TkA08G107870 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G107870

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 28062837-28065095 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1251 bp · TkA08G107870|TK1151|cDNA

CGATTTACTAAAAATACAACTTACAGATCAGATTCGTCGGATCAATTTCTTCAAAACTTTGATTTCTGTCGAACCCAAAACAGAGAATAAGACAAACGCACGGGTTTTCTTGAACAAAGTCTTTCTCATTTCATTCATCATCGCTACAACTTTTTCGTCATTCTCTTCGATTCTACTCGATTTCGAAGAAACAAGATTAAACCCACAAGAATTCCCTCTTAACAATTGAATCATTGGAGTAAATTCGAGACCTTCTTTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

786 bp · TkA08G107870|TK1151|CDS

ATGGGTTGCGCTGCCAGCAATTCTGCTGATTCCAAAGCCGACCGACTGTCACGGTGGAGCGCCACCGGCATTGTAGGCTTACGCGACGCCAAATTAAAGTCGTTTCCAGATGAAGTTCTCGAGCTAGATAGATCAGTACGGACTCTTGATTTGACACACAACAAATTAGCTGACATTCCAGAAGATATCAGCAGATTATCAAACATGCAGAGGCTGATAATGGCTGATAATATAATCGCGCGTCTTCCAGGGAATATCGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

261 aa · TkA08G107870|TK1151|PROTEIN

MGCAASNSADSKADRLSRWSATGIVGLRDAKLKSFPDEVLELDRSVRTLDLTHNKLADIPEDISRLSNMQRLIMADNIIARLPGNIGKLQSLKLLNLDKNRFTFLPDELGQLVKLERLSISGNQLTTLPDTIGSLRNLLLLNVSNNQLKFLPESIGSCFSLEELQANDNSIEELPPSVCNLVHLKSVCLDRNKVKQMPPNLLKECKTLQNISVHDNPISMDQFQSMEGFEEFEARRKKKFDKKIDANVMMGSKGLDEGVD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G107870`
TK1151 ID	TkA08G107870
OH-1004 ID	LXL04_031459
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G107870

位置 Chr08:28062837-28065095 (-)

描述 Similar to IRL7: Plant intracellular Ras-group-related LRR protein 7

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

当前来源表未检出该物种的同源命中。

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0212200`	富含亮氨酸的重复蛋白，可能在信号转导的背景下介导蛋白质相互作用。	暂无已核实直接文献
`Os10g0456200`	富含亮氨酸的重复蛋白，可能在信号转导的背景下介导蛋白质相互作用。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031459 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0032495 response to muramyl dipeptide 生物过程

GO:0032496 response to lipopolysaccharide 生物过程

GO:0035556 intracellular signal transduction 生物过程

GO:0070433 negative regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway 生物过程

GO:0071356 cellular response to tumor necrosis factor 生物过程

GO:0071638 negative regulation of monocyte chemotactic protein-1 production 生物过程

GO:0099072 regulation of postsynaptic membrane neurotransmitter receptor levels 生物过程

GO:0005604 basement membrane 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009925 basal plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G30105

dosa:Os03g0212200

dosa:Os10g0456200

hsa:55914

xla:432302

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.643

排名 1 · TkA08G107870 · TK1151

细胞核0.261

排名 2 · TkA08G107870 · TK1151

细胞膜0.199

排名 3 · TkA08G107870 · TK1151

高尔基体0.098

排名 4 · TkA08G107870 · TK1151

内质网0.072

排名 5 · TkA08G107870 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF23211LRR_LRWD111-77 aa

PF23598LRR_1425-97 aa

PF13855LRR_827-77 aa

PF08653DASH_Dam131-61 aa

PF25019LRR_R13L1-DRL2139-98 aa

PF24048LRR_NXF1-539-59 aa

PF13516LRR_644-58 aa

PF12799LRR_445-82 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G107870	`PF23211`	LRR_LRWD1	11	77	7.9e-06	26.4
TkA08G107870	`PF23598`	LRR_14	25	97	1.3e-26	93.9
TkA08G107870	`PF13855`	LRR_8	27	77	1.6e-23	82.9
TkA08G107870	`PF08653`	DASH_Dam1	31	61	0.14	12.7
TkA08G107870	`PF25019`	LRR_R13L1-DRL21	39	98	0.0024	18.5
TkA08G107870	`PF24048`	LRR_NXF1-5	39	59	1.2	9.4
TkA08G107870	`PF13516`	LRR_6	44	58	1.5	9.7
TkA08G107870	`PF12799`	LRR_4	45	82	2.5e-16	60.1
TkA08G107870	`PF00560`	LRR_1	45	66	5.7e-15	52.9
TkA08G107870	`PF24758`	LRR_At5g56370	46	95	0.098	13.0
TkA08G107870	`PF14580`	LRR_9	47	146	0.00038	20.8
TkA08G107870	`PF23286`	LRR_13	49	190	0.00075	20.0
TkA08G107870	`PF13516`	LRR_6	67	77	1.5	9.7
TkA08G107870	`PF13855`	LRR_8	68	125	1.6e-23	82.9
TkA08G107870	`PF12799`	LRR_4	68	104	2.5e-16	60.1
TkA08G107870	`PF00560`	LRR_1	68	89	5.7e-15	52.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`B9F655`	水稻	sp\|B9F655\|PIRL7_ORYSJ Plant intracellular Ras-group-related LRR protein 7	76.600%	Swiss-Prot	高置信
`Q7XDQ7`	水稻	sp\|Q7XDQ7\|PIRL8_ORYSJ Plant intracellular Ras-group-related LRR protein 8	43.300%	Swiss-Prot	低置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情