RubberDandelionOmics 橡胶草多组学网站
更多
转录组数据查询 注释 橡胶合成 转录因子预测 靶基因 蛋白关联网络 重测序 工具 下载
ZH EN

本页使用教程

基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G101670
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 26368261-26368740 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

480 bp · TkA08G101670|TK1151|cDNA

ATGGAACCACGGATAGATCATGTGTCGTGTTTGGTTGATATGTATGGGAGGTGGGGGTATTTAAAAGAGGCGGAGGAGATAATCGGTAAAGTTGGATTTGAACCGAATGTGATTGTGTGGGGTACGTTTCTTGGGGCGTGTAGGATTCACGGGGATGAAAAGAGAGGGAAAAGGGCGAGTGATGAGTTGGCGAAATTGGAGCCTGAGAGTTCCGCTTCTTTTGTTTTGCTTTCGAATATTTATGCGGCTTCTGGGAATTG...

CDS

下载 CDS FASTA

480 bp · TkA08G101670|TK1151|CDS

ATGGAACCACGGATAGATCATGTGTCGTGTTTGGTTGATATGTATGGGAGGTGGGGGTATTTAAAAGAGGCGGAGGAGATAATCGGTAAAGTTGGATTTGAACCGAATGTGATTGTGTGGGGTACGTTTCTTGGGGCGTGTAGGATTCACGGGGATGAAAAGAGAGGGAAAAGGGCGAGTGATGAGTTGGCGAAATTGGAGCCTGAGAGTTCCGCTTCTTTTGTTTTGCTTTCGAATATTTATGCGGCTTCTGGGAATTG...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

159 aa · TkA08G101670|TK1151|PROTEIN

MEPRIDHVSCLVDMYGRWGYLKEAEEIIGKVGFEPNVIVWGTFLGACRIHGDEKRGKRASDELAKLEPESSASFVLLSNIYAASGNWEEVNFVRREMREKGVKKHPGCSWIKLGGETHLFVSGDELHLNSGEIYAILMELEGAMKDVVGNEYDVVDAIG

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G101670
TK1151 IDTkA08G101670
OH-1004 IDLXL04_031329
关系 / 置信度序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)99.400
蛋白覆盖度 (%)TK1151 100.000 / OH-1004 16.126
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G101670
位置Chr08:26368261-26368740 (+)
描述Similar to PCMP-E88: Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g09040, mitochondrial
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At3g09040 含五肽重复序列的蛋白 At3g09040，线粒体。 暂无已核实直接文献
At4g02750 含五肽重复序列的蛋白 At4g02750。 暂无已核实直接文献
At3g49142 推定含五重复肽的蛋白质 At3g49142。 暂无已核实直接文献
At1g08070 参与叶绿体中多个位点的RNA编辑事件。 暂无已核实直接文献
At2g13600 含五螺旋肽重复的蛋白 At2g13600。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031329 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006397 mRNA processing 生物过程
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0016554 cytidine to uridine editing 生物过程
GO:0080156 mitochondrial mRNA modification 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0060090 molecular adaptor activity 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT3G02330
ath:AT3G09040
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.540
排名 1 · TkA08G101670 · TK1151
质体0.242
排名 2 · TkA08G101670 · TK1151
细胞核0.095
排名 3 · TkA08G101670 · TK1151
细胞质0.044
排名 4 · TkA08G101670 · TK1151
过氧化物酶体0.009
排名 5 · TkA08G101670 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01535PPR9-29 aa
PF13812PPR_315-47 aa
PF13812PPR_332-54 aa
PF29571COX2635-47 aa
PF01535PPR39-52 aa
PF20431E_motif50-112 aa
PF01582TIR50-90 aa
PF01535PPR75-102 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G101670PF01535PPR9295e-0730.2
TkA08G101670PF13812PPR_315470.08513.7
TkA08G101670PF13812PPR_332540.08513.7
TkA08G101670PF29571COX2635470.1911.9
TkA08G101670PF01535PPR39525e-0730.2
TkA08G101670PF20431E_motif501121.1e-2177.6
TkA08G101670PF01582TIR50900.2212.0
TkA08G101670PF01535PPR751025e-0730.2
TkA08G101670PF13812PPR_3801030.08513.7
TkA08G101670PF20430Eplus_motif1171400.08213.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9SS83拟南芥sp|Q9SS83|PP220_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g09040, mitochondrial47.400%Swiss-Prot中等置信
Q9SY02拟南芥sp|Q9SY02|PP301_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g0275046.900%Swiss-Prot中等置信
P0C899拟南芥sp|P0C899|PP271_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g4914247.600%Swiss-Prot中等置信
Q9LN01拟南芥sp|Q9LN01|PPR21_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g08070, chloroplastic43.300%Swiss-Prot中等置信
Q9SIT7拟南芥sp|Q9SIT7|PP151_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g1360042.000%Swiss-Prot中等置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看