TkA08G092310 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G092310

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 23892376-23906703 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5071 bp · TkA08G092310|TK1151|cDNA

CCTATAAACCCTCGCTCAGGTCTCTCCTCAAATACACATCAAATTCACGGACAAGTTTCCCTTGTGAATTCTCTCTCTCCCCTCCCCTCACTCCTACTTTTGCTCTACTGGATTTGAATCAGCAAATACGCACACAAACAATCAACCACAGGTATTGGGGATATATACTTATACGACTTTGGCTATGTACGGGTTTGACTTATCTGAATCTAATTAGGGCACATGTGATTTAGGTTATCATGTTTCATAGTTAATTGGAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1164 bp · TkA08G092310|TK1151|CDS

ATGAGTAGTAGTAGTACTAGTCTGTATCAGGATACATCAGTGGAACGTCTTCTTCGTGAGGTGACTAATGACAAGTTCTGGCAGCATCCAGAGGAGGCAGAACTCGAGCGCGTTCCTGGAACCTTTGAATCCGTAGAAGAATATATTAAAGTGTTCGAGCCTTTGCTTTTTGAGGAATGCCGAGCACAACTCTACAGCACCTGGGAAGAATCCACCGAAATGTCTACATCCGCCAAAGAGCATCCAATGGTCCGTATCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

387 aa · TkA08G092310|TK1151|PROTEIN

MSSSSTSLYQDTSVERLLREVTNDKFWQHPEEAELERVPGTFESVEEYIKVFEPLLFEECRAQLYSTWEESTEMSTSAKEHPMVRIKTVERRERGWYDVILVPSNECRWNFKEGDVAVLSTPRPGTVISKRASVGEDPEVTGRVAGTVRRHIPIDTRDPMGAILHFYVGDSYDSKGDNDDHILNKLHPKGVWFLTFLGSLATTQREYIALHAFRRLNSKMQTAILQPSPEMFPKYEEQAPAMPDCFTPNFVDYLHRTFNA...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G092310`
TK1151 ID	TkA08G092310
OH-1004 ID	LXL04_031182
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.400
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 97.674 / OH-1004 14.527 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G092310`
位置	Chr08:23892376-23906703 (+)
描述	Similar to SPBC29A10.10c: Uncharacterized ATP-dependent helicase C29A10.10c (Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843)
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_031182` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006283 transcription-coupled nucleotide-excision repair 生物过程 GO:0006353 DNA-templated transcription termination 生物过程 GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程 GO:0006364 rRNA processing 生物过程 GO:0006369 termination of RNA polymerase II transcription 生物过程 GO:0006386 termination of RNA polymerase III transcription 生物过程 GO:0006397 mRNA processing 生物过程 GO:0006399 tRNA metabolic process 生物过程 GO:0006974 DNA damage response 生物过程 GO:0008033 tRNA processing 生物过程 GO:0016180 snRNA processing 生物过程 GO:0031123 RNA 3'-end processing 生物过程
KEGG 基因交叉引用	sce:YLR430W spo:2540523 spo:2541556 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.425

排名 1 · TkA08G092310 · TK1151

细胞核0.385

排名 2 · TkA08G092310 · TK1151

线粒体0.210

排名 3 · TkA08G092310 · TK1151

过氧化物酶体0.070

排名 4 · TkA08G092310 · TK1151

细胞膜0.059

排名 5 · TkA08G092310 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF20073DUF646911-127 aa

PF13086AAA_11258-319 aa

PF13191AAA_16284-329 aa

PF01637ATPase_2285-339 aa

PF13245AAA_19289-330 aa

PF13604AAA_30290-329 aa

PF00004AAA292-352 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G092310	`PF20073`	DUF6469	11	127	5.7e-07	29.9
TkA08G092310	`PF13086`	AAA_11	258	319	4.2e-08	34.0
TkA08G092310	`PF13191`	AAA_16	284	329	0.021	16.1
TkA08G092310	`PF01637`	ATPase_2	285	339	0.2	12.2
TkA08G092310	`PF13245`	AAA_19	289	330	0.017	16.0
TkA08G092310	`PF13604`	AAA_30	290	329	0.11	12.9
TkA08G092310	`PF00004`	AAA	292	352	0.16	13.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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