LXL04_031299 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_031299

当前版本: OH-1004 染色体: Chr07 坐标: 4321333-4323939 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2463 bp · LXL04_031299|LXL04_031299|OH1004|cDNA

ATGAATGCATTAAGAAAGCAGGCGTCGAATCTCGGAAAACAGACCGGTCTCAAGGAATTTACAGGAAAAGACCGCGTAACAGACGCTGTTCGTGCTCTGGCCAACTTCTACGCTGCACAGCTCTCACTATGCTCCAAACAAATCCCAACCTCGTATTCCAATGCCCGAATGGTTCATGCCCACATGATCGTTTCTGGGTTCAGGCCCAAGTCTCACATCCTCAACCGCTTAATGGACTTATACACCAAATCGTCCAACCT...

CDS

下载 CDS FASTA

2463 bp · LXL04_031299|LXL04_031299|OH1004|CDS

ATGAATGCATTAAGAAAGCAGGCGTCGAATCTCGGAAAACAGACCGGTCTCAAGGAATTTACAGGAAAAGACCGCGTAACAGACGCTGTTCGTGCTCTGGCCAACTTCTACGCTGCACAGCTCTCACTATGCTCCAAACAAATCCCAACCTCGTATTCCAATGCCCGAATGGTTCATGCCCACATGATCGTTTCTGGGTTCAGGCCCAAGTCTCACATCCTCAACCGCTTAATGGACTTATACACCAAATCGTCCAACCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

820 aa · LXL04_031299|LXL04_031299|OH1004|PROTEIN

MNALRKQASNLGKQTGLKEFTGKDRVTDAVRALANFYAAQLSLCSKQIPTSYSNARMVHAHMIVSGFRPKSHILNRLMDLYTKSSNLPYARQLFDEIPEPDICARTTFITAYSASGDLKLAREIFNNTPLNIRDTVSYNAMITGCAHNSDGNAAFDLFRDMKRYNFKPDNFTYTSMLSALSLIADHESHCQQLHSEIIKSGTGFVTSVINALISVYIKCASSPHVTPSLLMDAARKLFDEMPHKDEVSWTTVINGYIRND...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_031299`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_031299

位置 Chr07:4321333-4323939 (+)

描述 Similar to PCMP-H74: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g25360

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g25360`	含有五肽重复的蛋白 At1g25360。	暂无已核实直接文献
`At2g22070`	含五肽重复序列的蛋白 At2g22070。	暂无已核实直接文献
`At4g02750`	含五肽重复序列的蛋白 At4g02750。	暂无已核实直接文献
`At5g16860`	含五基重复蛋白 At5g16860。	暂无已核实直接文献
`At1g68930`	推测含有五肽重复序列的蛋白 At1g68930。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031299 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009451 RNA modification 生物过程

GO:0010214 seed coat development 生物过程

GO:0140547 acquisition of seed longevity 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G25360

ath:AT2G22070

ath:AT4G02750

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.612

排名 1 · LXL04_031299 · OH-1004

质体0.244

排名 2 · LXL04_031299 · OH-1004

细胞核0.054

排名 3 · LXL04_031299 · OH-1004

细胞质0.034

排名 4 · LXL04_031299 · OH-1004

细胞膜0.006

排名 5 · LXL04_031299 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13041.13PPR_2133-180 aa

PF13812.13PPR_3134-179 aa

PF01535.27PPR136-165 aa

PF13041.13PPR_2245-275 aa

PF12854.14PPR_1245-272 aa

PF01535.27PPR247-274 aa

PF13041.13PPR_2279-324 aa

PF01535.27PPR279-308 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_031299	`PF13041.13`	PPR_2	133	180	3.8e-79	261.3
LXL04_031299	`PF13812.13`	PPR_3	134	179	1.7e-28	99.1
LXL04_031299	`PF01535.27`	PPR	136	165	7.6e-71	230.3
LXL04_031299	`PF13041.13`	PPR_2	245	275	3.8e-79	261.3
LXL04_031299	`PF12854.14`	PPR_1	245	272	7.2e-38	128.7
LXL04_031299	`PF01535.27`	PPR	247	274	7.6e-71	230.3
LXL04_031299	`PF13041.13`	PPR_2	279	324	3.8e-79	261.3
LXL04_031299	`PF01535.27`	PPR	279	308	7.6e-71	230.3
LXL04_031299	`PF01535.27`	PPR	355	378	7.6e-71	230.3
LXL04_031299	`PF13041.13`	PPR_2	412	458	3.8e-79	261.3
LXL04_031299	`PF01535.27`	PPR	414	437	7.6e-71	230.3
LXL04_031299	`PF13041.13`	PPR_2	513	560	3.8e-79	261.3
LXL04_031299	`PF01535.27`	PPR	515	545	7.6e-71	230.3
LXL04_031299	`PF29070.1`	MSC6_N	518	610	1.3e-14	54.8
LXL04_031299	`PF20431.5`	E_motif	630	692	1e-18	68.0
LXL04_031299	`PF14432.13`	DYW_deaminase	728	820	6.7e-43	145.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FRI5`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g25360	59.296%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9SHZ8`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At2g22070	39.241%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9SY02`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g02750	35.811%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LFL5`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g16860	35.393%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9CAA8`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g68930	35.354%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情