TkA08G099180 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G099180

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 25709180-25715971 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3822 bp · TkA08G099180|TK1151|cDNA

AAAAAAAGGAGTTGCGGTAAAATTTGGGAGTATTTCTGGTTTATAGATTCCCCAATTTTATATTGGAGCGAAATAGATAGGACACCTCGGGGAAACCAATATTGTTGAACTGCTACAGCTCTTCATCTTTGAATTCCGAAAGGAAGCTGCGAAAATATGGAGATGGAAGTAAGAGCAGTGGCAGGATTGGAAGGATGCTACGTTTCACTACCACTTCATCTGATTCAAACTCTTCAATCAACTTCTTCTGCTTCTCTGTT...

CDS

下载 CDS FASTA

3426 bp · TkA08G099180|TK1151|CDS

ATGGAGATGGAAGTAAGAGCAGTGGCAGGATTGGAAGGATGCTACGTTTCACTACCACTTCATCTGATTCAAACTCTTCAATCAACTTCTTCTGCTTCTCTGTTTTCTTTTCTAGCTCTTGAGCTTCGGTCAATCACAAACAATAATGATGTCTGGTACGTTGCTTGGTCTGGCTCCGCATCCTCTAGCTCTTCAGCAATTGAGATTGCTCAGCAATTTGCAGAATGTCTTCATCTGCCAGATCATACAACTGTTCGAAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1141 aa · TkA08G099180|TK1151|PROTEIN

MEMEVRAVAGLEGCYVSLPLHLIQTLQSTSSASLFSFLALELRSITNNNDVWYVAWSGSASSSSSAIEIAQQFAECLHLPDHTTVRIKAIPSLPKAKSVTIEPDTEDDWEVLELNAEHAEAAILKQAGIVHEGMRFPLWLHGHTTITFSVVSTDPKEPMVQLVPGTEVCVAPKRRRRSENSVVKALLRIQDGDSRFFHKLRVNDIEMGVVLTSAVFIHPETADVFSLDSLQHVVLEQRLVKKEKKANSTPKEVDNGVPTK...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G099180`
TK1151 ID	TkA08G099180
OH-1004 ID	LXL04_031279
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	93.100
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.861 / OH-1004 98.800 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G099180

位置 Chr08:25709180-25715971 (-)

描述 Similar to PEX1: Peroxisome biogenesis protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g08470`	PEX1-PEX6 AAA ATP酶复合体的组分，一个蛋白质去位复合体，通过ATP依赖性方式从过氧化物酶体膜中提取PEX5受体，这是PEX5循环的关键步骤。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031279 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006625 protein targeting to peroxisome 生物过程

GO:0006635 fatty acid beta-oxidation 生物过程

GO:0007031 peroxisome organization 生物过程

GO:0016558 protein import into peroxisome matrix 生物过程

GO:0016562 protein import into peroxisome matrix, receptor recycling 生物过程

GO:0043335 protein unfolding 生物过程

GO:0060152 microtubule-based peroxisome localization 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005777 peroxisome 细胞组分

GO:0005778 peroxisomal membrane 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT5G08470

hsa:5189

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.329

排名 1 · TkA08G099180 · TK1151

细胞质0.294

排名 2 · TkA08G099180 · TK1151

过氧化物酶体0.167

排名 3 · TkA08G099180 · TK1151

内质网0.088

排名 4 · TkA08G099180 · TK1151

线粒体0.088

排名 5 · TkA08G099180 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF09262PEX-1N97-172 aa

PF09848SLFN-g3_helicase257-301 aa

PF13555AAA_29551-569 aa

PF01580FtsK_SpoIIIE551-570 aa

PF27394Aq_aa27552-641 aa

PF13191AAA_16553-597 aa

PF00580UvrD-helicase554-600 aa

PF06414Zeta_toxin555-585 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G099180	`PF09262`	PEX-1N	97	172	9.3e-27	93.9
TkA08G099180	`PF09848`	SLFN-g3_helicase	257	301	0.0023	18.0
TkA08G099180	`PF13555`	AAA_29	551	569	0.0055	17.2
TkA08G099180	`PF01580`	FtsK_SpoIIIE	551	570	0.18	12.0
TkA08G099180	`PF27394`	Aq_aa27	552	641	0.072	13.6
TkA08G099180	`PF13191`	AAA_16	553	597	1.1e-14	56.0
TkA08G099180	`PF00580`	UvrD-helicase	554	600	0.038	14.4
TkA08G099180	`PF06414`	Zeta_toxin	555	585	0.11	12.7
TkA08G099180	`PF24389`	ORC-CDC6-like	555	571	0.27	10.6
TkA08G099180	`PF13401`	AAA_22	556	609	2.8e-07	31.6
TkA08G099180	`PF05496`	RuvB_N	556	582	3.5e-07	30.8
TkA08G099180	`PF20720`	nSTAND3	556	583	1.2e-05	25.8
TkA08G099180	`PF00931`	NB-ARC	556	602	9.5e-05	22.7
TkA08G099180	`PF07728`	AAA_5	557	580	9.4e-08	32.9
TkA08G099180	`PF01078`	Mg_chelatase	557	581	2e-05	24.8
TkA08G099180	`PF12775`	AAA_7	557	589	4.8e-05	23.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9FNP1`	拟南芥	sp\|Q9FNP1\|PEX1_ARATH Peroxisomal ATPase PEX1	57.200%	Swiss-Prot	高置信

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