TkA08G106720 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G106720

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 27782783-27783226 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

444 bp · TkA08G106720|TK1151|cDNA

ATGCGGTGGTTTTTCTATACTATTCATACCAATATGGCCTCATATATTCCAGCTATTGCCTTCCAATTCCACTACACCGTCCATTTTATCTCTGATGAAATTGGTGAAGAGAAGTCGTTAGAATTAATAGATGTGCGGATGATTATGGAAAACTTGAGTTTGGTCTTGGATGATGAAGATATTGTAAATATCACTTGCATAACAAGTTTGTTTGATGAAAACGAGCCAACCTTTAATGAATTGGAGGAAGCATTTAGTGT...

CDS

下载 CDS FASTA

444 bp · TkA08G106720|TK1151|CDS

ATGCGGTGGTTTTTCTATACTATTCATACCAATATGGCCTCATATATTCCAGCTATTGCCTTCCAATTCCACTACACCGTCCATTTTATCTCTGATGAAATTGGTGAAGAGAAGTCGTTAGAATTAATAGATGTGCGGATGATTATGGAAAACTTGAGTTTGGTCTTGGATGATGAAGATATTGTAAATATCACTTGCATAACAAGTTTGTTTGATGAAAACGAGCCAACCTTTAATGAATTGGAGGAAGCATTTAGTGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

147 aa · TkA08G106720|TK1151|PROTEIN

MRWFFYTIHTNMASYIPAIAFQFHYTVHFISDEIGEEKSLELIDVRMIMENLSLVLDDEDIVNITCITSLFDENEPTFNELEEAFSVFDANDDGFIDAKELQLVLSKMGYSCISQSECRRMIDRYDVDRDTKISSKEFLKLIEDAFQ

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G106720`
TK1151 ID	TkA08G106720
OH-1004 ID	LXL04_031432
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	52.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 76.871 / OH-1004 59.184 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G106720

位置 Chr08:27782783-27783226 (+)

描述 Similar to CML46: Probable calcium-binding protein CML46

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g39670`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献
`At3g29000`	潜在的钙感受器。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031432 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:1900425 negative regulation of defense response to bacterium 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0005509 calcium ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G05990

ath:AT3G29000

ath:AT3G47480

ath:AT5G39670

dosa:Os04g0492800

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.538

排名 1 · TkA08G106720 · TK1151

细胞核0.322

排名 2 · TkA08G106720 · TK1151

内质网0.107

排名 3 · TkA08G106720 · TK1151

细胞膜0.095

排名 4 · TkA08G106720 · TK1151

线粒体0.084

排名 5 · TkA08G106720 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF24021ACT_phage24-48 aa

PF27486AtcB_N38-73 aa

PF13833EF-hand_848-62 aa

PF23564EF-hand_FSTL172-147 aa

PF21008AIF-176-142 aa

PF13499EF-hand_778-142 aa

PF13833EF-hand_879-100 aa

PF00036EF-hand_180-108 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G106720	`PF24021`	ACT_phage	24	48	0.079	13.3
TkA08G106720	`PF27486`	AtcB_N	38	73	0.071	13.8
TkA08G106720	`PF13833`	EF-hand_8	48	62	0.008	16.6
TkA08G106720	`PF23564`	EF-hand_FSTL1	72	147	1.2e-05	26.4
TkA08G106720	`PF21008`	AIF-1	76	142	0.00096	20.1
TkA08G106720	`PF13499`	EF-hand_7	78	142	1.1e-10	42.4
TkA08G106720	`PF13833`	EF-hand_8	79	100	0.008	16.6
TkA08G106720	`PF00036`	EF-hand_1	80	108	2.1e-13	49.5
TkA08G106720	`PF13405`	EF-hand_6	80	109	4e-12	45.4
TkA08G106720	`PF13202`	EF-hand_5	81	104	3.5e-09	36.4
TkA08G106720	`PF10591`	SPARC_Ca_bdg	82	140	0.0034	18.4
TkA08G106720	`PF00404`	Dockerin_1	84	104	0.00076	20.3
TkA08G106720	`PF00404`	Dockerin_1	88	142	0.00076	20.3
TkA08G106720	`PF29176`	Allatotropin-like_C	89	101	0.0069	16.6
TkA08G106720	`PF13833`	EF-hand_8	96	143	0.008	16.6
TkA08G106720	`PF24021`	ACT_phage	101	143	0.079	13.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q93Z27`	拟南芥	sp\|Q93Z27\|CML46_ARATH Probable calcium-binding protein CML46	40.400%	Swiss-Prot	中等置信
`Q9MBG5`	拟南芥	sp\|Q9MBG5\|CML45_ARATH Probable calcium-binding protein CML45	39.300%	Swiss-Prot	中等置信

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