TkA08G137190 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G137190

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 35667921-35669891 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1077 bp · TkA08G137190|TK1151|cDNA

GTTTTTTTCTTAATTTTTTTGTTTTTTTAGCTCTCCTTATAAGCAAGAATAGGGTTTCACTTTATCACAGCCGATCGCTCCAACTCAATTCCACTCCACTCACAAGCGAGACCAGCCAGTGGATCTTCTCTTCAGAAGAGTTATACATCAATGGCGCCCACATTTCACGTTGGTTCTGAGGCTGGACTTAAGAAGCTTGATGAGTACCTATTGTCTCGCAGTTACATCACCGGGTATCAAGCTTCAAAGGATGATCTCAC...

CDS

下载 CDS FASTA

693 bp · TkA08G137190|TK1151|CDS

ATGGCGCCCACATTTCACGTTGGTTCTGAGGCTGGACTTAAGAAGCTTGATGAGTACCTATTGTCTCGCAGTTACATCACCGGGTATCAAGCTTCAAAGGATGATCTCACTGTTCATGCAGCTTTCACAAAACCCCCATCATCCCAATATGTGAATGTATCTCGTTGGTTCACTCACATTGATGCCCTTTTGAGGATTTCTGGTGTTTCTGCTGAAGGCAGTGGTGTTGTTATTGAAGGATCTGCTTCTGCTCATGAAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

230 aa · TkA08G137190|TK1151|PROTEIN

MAPTFHVGSEAGLKKLDEYLLSRSYITGYQASKDDLTVHAAFTKPPSSQYVNVSRWFTHIDALLRISGVSAEGSGVVIEGSASAHEEAVATPPAADTKAAADEDDDSDVDLFGEETEEEKKAAEERAAAAKASGKKKESGKSSVLLDVKPWDDETDMQKLEEAVRSVQMEGLLWGASKLVPVGYGIKKLQIMMTIVDDLVSVDTVIEERLTEEPINEYVQSCDIVAFNKI

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G137190`
TK1151 ID	TkA08G137190
OH-1004 ID	LXL04_032532
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	64.700
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G137190

位置 Chr08:35667921-35669891 (+)

描述 Similar to At5g12110: Elongation factor 1-beta 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g30230`	EF-1-β 和 EF-1-δ 促进 EF-1-α 上结合的 GDP 与 GTP 的交换。	暂无已核实直接文献
`At2g18110`	EF-1-β 和 EF-1-δ 促进 EF-1-α 上结合的 GDP 与 GTP 的交换。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0614500`	EF-1-β 和 EF-1-β' 促进 EF-1-α 上 GDP 换成 GTP 的交换。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032532 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006414 translational elongation 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005773 vacuole 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005853 eukaryotic translation elongation factor 1 complex 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0010494 cytoplasmic stress granule 细胞组分

GO:0048046 apoplast 细胞组分

GO:0003746 translation elongation factor activity 分子功能

GO:0005085 guanyl-nucleotide exchange factor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G12110

ath:AT5G19510

dosa:Os07g0662500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.861

排名 1 · TkA08G137190 · TK1151

细胞核0.278

排名 2 · TkA08G137190 · TK1151

内质网0.076

排名 3 · TkA08G137190 · TK1151

线粒体0.047

排名 4 · TkA08G137190 · TK1151

细胞膜0.047

排名 5 · TkA08G137190 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF21972Arc1p_N_like10-58 aa

PF27144PA14_3316012-20 aa

PF27144PA14_33160113-142 aa

PF00736EF1_GNE143-230 aa

PF27144PA14_33160155-166 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G137190	`PF21972`	Arc1p_N_like	10	58	0.01	16.9
TkA08G137190	`PF27144`	PA14_33160	12	20	2.6	9.1
TkA08G137190	`PF27144`	PA14_33160	113	142	2.6	9.1
TkA08G137190	`PF00736`	EF1_GNE	143	230	2.2e-32	111.7
TkA08G137190	`PF27144`	PA14_33160	155	166	2.6	9.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`P48006`	拟南芥	sp\|P48006\|EF1D1_ARATH Elongation factor 1-delta 1	81.800%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SI20`	拟南芥	sp\|Q9SI20\|EF1D2_ARATH Elongation factor 1-delta 2	81.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q40680`	水稻	sp\|Q40680\|EF1D1_ORYSJ Elongation factor 1-delta 1	76.400%	Swiss-Prot	高置信

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