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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G133140
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 34597225-34599141 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

934 bp · TkA08G133140|TK1151|cDNA

TATATCGGCTTATTCCAGCCGCCAACTTTTGCACCGGCTTATTCCAGCCGCCAACTTTTGCACTGGTTTATTTAAGCCGATATGTGGAACTTCATTCTGCCTACGCTGTTTCCCCTTTTTTGTCTCTATTCCGGTCTATTTTACGGCGATTCCTTCCTGTTTGTCCCTTCCTCTGCTCCCCTTCAACACGCGTCCTCAGCTCCTATCTGCATTTGCTTCGTGTCCTCCTCTCCTTAGACGTCGCGTTCCACCTCCTGAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

459 bp · TkA08G133140|TK1151|CDS

ATGATCAAGGAGCGTGGAAAGATTCACCTTGTGCTAGAATACTACAAAGGAGGTGATCTATCTATGTTCATTCAAAGGCGTCAAGGTAGAATCCCCAAATCAACATCCCTGCATCTTATACAGCAATTAGGATGTGGTCTGAAAGTTCTTCGTGATAATCAAATCATCCATAGAGATCTAAAACCACAGAATCTCCTACTTTCTTCAAATGAAGACAATTCAACTTTAAAAATTGCAGATTTTTTGTTTTGCAATTCTTT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

152 aa · TkA08G133140|TK1151|PROTEIN

MIKERGKIHLVLEYYKGGDLSMFIQRRQGRIPKSTSLHLIQQLGCGLKVLRDNQIIHRDLKPQNLLLSSNEDNSTLKIADFLFCNSLQPRGLAETLCGSPLYMAPEIMQLHNYDAKADLWSVGAILSQLVTGRTPFIGNNQIQVYIYYHRMF

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G133140
TK1151 IDTkA08G133140
OH-1004 IDLXL04_033058
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)90.100
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 90.854
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G133140
位置Chr08:34597225-34599141 (+)
描述Similar to ATG1C: Serine/threonine-protein kinase ATG1c
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At2g37840 参与自噬的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶。 暂无已核实直接文献
At3g53930 参与自噬的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶。 暂无已核实直接文献
At3g61960 丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶以营养条件依赖性方式参与自噬。
The ATG1/ATG13 protein kinase complex is both a regulator and a target of autophagic recycling in Arabidopsis.2011 · DOI: 10.1105/tpc.111.090993
At1g49180 参与自噬的丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_033058 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000045 autophagosome assembly 生物过程
GO:0000422 autophagy of mitochondrion 生物过程
GO:0006914 autophagy 生物过程
GO:0010506 regulation of autophagy 生物过程
GO:0015031 protein transport 生物过程
GO:0034727 piecemeal microautophagy of the nucleus 生物过程
GO:0042594 response to starvation 生物过程
GO:0061709 reticulophagy 生物过程
GO:0000407 phagophore assembly site 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005776 autophagosome 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G49180
ath:AT2G37840
ath:AT3G53930
ath:AT3G61960
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.566
排名 1 · TkA08G133140 · TK1151
细胞核0.487
排名 2 · TkA08G133140 · TK1151
线粒体0.107
排名 3 · TkA08G133140 · TK1151
细胞膜0.039
排名 4 · TkA08G133140 · TK1151
内质网0.031
排名 5 · TkA08G133140 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069Pkinase2-143 aa
PF07714PK_Tyr_Ser-Thr4-148 aa
PF03109ABC110-88 aa
PF06293Kdo19-81 aa
PF10707YrbL-PhoP_reg39-80 aa
PF17667Pkinase_fungal48-119 aa
PF01636APH51-71 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G133140PF00069Pkinase21435.7e-37128.3
TkA08G133140PF07714PK_Tyr_Ser-Thr41482.9e-2486.5
TkA08G133140PF03109ABC110880.211.5
TkA08G133140PF06293Kdo19810.01615.4
TkA08G133140PF10707YrbL-PhoP_reg39800.03414.5
TkA08G133140PF17667Pkinase_fungal481190.02314.1
TkA08G133140PF01636APH51710.09713.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
F4IRW0拟南芥sp|F4IRW0|ATG1C_ARATH Serine/threonine-protein kinase ATG1c75.700%Swiss-Prot高置信
F4JBP3拟南芥sp|F4JBP3|ATG1B_ARATH Serine/threonine-protein kinase ATG1b72.900%Swiss-Prot高置信
Q94C95拟南芥sp|Q94C95|ATG1A_ARATH Serine/threonine-protein kinase ATG1a59.000%Swiss-Prot高置信
F4I1N8拟南芥sp|F4I1N8|ATG1T_ARATH Serine/threonine-protein kinase ATG1t51.900%Swiss-Prot高置信

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