TkA08G106900 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G106900

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 27825411-27827896 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1585 bp · TkA08G106900|TK1151|cDNA

AAAAAAAGCTATTGAAGTTGGCATAAATTTGATTCGTTTCCATTTCCGAATGTTCGATTATTTCGAGGTTTGATTCTTTGGGAATTCTTTGTCCGTGGCTTCAATTCAAATTCTGGTTGCAAATCGTTTAAAAAGGCCCGCATTGAAGAGGCGCGAGTTGGTCTCACGCCCACAACTCATTTTCCTTTACCCGCAACCCTAGGCCACCCATTGCAGATAAGCAACCACCTTCCTATCCGACACTTGTCAATCCTTCAGTA...

CDS

下载 CDS FASTA

531 bp · TkA08G106900|TK1151|CDS

ATGACAACTGCTTCTTTGAGCTCCACGACCCTCGTTCAATCACAAATTAATGGGTTCGGCAAGCTTCAAAAACCCGCTATGTTTCAGCCCACTTACACAAGGAAAGCAATTAGAACTGTCGTGAAGGCTTCTCGGGTCGATAAATTCTCCAAGAGCGATATCATTGTATCTCCTTCTATTCTCTCTGCAAACTTCGCCAAATTGGGAGAACAGGTGAAAGCCGTTGAATTGGCAGGTTGTGATTGGATTCATGTTGATGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

176 aa · TkA08G106900|TK1151|PROTEIN

MTTASLSSTTLVQSQINGFGKLQKPAMFQPTYTRKAIRTVVKASRVDKFSKSDIIVSPSILSANFAKLGEQVKAVELAGCDWIHVDVMDGRFVPNITIGPLVVDALRPVTDLPLDVHLMIVEPEQRVPDFIKAGADIVSVHCEQSSTIHLHRTVNQIKSLGAKCGVVLNPGPLYPP

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G106900`
TK1151 ID	TkA08G106900
OH-1004 ID	LXL04_031437
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.159 / OH-1004 61.733 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G106900

位置 Chr08:27825411-27827896 (+)

描述 Similar to RPE: Ribulose-phosphate 3-epimerase, chloroplastic

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g61410`	胚胎发生期间必需的蛋白质。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0169100`	催化 D-核酮糖 5-磷酸与 D-木酮糖 5-磷酸之间的可逆表异构化反应。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031437 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0005975 carbohydrate metabolic process 生物过程

GO:0006098 pentose-phosphate shunt 生物过程

GO:0009052 pentose-phosphate shunt, non-oxidative branch 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009624 response to nematode 生物过程

GO:0019253 reductive pentose-phosphate cycle 生物过程

GO:0019323 pentose catabolic process 生物过程

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009535 chloroplast thylakoid membrane 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G61410

dosa:Os03g0169100

syn:sll0807

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.969

排名 1 · TkA08G106900 · TK1151

线粒体0.042

排名 2 · TkA08G106900 · TK1151

细胞核0.013

排名 3 · TkA08G106900 · TK1151

细胞质0.011

排名 4 · TkA08G106900 · TK1151

细胞膜0.007

排名 5 · TkA08G106900 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00478IMPDH34-91 aa

PF00834Ribul_P_3_epim56-171 aa

PF00478IMPDH124-164 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G106900	`PF00478`	IMPDH	34	91	0.09	12.5
TkA08G106900	`PF00834`	Ribul_P_3_epim	56	171	4.6e-48	164.0
TkA08G106900	`PF00478`	IMPDH	124	164	0.09	12.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SAU2`	拟南芥	sp\|Q9SAU2\|RPE_ARATH Ribulose-5-phosphate-3-epimerase, chloroplastic	84.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q9ZTP5`	水稻	sp\|Q9ZTP5\|RPE_ORYSJ Ribulose-phosphate 3-epimerase, chloroplastic	93.400%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情