TkA08G139960 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G139960

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 36387450-36392893 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3444 bp · TkA08G139960|TK1151|cDNA

AAAAATTCCTCGAGGTTTTCACCTTTTGATCCATCGTCCACATAATCCCTGTTCTGAGTTCTCTCAAATTCGATTCAGTATCCGTTTGGATGTTAATCGGCATTTATTATGTCTAGATTTTGATAATAATACGCCTCAGTTTTGATTTCGATTGGTTTTATTTGTGATTTCGTTTTCCGGTTTTGTGTGTTTAAGTTCGTTGATCAATCCAGCGGAGTCTGCGTTCAGATCTTAAGTAGTTATCAACTTATCATGGCACA...

CDS

下载 CDS FASTA

927 bp · TkA08G139960|TK1151|CDS

ATGGCACAAGCTGCGGCAACTTCAGGGTGGCTCAGAGGAAGAGTGAAAGCTGTTCCATCTGGCGATTCCTTGGTGATTATGGGATTTACCAAAGCTGAAATCCCCCCAGAGAAGACTATTGTTTTGGCTCATCTTACATCCCCGAGATTAGCCCGTAGAGGCGGCACTGATGATCCATTCGCATGGGAAAGCAGAGAATTCTTACGAAAGTTGTGTGTAGGAAAGGACGTTGTTTTCAAAACGGAATACACAATCCCAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

308 aa · TkA08G139960|TK1151|PROTEIN

MAQAAATSGWLRGRVKAVPSGDSLVIMGFTKAEIPPEKTIVLAHLTSPRLARRGGTDDPFAWESREFLRKLCVGKDVVFKTEYTIPNFSREFCSLFIGTTNISKEVVTHGWAKVNKAKGEVTPEHAELLRLEEQARQQGVGLWNRSPGATAAAIRNLPPSAVGDPSNLDAMGLLASNKGRPMEAIVEQVRDGSSLRVYLLPEFQFVQVFVAGIQAPSMGRRTTIEPAAITEIPSEELNGDTNSEIRGPLTSAQRVTVSPT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G139960`
TK1151 ID	TkA08G139960
OH-1004 ID	LXL04_009260
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	67.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.026 / OH-1004 37.674 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G139960

位置 Chr08:36387450-36392893 (-)

描述 Similar to TSN1: Ribonuclease TUDOR 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g61780`	细胞保护性核糖核酸酶（RNase），在非生物胁迫下必需，通过应激期间促进mRNA去帽作为正向调控器。	The RNA binding protein Tudor-SN is essential for stress tolerance and stabilizes levels of stress-responsive mRNAs encoding secreted proteins in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.070680
`At5g07350`	抵抗非生物胁迫所需的细胞保护性核糖核酸酶，在胁迫期间充当 mRNA 脱帽的正调节因子。	The RNA binding protein Tudor-SN is essential for stress tolerance and stabilizes levels of stress-responsive mRNAs encoding secreted proteins in Arabidopsis.2010 · DOI: 10.1105/tpc.109.070680 Tudor-SN, a component of stress granules, regulates growth under salt stress by modulating GA20ox3 mRNA levels in Arabidopsis.2014 · DOI: 10.1093/jxb/eru334

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_009260 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0006402 mRNA catabolic process 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0009686 gibberellin biosynthetic process 生物过程

GO:0009845 seed germination 生物过程

GO:0010372 positive regulation of gibberellin biosynthetic process 生物过程

GO:0031047 regulatory ncRNA-mediated gene silencing 生物过程

GO:0034605 cellular response to heat 生物过程

GO:0046686 response to cadmium ion 生物过程

GO:0000932 P-body 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005635 nuclear envelope 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G07350

ath:AT5G61780

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.751

排名 1 · TkA08G139960 · TK1151

细胞核0.442

排名 2 · TkA08G139960 · TK1151

线粒体0.078

排名 3 · TkA08G139960 · TK1151

内质网0.066

排名 4 · TkA08G139960 · TK1151

细胞膜0.051

排名 5 · TkA08G139960 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00565SNase39-144 aa

PF00565SNase265-306 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G139960	`PF00565`	SNase	39	144	8e-22	78.4
TkA08G139960	`PF00565`	SNase	265	306	8e-22	78.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FLT0`	拟南芥	sp\|Q9FLT0\|TSN2_ARATH Ribonuclease TUDOR 2	62.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q8VZG7`	拟南芥	sp\|Q8VZG7\|TSN1_ARATH Ribonuclease TUDOR 1	61.500%	Swiss-Prot	高置信

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