TkA08G132900 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G132900

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 34531560-34548783 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

9739 bp · TkA08G132900|TK1151|cDNA

GGATTCTACGGCCTTTTGACCTCGTTTGTCCGCAAACCCTCTTTAGCCTTTCTCCTTTCTCCTTTCTCCCGCCACTTAAACCCTCTTGAAACAACCCAACTGACACAGTAAAAGTGTAAAACCCTAATTATCTCTCATATTCTCGTCCTAATTCGTCAGTGCTCGCAGTTGATTCATTTCCGGACTGTTTGTGCTCTTCTGGGATTATGCGATGGTCACGTCTGCAGATGTTCATGAAATCGTTTTGAAGCTCTCATCTG...

CDS

下载 CDS FASTA

4044 bp · TkA08G132900|TK1151|CDS

ATGGTCACGTCTGCAGATGTTCATGAAATCGTTTTGAAGCTCTCATCTGATAAGGCCAAAGCCCGTGAAGAAGGGATTAAATTGTTGAATACATGGCTAGAAGGAGAAAGGTTGATCGAATTTTGTAGATATATAGGACGCAATACATCCATGCTCAAACCTCATGAGGTACCACATGCTGAAACTTGGCCTTTTCTTGTTAAATTGCTCACTGAAGCTATAAAGCTGGAGGTATCTGCAAGCAAGAAACGGTTGCCTAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1347 aa · TkA08G132900|TK1151|PROTEIN

MVTSADVHEIVLKLSSDKAKAREEGIKLLNTWLEGERLIEFCRYIGRNTSMLKPHEVPHAETWPFLVKLLTEAIKLEVSASKKRLPKLAFAKTLRIVVQRAEDGKSLHLLSVAKLLYNHIWKILNDVPSFQSEYGIILRHLLAVKQLQFHLRKSVYSSLVLFYMGKVEISLSEHITGQSIKEEVFRCILTLNSLLDSPPADFPDDLREGITKGFIDIFSNLRDEGKIVRNLVGCINTYLIRDGPNMGNRSLEIHDAVHKF...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G132900`
TK1151 ID	TkA08G132900
OH-1004 ID	LXL04_031859
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.886 / OH-1004 44.386 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G132900

位置 Chr08:34531560-34548783 (-)

描述 Similar to ATM: Serine/threonine-protein kinase ATM

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g48190`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶，在如电离辐射 (IR) 或 DNA 复制暂停等基因毒性压力下激活检查点信号。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031859 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000045 autophagosome assembly 生物过程

GO:0000077 DNA damage checkpoint signaling 生物过程

GO:0000425 pexophagy 生物过程

GO:0000723 telomere maintenance 生物过程

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0000729 DNA double-strand break processing 生物过程

GO:0001666 response to hypoxia 生物过程

GO:0002376 immune system process 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006302 double-strand break repair 生物过程

GO:0006303 double-strand break repair via nonhomologous end joining 生物过程

GO:0006325 chromatin organization 生物过程

KEGG 基因交叉引用

afm:AFUA_5G12660

hsa:472

mmu:11920

ssc:100101922

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.577

排名 1 · TkA08G132900 · TK1151

细胞质0.321

排名 2 · TkA08G132900 · TK1151

高尔基体0.082

排名 3 · TkA08G132900 · TK1151

内质网0.077

排名 4 · TkA08G132900 · TK1151

细胞膜0.067

排名 5 · TkA08G132900 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11640TAN8-154 aa

PF02985HEAT489-502 aa

PF02985HEAT906-916 aa

PF02985HEAT1036-1062 aa

PF25360TPR_ATM1195-1332 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G132900	`PF11640`	TAN	8	154	0.00039	21.3
TkA08G132900	`PF02985`	HEAT	489	502	0.38	11.9
TkA08G132900	`PF02985`	HEAT	906	916	0.38	11.9
TkA08G132900	`PF02985`	HEAT	1036	1062	0.38	11.9
TkA08G132900	`PF25360`	TPR_ATM	1195	1332	3.5e-60	203.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M3G7`	拟南芥	sp\|Q9M3G7\|ATM_ARATH Serine/threonine-protein kinase ATM	47.900%	Swiss-Prot	中等置信

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