TkA08G138920 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G138920

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 36139033-36141207 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1647 bp · TkA08G138920|TK1151|cDNA

CTTGTACATTTTGAAACAATTTTAGAATTACCAAAAAGTCCAGCTAAGTTTGTAATCATATCATCGCCCACCCCAAATGTAACGTCCGTATCTCACTCTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTAAAAAGCCATTGCCCTTTCCCTCTGCAACTTCACCACCATCTCTATATCTTTTTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTAAACCTTCTATTCAGTATTCACCACCATGAACGAAAGCAATGAAGGAAATGAATTCAACCATTTGAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1257 bp · TkA08G138920|TK1151|CDS

ATGAACGAAAGCAATGAAGGAAATGAATTCAACCATTTGAATTCGTTTAAAGCTTTGTTAGAAGTTGAAGAAGACAACAACAACAATTGGTATTTACAGAACCATAATCACCATGAAAACAACCTCGATTTTTCCCCTAATTCACCTTCGCTTTTCCAGAACTTCGACCCAACCCATGCCCAATACTTTTTACCTCCAAAAGCCACCGTATCTGACAACCCGTTAGACGCCAGTTACGATATCGAAGCTGGTTTTCTTGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

418 aa · TkA08G138920|TK1151|PROTEIN

MNESNEGNEFNHLNSFKALLEVEEDNNNNWYLQNHNHHENNLDFSPNSPSLFQNFDPTHAQYFLPPKATVSDNPLDASYDIEAGFLAMHRGHDGLSEFVALGSQTQMVVPNLTSDPHFATTQFGNEYASTGFPSLGPLENLASSGAQPTLFQKRAALRRNSNATNGGGGGNLGVLVDVDNMSFDDSGLNYDSDDLTENTNNNGIQIGGGESSNPNSTASGGGGDRKGKRKGFPAKNLMAERRRRKKLNDRLYLLRSVVPN...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G138920`
TK1151 ID	TkA08G138920
OH-1004 ID	LXL04_023708
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	40.500
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.282 / OH-1004 91.513 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G138920

位置 Chr08:36139033-36141207 (+)

描述 Similar to SCRM: Transcription factor ICE1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g26744`	转录激活剂，调节 CBF/DREB1 基因的冷诱导转录。	SIZ1-mediated sumoylation of ICE1 controls CBF3/DREB1A expression and freezing tolerance in Arabidopsis.2007 · DOI: 10.1105/tpc.106.048397 SCREAM/ICE1 and SCREAM2 specify three cell-state transitional steps leading to arabidopsis stomatal differentiation.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.060848
`At1g12860`	可能通过控制 SPCH、MUTE 和 FAMA 的连续作用在表皮中介导气孔分化。	SCREAM/ICE1 and SCREAM2 specify three cell-state transitional steps leading to arabidopsis stomatal differentiation.2008 · DOI: 10.1105/tpc.108.060848
`At5g65640`	转录因子。	暂无已核实直接文献
`At5g10570`	转录因子 bHLH61。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os10g0544200`	可能的转录因子。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_023708 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009738 abscisic acid-activated signaling pathway 生物过程

GO:0009960 endosperm development 生物过程

GO:0010115 regulation of abscisic acid biosynthetic process 生物过程

GO:0010162 seed dormancy process 生物过程

GO:0010371 regulation of gibberellin biosynthetic process 生物过程

GO:0010440 stomatal lineage progression 生物过程

GO:0010444 guard mother cell differentiation 生物过程

GO:0031347 regulation of defense response 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G12860

ath:AT3G26744

ath:AT5G10570

ath:AT5G65640

dosa:Os03g0135700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.964

排名 1 · TkA08G138920 · TK1151

细胞质0.102

排名 2 · TkA08G138920 · TK1151

细胞膜0.031

排名 3 · TkA08G138920 · TK1151

内质网0.025

排名 4 · TkA08G138920 · TK1151

质体0.013

排名 5 · TkA08G138920 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23176bHLH_LHW30-47 aa

PF00010HLH238-280 aa

PF23177bHLH_IRO3239-293 aa

PF23173bHLH_SAC51240-283 aa

PF23176bHLH_LHW242-290 aa

PF22754bHLH-TF_ACT-like_plant336-410 aa

PF26956ACT_ACR_D1350-397 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G138920	`PF23176`	bHLH_LHW	30	47	0.0062	17.2
TkA08G138920	`PF00010`	HLH	238	280	8.8e-10	39.0
TkA08G138920	`PF23177`	bHLH_IRO3	239	293	2.2e-06	28.6
TkA08G138920	`PF23173`	bHLH_SAC51	240	283	1.8e-08	34.9
TkA08G138920	`PF23176`	bHLH_LHW	242	290	0.0062	17.2
TkA08G138920	`PF22754`	bHLH-TF_ACT-like_plant	336	410	2.8e-12	47.3
TkA08G138920	`PF26956`	ACT_ACR_D1	350	397	0.0013	19.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LSE2`	拟南芥	sp\|Q9LSE2\|ICE1_ARATH Transcription factor ICE1	47.900%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LPW3`	拟南芥	sp\|Q9LPW3\|SCRM2_ARATH Transcription factor SCREAM2	50.400%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LSL1`	拟南芥	sp\|Q9LSL1\|BH093_ARATH Transcription factor bHLH93	42.500%	Swiss-Prot	低置信
`Q9LXA9`	拟南芥	sp\|Q9LXA9\|BH061_ARATH Transcription factor bHLH61	43.700%	Swiss-Prot	低置信
`Q336V8`	水稻	sp\|Q336V8\|BH004_ORYSJ Basic helix-loop-helix protein 004	44.600%	Swiss-Prot	低置信

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