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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G100670
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 26098793-26100442 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

1557 bp · TkA08G100670|TK1151|cDNA

ATGAACGAAAAACTTGTAGACTCATGGAACTCAATGATTTCCGGATACACCCATAAAGGGCTATATTCCAAATCACTAGAAATGTCAAAAAAGATGCATCTTTTAGGAATCAAATTCGATGGATTCACTTACACAAGCCTCCTAAGTGCGTGTGCCAACAGTAAATTATTTCTCCATGGAAAACAGGTACACGCTTACATCATCAAAACCGTAATAAACCCATCTCGTGACTTTCTCTTCAGTGTCAACAACGCGTTAAT...

CDS

下载 CDS FASTA

1557 bp · TkA08G100670|TK1151|CDS

ATGAACGAAAAACTTGTAGACTCATGGAACTCAATGATTTCCGGATACACCCATAAAGGGCTATATTCCAAATCACTAGAAATGTCAAAAAAGATGCATCTTTTAGGAATCAAATTCGATGGATTCACTTACACAAGCCTCCTAAGTGCGTGTGCCAACAGTAAATTATTTCTCCATGGAAAACAGGTACACGCTTACATCATCAAAACCGTAATAAACCCATCTCGTGACTTTCTCTTCAGTGTCAACAACGCGTTAAT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

518 aa · TkA08G100670|TK1151|PROTEIN

MNEKLVDSWNSMISGYTHKGLYSKSLEMSKKMHLLGIKFDGFTYTSLLSACANSKLFLHGKQVHAYIIKTVINPSRDFLFSVNNALITLYSKCGKTDDARKIFDKMPIRDIVSWNSVLSGFAQNGSGEEGLKLFNQQRSTECQPCDYSYAGAIRSCSAIASLNHGCQLHAQLIQSGFGSSLSASNSLITMYARCGVLEDSHSVFLTMPCLDSVSWNAMIAAFGQHGHGSRAVNLYEEMLKENIAPDRITFLTILSSCSHS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G100670
TK1151 IDTkA08G100670
OH-1004 IDLXL04_031299
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)93.600
蛋白覆盖度 (%)TK1151 96.911 / OH-1004 65.000
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G100670
位置Chr08:26098793-26100442 (+)
描述Similar to PCMP-H74: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g25360
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At1g25360 含有五肽重复的蛋白 At1g25360。 暂无已核实直接文献
At3g23330 推定含五重复肽的蛋白 At3g23330。 暂无已核实直接文献
At4g13650 含五重复肽基序蛋白 At4g13650。 暂无已核实直接文献
At4g33990 含五肽重复的蛋白At4g33990。 暂无已核实直接文献
At3g49710 含五重复肽序列的蛋白At3g49710。 暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031299 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0009451 RNA modification 生物过程
GO:0010214 seed coat development 生物过程
GO:0140547 acquisition of seed longevity 生物过程
GO:0005739 mitochondrion 细胞组分
GO:0003723 RNA binding 分子功能
GO:0008270 zinc ion binding 分子功能
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G25360
ath:AT2G22070
ath:AT4G02750
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.616
排名 1 · TkA08G100670 · TK1151
质体0.223
排名 2 · TkA08G100670 · TK1151
细胞核0.068
排名 3 · TkA08G100670 · TK1151
细胞质0.035
排名 4 · TkA08G100670 · TK1151
过氧化物酶体0.007
排名 5 · TkA08G100670 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070MSC6_N7-57 aa
PF13041PPR_28-53 aa
PF01535PPR8-37 aa
PF12854PPR_18-32 aa
PF17177PPR_long10-54 aa
PF23276TPR_2411-103 aa
PF17177PPR_long26-110 aa
PF13812PPR_330-77 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G100670PF29070MSC6_N7571.1e-0835.3
TkA08G100670PF13041PPR_28535.1e-47158.5
TkA08G100670PF01535PPR8377e-46152.0
TkA08G100670PF12854PPR_18329.7e-2483.5
TkA08G100670PF17177PPR_long10545.4e-0626.6
TkA08G100670PF23276TPR_24111031.3e-0525.9
TkA08G100670PF17177PPR_long261105.4e-0626.6
TkA08G100670PF13812PPR_330779e-1761.6
TkA08G100670PF07723LRR_230510.1313.7
TkA08G100670PF12854PPR_136509.7e-2483.5
TkA08G100670PF01535PPR42617e-46152.0
TkA08G100670PF25064ARM_TT21_5th801060.06614.3
TkA08G100670PF13041PPR_2841075.1e-47158.5
TkA08G100670PF01535PPR841077e-46152.0
TkA08G100670PF12854PPR_1841069.7e-2483.5
TkA08G100670PF13812PPR_3841069e-1761.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9FRI5拟南芥sp|Q9FRI5|PPR57_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g2536055.200%Swiss-Prot高置信
Q9LW63拟南芥sp|Q9LW63|PP251_ARATH Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At3g2333040.500%Swiss-Prot中等置信
Q9SVP7拟南芥sp|Q9SVP7|PP307_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g1365042.700%Swiss-Prot中等置信
O81767拟南芥sp|O81767|PP348_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g3399042.000%Swiss-Prot中等置信
Q9M2Y7拟南芥sp|Q9M2Y7|PP274_ARATH Pentatricopeptide repeat-containing protein At3g4971044.100%Swiss-Prot中等置信

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