TkA08G142240 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G142240

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 37089161-37093633 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

786 bp · TkA08G142240|TK1151|cDNA

GAAAAACTAAAAGTGAAAATGAATGACTAGGGCCTTAGAATCCGCACCCTTTATAATCTCTCAAAGTCTGCCGGCAGAGCTTACCGTTTCGTTCGTTTCTTTGATTTTGTAGCAGCAGCAGACAGTTTGATTCGAAGATCCATCAACAGAAAACATGGCAGCAGTTGAAGAGCCTGTTGCTCCAGTCGAGGTACCAGCCCCTGCTGCTCTTGGTGAGCCCATGGACATAATGACAGCTTTGCAACTCGTGCTAAGAAAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

750 bp · TkA08G142240|TK1151|CDS

ATGCCGGTCGGCGTTCTTGCTCTACAGGGTTCCTTCAATGAACACATCGCCGCTCTAAGGAGGATTGGAGTGAAGGGAGTGGAGATAAGGAAAGCGGAACAGTTGGAGAACGTGAGCTCACTCATTATCCCCGGCGGCGAAAGCACCACCATGGCTAAGCTCGCCGAACTGCACAATCTGTTTCCTGCTCTCCGTGAGTTTGTAAAAATGGGGAAACCAGTTTGGGGAACATGCGCTGGTCTCATCTTCTTGGCAAACAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

249 aa · TkA08G142240|TK1151|PROTEIN

MPVGVLALQGSFNEHIAALRRIGVKGVEIRKAEQLENVSSLIIPGGESTTMAKLAELHNLFPALREFVKMGKPVWGTCAGLIFLANKATGQKEGGQELVGGLDCTVHRNFFGSQIQSFEAEVPVPDLVAKEGGPPSFRAVFIRAPAILEVGPDVEVLASVTIKSTKIVDPSQEGEPDSQVIVAVKQGNLLATAFHPELTIDSRWHSYFMKMSGGNNEIVAASSSSRSFYGDEESYLYNKQPKTDLPVYE

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G142240`
TK1151 ID	TkA08G142240
OH-1004 ID	LXL04_032022
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	90.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G142240

位置 Chr08:37089161-37093633 (-)

描述 Similar to PDX2: Probable pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g60540`	催化谷氨酰胺水解为谷氨酸和氨，作为吡哆醛 5'-磷酸生物合成的一部分。	Vitamin B6 biosynthesis in higher plants.2005 · DOI: 10.1073/pnas.0506228102 Functional analysis of PDX2 from Arabidopsis, a glutaminase involved in vitamin B6 biosynthesis.2007 · DOI: 10.1104/pp.107.096784
`At1g15930`	小核糖体亚基蛋白 eS12z。	暂无已核实直接文献
`At2g32060`	小核糖体亚基蛋白 eS12y。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032022 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006543 L-glutamine catabolic process 生物过程

GO:0008614 pyridoxine metabolic process 生物过程

GO:0042819 vitamin B6 biosynthetic process 生物过程

GO:0042823 pyridoxal phosphate biosynthetic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:1903600 glutaminase complex 细胞组分

GO:0004359 glutaminase activity 分子功能

GO:0036381 pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolysing) activity 分子功能

GO:0046982 protein heterodimerization activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G60540

bcl:ABC0452

det:DET0598

mta:Moth_0010

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.678

排名 1 · TkA08G142240 · TK1151

细胞核0.379

排名 2 · TkA08G142240 · TK1151

线粒体0.094

排名 3 · TkA08G142240 · TK1151

细胞膜0.088

排名 4 · TkA08G142240 · TK1151

内质网0.072

排名 5 · TkA08G142240 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01174SNO5-211 aa

PF07685GATase_315-105 aa

PF00117GATase30-105 aa

PF03575Peptidase_S5133-90 aa

PF09825BPL_N36-88 aa

PF01965DJ-1_PfpI37-88 aa

PF09825BPL_N140-201 aa

PF07685GATase_3182-195 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G142240	`PF01174`	SNO	5	211	4.3e-52	177.4
TkA08G142240	`PF07685`	GATase_3	15	105	2.5e-09	37.7
TkA08G142240	`PF00117`	GATase	30	105	0.0015	19.0
TkA08G142240	`PF03575`	Peptidase_S51	33	90	0.0003	21.3
TkA08G142240	`PF09825`	BPL_N	36	88	5.1e-06	26.3
TkA08G142240	`PF01965`	DJ-1_PfpI	37	88	0.0016	19.0
TkA08G142240	`PF09825`	BPL_N	140	201	5.1e-06	26.3
TkA08G142240	`PF07685`	GATase_3	182	195	2.5e-09	37.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8LAD0`	拟南芥	sp\|Q8LAD0\|PDX2_ARATH Probable pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX2	69.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q9S9P1`	拟南芥	sp\|Q9S9P1\|RS121_ARATH Small ribosomal subunit protein eS12z	73.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SKZ3`	拟南芥	sp\|Q9SKZ3\|RS122_ARATH Small ribosomal subunit protein eS12y	69.800%	Swiss-Prot	高置信

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