TkA08G110690 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G110690

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 28802574-28803071 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

498 bp · TkA08G110690|TK1151|cDNA

ATGTCGAAAACTTTGTTGCCGGTTGACCAATTCAACCAGATCCGAGACATATTCAACCGGTTCGACATGGACGCTGATGGATCCCTAACCCACCTGGAGCTTGCCGCCCTCCTCCGTTCTCTAGGCCTGAAACCCTCCGGCGACCAAATTGATTTGCTTTTCAACGGCATTGACTCCAATGGCAACGGCGCTGTTGAACTCGATGAATTGGTGCGGGCCATGTTACCAGACATGACGACGGAACAAAACCTCTTCAATCA...

CDS

下载 CDS FASTA

498 bp · TkA08G110690|TK1151|CDS

ATGTCGAAAACTTTGTTGCCGGTTGACCAATTCAACCAGATCCGAGACATATTCAACCGGTTCGACATGGACGCTGATGGATCCCTAACCCACCTGGAGCTTGCCGCCCTCCTCCGTTCTCTAGGCCTGAAACCCTCCGGCGACCAAATTGATTTGCTTTTCAACGGCATTGACTCCAATGGCAACGGCGCTGTTGAACTCGATGAATTGGTGCGGGCCATGTTACCAGACATGACGACGGAACAAAACCTCTTCAATCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

165 aa · TkA08G110690|TK1151|PROTEIN

MSKTLLPVDQFNQIRDIFNRFDMDADGSLTHLELAALLRSLGLKPSGDQIDLLFNGIDSNGNGAVELDELVRAMLPDMTTEQNLFNQSKLLKVFRSFDRDGNGVITRAELAKSMAEMGQPLTNRELTEMIEEADTDGDGVISFSEFARVMAKSAAESFGFPVPLP

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G110690`
TK1151 ID	TkA08G110690
OH-1004 ID	LXL04_031510
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G110690

位置 Chr08:28802574-28803071 (+)

描述 Similar to CML16: Probable calcium-binding protein CML16

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g25600`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`At1g18530`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`At3g03000`	调节 NHX1 离子选择性的电位钙传感器。	Vacuolar Na+/H+ antiporter cation selectivity is regulated by calmodulin from within the vacuole in a Ca2+- and pH-dependent manner.2005 · DOI: 10.1073/pnas.0504437102

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os05g0577500`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`Os01g0505600`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031510 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

GO:0030234 enzyme regulator activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G18530

ath:AT1G32250

ath:AT3G25600

dosa:Os01g0604500

dosa:Os05g0577500

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.502

排名 1 · TkA08G110690 · TK1151

细胞核0.290

排名 2 · TkA08G110690 · TK1151

细胞膜0.143

排名 3 · TkA08G110690 · TK1151

溶酶体／液泡0.081

排名 4 · TkA08G110690 · TK1151

内质网0.071

排名 5 · TkA08G110690 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13499EF-hand_711-74 aa

PF21008AIF-111-76 aa

PF25578EF-hand_STIM111-39 aa

PF25825SAPC2_N11-30 aa

PF23564EF-hand_FSTL112-39 aa

PF25325EF-hand_EFHB_C12-24 aa

PF13405EF-hand_613-42 aa

PF13833EF-hand_813-33 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G110690	`PF13499`	EF-hand_7	11	74	4.7e-32	110.9
TkA08G110690	`PF21008`	AIF-1	11	76	4.6e-07	30.9
TkA08G110690	`PF25578`	EF-hand_STIM1	11	39	0.0017	19.1
TkA08G110690	`PF25825`	SAPC2_N	11	30	0.016	15.8
TkA08G110690	`PF23564`	EF-hand_FSTL1	12	39	3.4e-09	37.8
TkA08G110690	`PF25325`	EF-hand_EFHB_C	12	24	0.051	14.1
TkA08G110690	`PF13405`	EF-hand_6	13	42	6.5e-26	88.2
TkA08G110690	`PF13833`	EF-hand_8	13	33	6.1e-24	84.2
TkA08G110690	`PF30624`	EF_SSP120	13	32	0.0012	20.1
TkA08G110690	`PF00036`	EF-hand_1	14	41	6.6e-28	94.9
TkA08G110690	`PF13202`	EF-hand_5	14	37	6e-23	79.9
TkA08G110690	`PF12763`	EH	15	74	0.00017	22.2
TkA08G110690	`PF22592`	FCaBP_EF-hand	16	36	0.00049	21.1
TkA08G110690	`PF10591`	SPARC_Ca_bdg	17	71	6.8e-07	30.3
TkA08G110690	`PF02880`	PGM_PMM_III	17	43	0.0054	17.6
TkA08G110690	`PF14658`	EF-hand_9	18	74	1.1e-09	39.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LI84`	拟南芥	sp\|Q9LI84\|CML16_ARATH Probable calcium-binding protein CML16	58.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FZ75`	拟南芥	sp\|Q9FZ75\|CML15_ARATH Probable calcium-binding protein CML15	57.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q9M8U1`	拟南芥	sp\|Q9M8U1\|CML18_ARATH Probable calcium-binding protein CML18	53.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q6L5F4`	水稻	sp\|Q6L5F4\|CML14_ORYSJ Probable calcium-binding protein CML14	65.300%	Swiss-Prot	高置信
`Q9AWK2`	水稻	sp\|Q9AWK2\|CML11_ORYSJ Probable calcium-binding protein CML11	50.000%	Swiss-Prot	高置信

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