TkA08G130590 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G130590

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 33883081-33885251 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1957 bp · TkA08G130590|TK1151|cDNA

AAACACAAACACAGCGATCTAGCTAAACAAACCCAAATCCTTCGGTCCCCTAAAATGAGATTGTTTTGAGAACAATGGCAACAAAACTTCATCCATGTTAGCATCGCTTGTCACCTCCCTAAAGGAATCAGCAACTCAAAACAAGTTATCGAAAGCATTCAACCTTTTCTCTCTCGTCATACAACAAACCCACCATCACCATGCCTCTTCGTCTGATTTCTTGTTGCAGTCATTAGCTTCTCTTTTTGCATGCTGTTCGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1665 bp · TkA08G130590|TK1151|CDS

ATGCTGTTCGCAAGTCAAAGCAATTTCCCAAGAAAAATGGTGGAGAACGGAATTATCCCTGACAATTTCACTTACCCGTCTGTTCTCAAGGCTTGTGGAGAGGAATTAGATTTGGGTTTCGGGAGGGAAGTTCATGAATCGATTACGAATGCGGGTTTGGAATGGAATTTGTTCGTGCACAATGCGTTGGTGTTTATGTATGGAAAATGCGGAGACCTAAATATTGCACGCAAGTTGTTCGACCAAATGCCTGTGACAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

554 aa · TkA08G130590|TK1151|PROTEIN

MLFASQSNFPRKMVENGIIPDNFTYPSVLKACGEELDLGFGREVHESITNAGLEWNLFVHNALVFMYGKCGDLNIARKLFDQMPVTDEISWNSIISGYASHGIWSEAFDLFNQMQNQNVQVNIIIWNTITGGYLKTGNYKQVLKLLSQLKSSDKLDPVSIINGLSACSHIGNLNLGKQIHNLAIRTYNHDYDNVKNTLITMYSRCKDLKHAHIVFNLVGNKTVITWNSIISGFSHLDNSEESSILFREMLHSGVDPNYIT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G130590`
TK1151 ID	TkA08G130590
OH-1004 ID	LXL04_031795
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	98.900
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.653 / OH-1004 80.148 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G130590

位置 Chr08:33883081-33885251 (-)

描述 Similar to PCMP-E67: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g71490

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g71490`	含有五肽重复序列的蛋白At1g71490。	暂无已核实直接文献
`At1g22830`	含PPR（五肽重复）蛋白At1g22830。	暂无已核实直接文献
`At4g13650`	含五重复肽基序蛋白 At4g13650。	暂无已核实直接文献
`At1g08070`	参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。	暂无已核实直接文献
`At2g34400`	含五肽重复序列的蛋白 At2g34400。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031795 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G22830

ath:AT1G71490

ath:AT5G16860

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.624

排名 1 · TkA08G130590 · TK1151

质体0.209

排名 2 · TkA08G130590 · TK1151

细胞核0.050

排名 3 · TkA08G130590 · TK1151

细胞质0.035

排名 4 · TkA08G130590 · TK1151

过氧化物酶体0.007

排名 5 · TkA08G130590 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041PPR_212-32 aa

PF13812PPR_312-34 aa

PF17177PPR_long12-71 aa

PF12854PPR_116-27 aa

PF23276TPR_2427-83 aa

PF13812PPR_347-83 aa

PF12854PPR_152-83 aa

PF13041PPR_259-83 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G130590	`PF13041`	PPR_2	12	32	9.8e-55	183.2
TkA08G130590	`PF13812`	PPR_3	12	34	1e-23	83.9
TkA08G130590	`PF17177`	PPR_long	12	71	7.7e-09	35.9
TkA08G130590	`PF12854`	PPR_1	16	27	3.8e-33	113.6
TkA08G130590	`PF23276`	TPR_24	27	83	3.6e-09	37.3
TkA08G130590	`PF13812`	PPR_3	47	83	1e-23	83.9
TkA08G130590	`PF12854`	PPR_1	52	83	3.8e-33	113.6
TkA08G130590	`PF13041`	PPR_2	59	83	9.8e-55	183.2
TkA08G130590	`PF01535`	PPR	59	83	6.2e-52	171.0
TkA08G130590	`PF17049`	AEP1	59	98	0.049	13.4
TkA08G130590	`PF22330`	Rib_mS39_PPR	73	101	0.035	14.6
TkA08G130590	`PF13041`	PPR_2	87	123	9.8e-55	183.2
TkA08G130590	`PF12854`	PPR_1	87	115	3.8e-33	113.6
TkA08G130590	`PF23276`	TPR_24	88	162	3.6e-09	37.3
TkA08G130590	`PF01535`	PPR	89	118	6.2e-52	171.0
TkA08G130590	`PF29070`	MSC6_N	90	149	3.7e-10	40.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C9I6`	拟南芥	sp\|Q9C9I6\|PP116_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g71490	55.100%	Swiss-Prot	高置信
`Q4V389`	拟南芥	sp\|Q4V389\|PPR55_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g22830	51.500%	Swiss-Prot	高置信
`Q9SVP7`	拟南芥	sp\|Q9SVP7\|PP307_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g13650	33.500%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9LN01`	拟南芥	sp\|Q9LN01\|PPR21_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g08070, chloroplastic	35.600%	Swiss-Prot	中等置信
`O64705`	拟南芥	sp\|O64705\|PP184_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g34400	34.200%	Swiss-Prot	中等置信

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