TkA08G155230 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G155230

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 40546060-40547955 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1824 bp · TkA08G155230|TK1151|cDNA

CGCAATCAGAAATTTGTCTCCTTGTCCGGAACCTCCAATTCCTCCGGAGCCGCACCCGCGTCTCTTCTAGAAACTTTTTTAAATTAACACCTAATTATGACCAACAACCATAATCAAAACAAACTCATTAACCACCACCACCAACTCCTCCCATCGCCGACCACCACCACCACCACCACCACTACCAATCGTTCCAATTCCTCCACCATCACCACCACCGCCCGCTCCAATTCCTCCCCCGTCACCACCGCACGTTCAAA...

CDS

下载 CDS FASTA

1152 bp · TkA08G155230|TK1151|CDS

ATGACCAACAACCATAATCAAAACAAACTCATTAACCACCACCACCAACTCCTCCCATCGCCGACCACCACCACCACCACCACCACTACCAATCGTTCCAATTCCTCCACCATCACCACCACCGCCCGCTCCAATTCCTCCCCCGTCACCACCGCACGTTCAAACTCCACCACCCAAGCCTGCGCCGCCTGCCGCTACCAACGCCGGAAGTGCGCCCCTGACTGCGTCCTCGCGCCATATTTTCCGCACGACCGCCAACG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

383 aa · TkA08G155230|TK1151|PROTEIN

MTNNHNQNKLINHHHQLLPSPTTTTTTTTTNRSNSSTITTTARSNSSPVTTARSNSTTQACAACRYQRRKCAPDCVLAPYFPHDRQRQFQNAHKLFGVSNITKLIRDLDPPQKDEAMRTIIYQSDVRAQDPVEGCYRIIRELHRQIEYSRAELEIVLHQLAICRAHAVQNQNQNQNLHHHQDQLLIDGVDCDIHLVSNPDDPQLYDDLDTENVNHHNHGLDLDLGHITQQQEHEDHNAQIHDQGQDQYILGQQNLNNQGD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G155230`
TK1151 ID	TkA08G155230
OH-1004 ID	LXL04_032199
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	96.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.956 / OH-1004 74.899 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G155230

位置 Chr08:40546060-40547955 (+)

描述 Similar to LBD22: LOB domain-containing protein 22

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g13850`	LOB结构域含蛋白22。	暂无已核实直接文献
`At1g72980`	含LOB结构域的蛋白7。	暂无已核实直接文献
`At3g47870`	含 LOB 结构域蛋白 27。	暂无已核实直接文献
`At1g65620`	叶片背面细胞增殖的负调控因子。	暂无已核实直接文献
`At5g63090`	未知；LOB 的异位表达会导致叶片和花器官的大小和形状发生变化，并引起雄性和雌性不育。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032199 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009555 pollen development 生物过程

GO:0009556 microsporogenesis 生物过程

GO:0009786 regulation of asymmetric cell division 生物过程

GO:0009799 specification of symmetry 生物过程

GO:0009943 adaxial/abaxial axis specification 生物过程

GO:0009944 polarity specification of adaxial/abaxial axis 生物过程

GO:0009954 proximal/distal pattern formation 生物过程

GO:0010199 organ boundary specification between lateral organs and the meristem 生物过程

GO:0048441 petal development 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G65620

ath:AT1G72980

ath:AT3G13850

ath:AT3G47870

ath:AT5G63090

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.965

排名 1 · TkA08G155230 · TK1151

细胞质0.097

排名 2 · TkA08G155230 · TK1151

细胞膜0.027

排名 3 · TkA08G155230 · TK1151

内质网0.024

排名 4 · TkA08G155230 · TK1151

质体0.010

排名 5 · TkA08G155230 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF03195LOB60-155 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G155230	`PF03195`	LOB	60	155	1.5e-37	128.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LRW1`	拟南芥	sp\|Q9LRW1\|LBD22_ARATH LOB domain-containing protein 22	73.200%	Swiss-Prot	低置信
`Q9SSM9`	拟南芥	sp\|Q9SSM9\|LBD7_ARATH LOB domain-containing protein 7	49.500%	Swiss-Prot	低置信
`Q9STS6`	拟南芥	sp\|Q9STS6\|LBD27_ARATH LOB domain-containing protein 27	50.500%	Swiss-Prot	低置信
`O04479`	拟南芥	sp\|O04479\|AS2_ARATH Protein ASYMMETRIC LEAVES 2	43.900%	Swiss-Prot	低置信
`Q9FML4`	拟南芥	sp\|Q9FML4\|LOB_ARATH Protein LATERAL ORGAN BOUNDARIES	43.900%	Swiss-Prot	低置信

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