基因详情
输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
基因概览
TkA08G102360
当前版本: TK1151
染色体: Chr08
坐标: 26524869-26526966
链方向: +
类型: protein_coding
cDNA / CDS / 蛋白序列
cDNA
下载 cDNA FASTA747 bp · TkA08G102360|TK1151|cDNA
ATGTCCGGACTCCGGAATCTTCCTAATGCACAGATACAATTGGAAAGAAAAGAAGCTGAACGAGCTGGAACGGCTGAAGAGTCCCCTGTAGTTACTCCATTAATGGAATTTATTCGCCAGCAAAGAGCTGCCAAGGGTGGACCTCGGTATGTCCCGAGGAATAATTGTGGGAAGGGTAGTAGAAGTGGTAAAGAAAAGTCAACATATGTTCAGATAACCAATGGTTTGTCGTCTGTTAAATATGTGGGGTCCCCTAAACA...
CDS
下载 CDS FASTA747 bp · TkA08G102360|TK1151|CDS
ATGTCCGGACTCCGGAATCTTCCTAATGCACAGATACAATTGGAAAGAAAAGAAGCTGAACGAGCTGGAACGGCTGAAGAGTCCCCTGTAGTTACTCCATTAATGGAATTTATTCGCCAGCAAAGAGCTGCCAAGGGTGGACCTCGGTATGTCCCGAGGAATAATTGTGGGAAGGGTAGTAGAAGTGGTAAAGAAAAGTCAACATATGTTCAGATAACCAATGGTTTGTCGTCTGTTAAATATGTGGGGTCCCCTAAACA...
248 aa · TkA08G102360|TK1151|PROTEIN
MSGLRNLPNAQIQLERKEAERAGTAEESPVVTPLMEFIRQQRAAKGGPRYVPRNNCGKGSRSGKEKSTYVQITNGLSSVKYVGSPKHLRRRGPQENLQSLSLEVEFWFLVLSVSSFMNELVSSDLESKRRLFLPVYLEKEDLLTWVLDLIVLIRRHDFSKSLFNDQTVIVCDQCEREYHIRCLREHKMADLEALPKGRWFCKEDCERIHYVLQDLLIREPEIVHEELLTFVRKKEKEKEKEKGERKRK
上下游序列下载
序列方向与下载说明
上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。
多版本 ID 对照
| 输入 ID | TkA08G102360 |
|---|---|
| TK1151 ID | TkA08G102360 |
| OH-1004 ID | LXL04_031342 |
| 关系 / 置信度 | 跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系 |
| 蛋白一致性 (%) | 97.800 |
| 蛋白覆盖度 (%) | TK1151 93.145 / OH-1004 78.571覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。 |
| 版本 | TK1151 / GWHBCHF00000000 |
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151
展开后加载该基因的变异记录。
基因基本信息与功能注释
| 基因 ID | TkA08G102360 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 位置 | Chr08:26524869-26526966 (+) | ||||||
| 描述 | Similar to UPF3: Regulator of nonsense transcripts UPF3 | ||||||
| 拟南芥 / 水稻参考基因与文献 |
拟南芥
水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。 | ||||||
| 功能注释来源 | 查看注释来源功能注释来源：OH1004 · | ||||||
| GO 注释（OH1004 来源） | GO:0000184 nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay 生物过程 GO:0009611 response to wounding 生物过程 GO:0009863 salicylic acid mediated signaling pathway 生物过程 GO:0009867 jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程 GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程 GO:0045727 positive regulation of translation 生物过程 GO:0048571 long-day photoperiodism 生物过程 GO:0051028 mRNA transport 生物过程 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005730 nucleolus 细胞组分 GO:0005737 cytoplasm 细胞组分 GO:0003729 mRNA binding 分子功能 | ||||||
| KEGG 基因交叉引用 | ath:AT1G33980 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。 |
基因表达
查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。
数据来源与对应关系说明
表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。
亚细胞定位 Top 5
以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。
细胞核0.732
细胞质0.274
线粒体0.049
细胞膜0.043
内质网0.027
LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果
预测功能结构域
结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
PF27108PHD_Pygo136-148 aaPF23412zf_RING_Vps8160-201 aaPF27108PHD_Pygo160-202 aaPF00628PHD164-203 aaPF22908PHD_NSD164-201 aaPF00130C1_1167-187 aaPF14446Prok-RING_1167-184 aaPF23011PHD-1st_NSD169-203 aa| 基因 ID | 结构域编号 | 结构域名称 | 起始 aa | 终止 aa | E 值 | 评分 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| TkA08G102360 | PF27108 | PHD_Pygo | 136 | 148 | 0.36 | 11.7 |
| TkA08G102360 | PF23412 | zf_RING_Vps8 | 160 | 201 | 0.037 | 14.6 |
| TkA08G102360 | PF27108 | PHD_Pygo | 160 | 202 | 0.36 | 11.7 |
| TkA08G102360 | PF00628 | PHD | 164 | 203 | 2.9e-06 | 27.9 |
| TkA08G102360 | PF22908 | PHD_NSD | 164 | 201 | 0.0098 | 16.9 |
| TkA08G102360 | PF00130 | C1_1 | 167 | 187 | 0.064 | 13.8 |
| TkA08G102360 | PF14446 | Prok-RING_1 | 167 | 184 | 0.11 | 13.3 |
| TkA08G102360 | PF23011 | PHD-1st_NSD | 169 | 203 | 0.16 | 12.9 |
| TkA08G102360 | PF26235 | zf-KKT2_KKT3 | 171 | 177 | 0.11 | 13.3 |
| TkA08G102360 | PF26235 | zf-KKT2_KKT3 | 180 | 210 | 0.11 | 13.3 |
拟南芥 / 水稻蛋白同源
仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。
| 蛋白 | 物种 | 描述 | 一致性 | 数据库 | 置信等级 |
|---|---|---|---|---|---|
Q9FVW4 | 拟南芥 | sp|Q9FVW4|RENT3_ARATH Regulator of nonsense transcripts UPF3 | 65.100% | Swiss-Prot | 低置信 |