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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G119270
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 31052339-31056303 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

786 bp · TkA08G119270|TK1151|cDNA

ATGCACTCCGGCTTCATCTACTGGGCTGCTAGGGCTTCTTCTTCGCGATTTGATGATATTTTTGATGTTTTTAGATCCGACGATCCTTCTTCGGTAAAGAAATTTCCGGCATCTTCAGTACGCCACCGGTCTGCTTCGGGCTTCTTCTTCGGCATCTGCACTCCGGCTTCATCTACCGGGCTGCTAGGGCTTCTTCTTCGCTTCTTTGCCTGCTTCGGACTCTTCATCTACGACTTTCAGATAACAGAGAAAGATGAAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

786 bp · TkA08G119270|TK1151|CDS

ATGCACTCCGGCTTCATCTACTGGGCTGCTAGGGCTTCTTCTTCGCGATTTGATGATATTTTTGATGTTTTTAGATCCGACGATCCTTCTTCGGTAAAGAAATTTCCGGCATCTTCAGTACGCCACCGGTCTGCTTCGGGCTTCTTCTTCGGCATCTGCACTCCGGCTTCATCTACCGGGCTGCTAGGGCTTCTTCTTCGCTTCTTTGCCTGCTTCGGACTCTTCATCTACGACTTTCAGATAACAGAGAAAGATGAAGA...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

261 aa · TkA08G119270|TK1151|PROTEIN

MHSGFIYWAARASSSRFDDIFDVFRSDDPSSVKKFPASSVRHRSASGFFFGICTPASSTGLLGLLLRFFACFGLFIYDFQITEKDEDALKYLKDIKCFDQKYHMIEDDEPILEKTTGTNIEWLPGKCLTQKTLKKSQKRGQRMLGLLQRLSFFNVFNPIQVPEDEDDMDDEEAEDIQNQMEQDYDIGSTIRENIIPHAVSWFRGEAVQQDEFDGDEDDDEDDDEDEDDDEDEEEEEDKSKSKSKRKTKKGGPGPPACWRY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G119270
TK1151 IDTkA08G119270
OH-1004 IDLXL04_032201
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)54.300
蛋白覆盖度 (%)TK1151 51.724 / OH-1004 43.272
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G119270
位置Chr08:31052339-31056303 (+)
描述Similar to NAP1;2: Nucleosome assembly protein 1;2
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g56950 可能通过调控核小体组装/拆卸调节染色质结构（通过相似性）。
Molecular and reverse genetic characterization of NUCLEOSOME ASSEMBLY PROTEIN1 (NAP1) genes unravels their function in transcription and nucleotide excision repair in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03844.x
A truncated Arabidopsis NUCLEOSOME ASSEMBLY PROTEIN 1, AtNAP1;3T, alters plant growth responses to abscisic acid and salt in the Atnap1;3-2 mutant.2009 · DOI: 10.1093/mp/ssp026
At2g19480 可能通过调控核小体组装/拆卸调节染色质结构（通过相似性）。
Molecular and reverse genetic characterization of NUCLEOSOME ASSEMBLY PROTEIN1 (NAP1) genes unravels their function in transcription and nucleotide excision repair in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2009.03844.x

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
UniProt: B8AW64 可能通过调节核小体组装/解组装来调控染色质结构。 暂无已核实直接文献
Os05g0539700 可能通过调节核小体组装/解组装来调控染色质结构。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_032201 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程
GO:0006281 DNA repair 生物过程
GO:0006334 nucleosome assembly 生物过程
GO:0009294 DNA-mediated transformation 生物过程
GO:0016444 somatic cell DNA recombination 生物过程
GO:0000785 chromatin 细胞组分
GO:0005634 nucleus 细胞组分
GO:0005737 cytoplasm 细胞组分
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0005829 cytosol 细胞组分
GO:0009536 plastid 细胞组分
GO:0003682 chromatin binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT2G19480
ath:AT5G56950
dosa:Os05g0539700
nta:107760768
osa:4339460
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.505
排名 1 · TkA08G119270 · TK1151
细胞核0.446
排名 2 · TkA08G119270 · TK1151
线粒体0.129
排名 3 · TkA08G119270 · TK1151
细胞膜0.081
排名 4 · TkA08G119270 · TK1151
细胞外0.067
排名 5 · TkA08G119270 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00956NAP80-99 aa
PF11719Drc1-Sld283-249 aa
PF11705RNA_pol_3_Rpc3186-237 aa
PF00956NAP103-205 aa
PF06390NESP55103-176 aa
PF05477SURF2114-251 aa
PF04147Nop14137-243 aa
PF05764YL1138-248 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G119270PF00956NAP80996.6e-30105.0
TkA08G119270PF11719Drc1-Sld2832490.007116.8
TkA08G119270PF11705RNA_pol_3_Rpc31862376.37.5
TkA08G119270PF00956NAP1032056.6e-30105.0
TkA08G119270PF06390NESP551031760.2911.4
TkA08G119270PF05477SURF21142510.07813.2
TkA08G119270PF04147Nop141372430.2910.0
TkA08G119270PF05764YL11382480.002118.9
TkA08G119270PF01398JAB1431900.411.2
TkA08G119270PF15912VIR_N1582380.3910.8
TkA08G119270PF05327RRN31602440.009615.2
TkA08G119270PF09073BUD221642460.004517.1
TkA08G119270PF28211GlpR1642464.48.0
TkA08G119270PF05642Sporozoite_P672052530.09511.5
TkA08G119270PF06390NESP552102550.2911.4
TkA08G119270PF01398JAB2222360.411.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q94K07拟南芥sp|Q94K07|NAP1C_ARATH Nucleosome assembly protein 1;352.700%Swiss-Prot中等置信
Q9ZUP3拟南芥sp|Q9ZUP3|NAP1B_ARATH Nucleosome assembly protein 1;251.500%Swiss-Prot中等置信
B8AW64水稻sp|B8AW64|NAP1B_ORYSI Nucleosome assembly protein 1;251.200%Swiss-Prot中等置信
Q53WK4水稻sp|Q53WK4|NAP1B_ORYSJ Nucleosome assembly protein 1;251.200%Swiss-Prot中等置信

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