TkA08G104780 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G104780

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 27204597-27207353 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1701 bp · TkA08G104780|TK1151|cDNA

TTAAAATTCAGGTGACGAGACACTTCGCGCCTCCTTCTTCCGTATCAGATTCAGTCAGAAATCGTTATGCAGCCGCTAGAAGTGGGTACTCGCGTTCTGTGCCGATGGCGGGACGGCAAACATCATCCCGTCAAGGTCATCGAACGGCGTAGACTCCACGCCGATGGACCAAATGACTACGAGTATTACGTTCATTACACAGAGTTCAACAGGAGGCTTGATGAATGGGTTAGACTTGAACAGCTTGACCTTGACTCAGT...

CDS

下载 CDS FASTA

834 bp · TkA08G104780|TK1151|CDS

ATGCAGCCGCTAGAAGTGGGTACTCGCGTTCTGTGCCGATGGCGGGACGGCAAACATCATCCCGTCAAGGTCATCGAACGGCGTAGACTCCACGCCGATGGACCAAATGACTACGAGTATTACGTTCATTACACAGAGTTCAACAGGAGGCTTGATGAATGGGTTAGACTTGAACAGCTTGACCTTGACTCAGTAGAAAATGATGTAGATGAAAAGGTGGAAGACAAGGTAACAGGTTTGAAAATGACACGTCACCAGAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

277 aa · TkA08G104780|TK1151|PROTEIN

MQPLEVGTRVLCRWRDGKHHPVKVIERRRLHADGPNDYEYYVHYTEFNRRLDEWVRLEQLDLDSVENDVDEKVEDKVTGLKMTRHQKRKIDETHVEGHEELDAASLREHEEFTKVKNIATIELGRYEIETWYFSPFPPEYNDSLNLYFCEFCLTFMKRKEQLQRHMKKCDLKHPPGDEIYRSGTLSMFEVDGKKNKVYGQNLCYLAKLFLDHKTLYYDVDLFLFYVLCECDDRGCHMVGYFSKEKHSEESYNLACILTLP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G104780`
TK1151 ID	TkA08G104780
OH-1004 ID	LXL04_031398
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Strict
蛋白一致性 (%)	100.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.946 / OH-1004 94.946 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G104780

位置 Chr08:27204597-27207353 (+)

描述 Similar to HAM2: Histone acetyltransferase of the MYST family 2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g09740`	组蛋白乙酰转移酶，可能参与转录激活。	In vitro specificities of Arabidopsis co-activator histone acetyltransferases: implications for histone hyperacetylation in gene activation.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03264.x The MYST histone acetyltransferases are essential for gametophyte development in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1186/1471-2229-8-121 Requirement of histone acetyltransferases HAM1 and HAM2 for epigenetic modification of FLC in regulating flowering in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1016/j.jplph.2012.11.007
`At5g64610`	组蛋白乙酰转移酶，可能参与转录激活。	In vitro specificities of Arabidopsis co-activator histone acetyltransferases: implications for histone hyperacetylation in gene activation.2007 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2007.03264.x The MYST histone acetyltransferases are essential for gametophyte development in Arabidopsis.2008 · DOI: 10.1186/1471-2229-8-121 Participation of chromatin-remodeling proteins in the repair of ultraviolet-B-damaged DNA.2012 · DOI: 10.1104/pp.111.191452 Requirement of histone acetyltransferases HAM1 and HAM2 for epigenetic modification of FLC in regulating flowering in Arabidopsis.2013 · DOI: 10.1016/j.jplph.2012.11.007

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0626600`	组蛋白乙酰转移酶，可能参与转录激活。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031398 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0010224 response to UV-B 生物过程

GO:0010506 regulation of autophagy 生物过程

GO:0032480 negative regulation of type I interferon production 生物过程

GO:0045815 transcription initiation-coupled chromatin remodeling 生物过程

GO:0045892 negative regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0050684 regulation of mRNA processing 生物过程

GO:0060261 positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II 生物过程

GO:1903108 regulation of mitochondrial transcription 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G09740

ath:AT5G64610

dosa:Os07g0626600

hsa:84148

rno:310194

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.788

排名 1 · TkA08G104780 · TK1151

细胞质0.272

排名 2 · TkA08G104780 · TK1151

线粒体0.036

排名 3 · TkA08G104780 · TK1151

细胞膜0.028

排名 4 · TkA08G104780 · TK1151

内质网0.018

排名 5 · TkA08G104780 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11717Tudor-knot4-62 aa

PF22732MSL3_chromo-like23-67 aa

PF13894zf-C2H2_481-88 aa

PF17772zf-MYST115-169 aa

PF13894zf-C2H2_4147-168 aa

PF01853MOZ_SAS173-264 aa

PF17772zf-MYST198-217 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G104780	`PF11717`	Tudor-knot	4	62	2.1e-21	76.3
TkA08G104780	`PF22732`	MSL3_chromo-like	23	67	0.014	16.1
TkA08G104780	`PF13894`	zf-C2H2_4	81	88	2.5	9.7
TkA08G104780	`PF17772`	zf-MYST	115	169	6.8e-25	87.2
TkA08G104780	`PF13894`	zf-C2H2_4	147	168	2.5	9.7
TkA08G104780	`PF01853`	MOZ_SAS	173	264	3.2e-50	171.3
TkA08G104780	`PF17772`	zf-MYST	198	217	6.8e-25	87.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LXD7`	拟南芥	sp\|Q9LXD7\|MYST2_ARATH Histone acetyltransferase of the MYST family 2	90.900%	Swiss-Prot	高置信
`Q9FLF7`	拟南芥	sp\|Q9FLF7\|MYST1_ARATH Histone acetyltransferase of the MYST family 1	90.000%	Swiss-Prot	高置信
`Q8LI34`	水稻	sp\|Q8LI34\|MYST1_ORYSJ Putative MYST-like histone acetyltransferase 1	90.900%	Swiss-Prot	高置信

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