGTCATCATCGTCGTCATCTCACCTTTTGCAATCGCGGTCTCACCACTTGCTACAGATCCGTTCTTCTGCCAACCACCAGGACACCGCCAACCAGTAGATACACCACCGCAACGAGAGGGTTCAGTTGTCGTCACCAGCCTGCCTTTGCTCAGAGTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1305 bp · LXL04_005722|LXL04_005722|OH1004|CDS

ATGTTCAATATTGAAACTGAATTTGCAAAGATCTCGGAAAATCTCGCCTGCTTACCCCTTCCCCTATATCCACCTCCATCACTTTCATCGACTTCCAACTACAGTCATCATCGTCGTCATCTCACCTTTTGCAATCGCGGTCTCACCACTTGCTACAGATCCGTTCTTCTGCCAACCACCAGGACACCGCCAACCAGTAGATACACCACCGCAACGAGAGGGTTCAGTTGTCGTCACCAGCCTGCCTTTGCTCAGAGTTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

434 aa · LXL04_005722|LXL04_005722|OH1004|PROTEIN

MFNIETEFAKISENLACLPLPLYPPPSLSSTSNYSHHRRHLTFCNRGLTTCYRSVLLPTTRTPPTSRYTTATRGFSCRHQPAFAQSSKAVAGVAPPSPGGIVGAEQRAAEWGLVLQTDTETGKPQGVKVRTSGEDTNVKPGSNRRDSGNSYQSSSDISDEEGLGKERGFPRVSEDLKDALSTFQQTFVVSDATKPDYPILYASAGFFKMTGYTSKEVIGRNWWNKMITGSGLTISNKSTEYNSILFWVHKYTSLSISITR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_005722`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_005722

位置 Chr01:171951330-171953731 (+)

描述 Similar to PHOT1: Phototropin-1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g45780`	蛋白激酶，在光诱导运动的信号转导途径中作为蓝光（BL）光受体。	RPT2. A signal transducer of the phototropic response in Arabidopsis.2000 · DOI: 10.1105/tpc.12.2.225 Unexpected roles for cryptochrome 2 and phototropin revealed by high-resolution analysis of blue light-mediated hypocotyl growth inhibition.2001 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2001.01038.x Phototropin 1 is required for high-fluence blue-light-mediated mRNA destabilization.2003 · DOI: 10.1023/a:1022393406204 Phot1 and phot2 mediate blue light-induced transient increases in cytosolic Ca2+ differently in Arabidopsis leaves.2003 · DOI: 10.1073/pnas.1336802100 A transgene encoding a blue-light receptor, phot1, restores blue-light responses in the Arabidopsis phot1 phot2 double mutant.2004 · DOI: 10.1093/jxb/erh044 Functional analysis of each blue light receptor, cry1, cry2, phot1, and phot2, by using combinatorial multiple mutants in Arabidopsis.2004 · DOI: 10.1073/pnas.0305984101 RPT2 is a signal transducer involved in phototropic response and stomatal opening by association with phototropin 1 in Arabidopsis thaliana.2004 · DOI: 10.1105/tpc.019901 Biochemical characterization of plasma membrane H+-ATPase activation in guard cell protoplasts of Arabidopsis thaliana in response to blue light.2005 · DOI: 10.1093/pcp/pci104 PHYTOCHROME KINASE SUBSTRATE 1 is a phototropin 1 binding protein required for phototropism.2006 · DOI: 10.1073/pnas.0603799103 In vivo phosphorylation site mapping and functional characterization of Arabidopsis phototropin 1.2008 · DOI: 10.1093/mp/ssm017 An ATP-Binding Cassette Transporter, ABCB19, Regulates Leaf Position and Morphology during Phototropin1-Mediated Blue Light Responses.2020 · DOI: 10.1104/pp.20.00223
`At3g18610`	参与前rRNA加工和核糖体组装。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os11g0102200`	蛋白激酶，在光向性反应的信号转导通路中作为蓝光光受体。	暂无已核实直接文献
`Os12g0101800`	蛋白激酶，在光向性反应的信号转导通路中作为蓝光光受体。	暂无已核实直接文献
`Os04g0620700`	参与前rRNA加工和核糖体组装。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_005722 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006364 rRNA processing 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009637 response to blue light 生物过程

GO:0009638 phototropism 生物过程

GO:0009639 response to red or far red light 生物过程

GO:0009785 blue light signaling pathway 生物过程

GO:0009903 chloroplast avoidance movement 生物过程

GO:0009904 chloroplast accumulation movement 生物过程

GO:0010119 regulation of stomatal movement 生物过程

GO:0010155 regulation of proton transport 生物过程

GO:0046777 protein autophosphorylation 生物过程

GO:0060772 leaf phyllotactic patterning 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G18610

ath:AT3G45780

dosa:Os04g0620700

dosa:Os11g0102200

dosa:Os12g0101800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.503

排名 1 · LXL04_005722 · OH-1004

细胞核0.498

排名 2 · LXL04_005722 · OH-1004

线粒体0.090

排名 3 · LXL04_005722 · OH-1004

细胞膜0.072

排名 4 · LXL04_005722 · OH-1004

内质网0.069

排名 5 · LXL04_005722 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01509.24TruB_N257-290 aa

PF00076.29RRM_1288-344 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_005722	`PF01509.24`	TruB_N	257	290	1.8e-09	38.9
LXL04_005722	`PF00076.29`	RRM_1	288	344	3.5e-11	43.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O48963`	拟南芥	Phototropin-1	69.173%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q1PEP5`	拟南芥	Nucleolin 2	40.132%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q2RBR1`	水稻	Phototropin-1B	56.154%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q2QYY8`	水稻	Phototropin-1A	56.154%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q7XTT4`	水稻	Nucleolin 2	60.000%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情