TkA08G105120 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G105120

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 27294810-27297770 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

909 bp · TkA08G105120|TK1151|cDNA

TATAAATAGAGATGAACGATGTACCAATATTTACACAGAATTCTCAATTGAAAAAGTTAATATGAAAATGAAAATTGGGATCGAATCATACAGTCGAGTAAGCAAAGATCATCCTATTGCTTCTTTATAGAGACGCTTAAACTCATACGGAAGAGAGAAATTTTCTGTCTTTCACTCTACGATTGACACCACAATCAAACACCGATCTATTCGTTTTTCTTCCAGTTTGTAACACATCTTCCACTTTTAGGGTTTCACAC...

CDS

下载 CDS FASTA

1413 bp · TkA08G105120|TK1151|CDS

ATGGTGAATGAATCTGAAGGCGGTCAACAAGAGAAAGACCTCGTAGGTTCGTATTTCTTGGAGTTATGGAGATCGAAGTCCAAGAGGGCAGCTCTTTCACATACAAAAGACGTTGAAATGATGAAATTAGACGATGAAGGCGAAGAACTAGAAGAAGAGGAGGAGCCCGTTCCCACGGAGCTTGATACTCTCAACAGTTCCGGCGGGTTCTCGATTGTATTACCGAACAAGCTATCGGTTCAGTACCCGAGCGTCAACTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

470 aa · TkA08G105120|TK1151|PROTEIN

MVNESEGGQQEKDLVGSYFLELWRSKSKRAALSHTKDVEMMKLDDEGEELEEEEEPVPTELDTLNSSGGFSIVLPNKLSVQYPSVNLHGHDVGVVQANHPAPVKRLLYYFEIFVKNAGARGQIAIGFTTEGFHMRRQPGWEANSFGYHGDDGLLYRGQGKGEAFGPTYSTGDVVGGGINYTSNEFFFTKNGQVVGTVEKDVKGRLYPTVAVHSQSEEVVVNFGKDPFIFDIKVYEATFRAKQQEVIEKSVIPQTASYGIV...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G105120`
TK1151 ID	TkA08G105120
OH-1004 ID	LXL04_031405
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.957 / OH-1004 95.349 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G105120

位置 Chr08:27294810-27297770 (+)

描述 Similar to RANBPM: Ran-binding protein M homolog

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g35470`	Ran结合蛋白M同源物。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031405 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000226 microtubule cytoskeleton organization 生物过程

GO:0007010 cytoskeleton organization 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0000151 ubiquitin ligase complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0015630 microtubule cytoskeleton 细胞组分

GO:0034657 GID complex 细胞组分

GO:0048471 perinuclear region of cytoplasm 细胞组分

GO:0005085 guanyl-nucleotide exchange factor activity 分子功能

GO:0030674 protein-macromolecule adaptor activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G35470

bta:519736

dre:793293

hsa:57610

mmu:74334

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.595

排名 1 · TkA08G105120 · TK1151

细胞质0.514

排名 2 · TkA08G105120 · TK1151

线粒体0.038

排名 3 · TkA08G105120 · TK1151

细胞膜0.034

排名 4 · TkA08G105120 · TK1151

内质网0.027

排名 5 · TkA08G105120 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10607CTLH19-37 aa

PF26038Dimer_MINDY4_N39-62 aa

PF00622SPRY108-224 aa

PF21051ARMC9_LisH258-278 aa

PF26038Dimer_MINDY4_N258-281 aa

PF30093LisH_UCP007778263-276 aa

PF10607CTLH306-445 aa

PF19964EAD11309-328 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G105120	`PF10607`	CTLH	19	37	3.4e-22	79.8
TkA08G105120	`PF26038`	Dimer_MINDY4_N	39	62	0.15	13.3
TkA08G105120	`PF00622`	SPRY	108	224	1.1e-20	74.7
TkA08G105120	`PF21051`	ARMC9_LisH	258	278	0.0056	17.5
TkA08G105120	`PF26038`	Dimer_MINDY4_N	258	281	0.15	13.3
TkA08G105120	`PF30093`	LisH_UCP007778	263	276	0.014	15.7
TkA08G105120	`PF10607`	CTLH	306	445	3.4e-22	79.8
TkA08G105120	`PF19964`	EAD11	309	328	0.044	14.5
TkA08G105120	`PF19964`	EAD11	347	380	0.044	14.5
TkA08G105120	`PF21051`	ARMC9_LisH	374	382	0.0056	17.5
TkA08G105120	`PF26038`	Dimer_MINDY4_N	384	444	0.15	13.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`F4HYD7`	拟南芥	sp\|F4HYD7\|RANBM_ARATH Ran-binding protein M homolog	62.000%	Swiss-Prot	高置信

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