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基因详情

输入 TK1151 或 OH-1004 基因 ID，查看对应参考版本的序列、功能注释与分析结果。
上下游长度，最大 10000 bp
示例 TkA01G624900 LXL04_000258

基因概览

TkA08G088310
当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 22867229-22870307 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

下载 cDNA FASTA

2787 bp · TkA08G088310|TK1151|cDNA

AAGAAATTAGGGTAACCAATTATGTACCAATGTACTAGTGGGTAGCACTAGCACTCTAGCAGCAGTACAATATAAAAGACAAAACCCCCAAATAATAGAGGTCTGTGTGTGTAGCCAATTAGATTTCGCAGATGAATAAAGAGCCAGTGATATAGAACAAGAGGGCATGGAGAATCCCTATGTACACTTTTGTAGAAAGAGAGTGAGAAGAAAAAACCACCTAAATTATTAGTTTCAATCGTCTTTCCTCCTAAATTTAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1494 bp · TkA08G088310|TK1151|CDS

ATGTCTGAAGATGACGGGGGCTGCGGCGGTGGTAAGCTGAGAAACTCAGTTGCCGGCACCGGAGCTGAACCCGGAGAGTTTTTCACGCCGTACCCAGATCAGGTTCTTGAAAACGTACTTGAAAACGTTTTGGTTTTCCTGAAATCACGGCGTGACCGTAACGCCGTTTCCCTCGTCTGCAAATCATGGTACCGCGCGGAAGCGTACACCAGATCGGATCTATTCATCGGAAACTGTTACTCTGTGTCTCCACGGCGGGT...

蛋白

下载 蛋白 FASTA

497 aa · TkA08G088310|TK1151|PROTEIN

MSEDDGGCGGGKLRNSVAGTGAEPGEFFTPYPDQVLENVLENVLVFLKSRRDRNAVSLVCKSWYRAEAYTRSDLFIGNCYSVSPRRVMDRFKRVRSISLKGKPRFADFSLLPADWGAHFRPWASAMATAYQSLEKIYLKRMSITDEDLEMVARSFPSFKELVLVCCEGFGTSGLAIIARDCRNLRVLELIEDEVSDDETDWISCFPQEGTTNLESLSFDCVEYPINFDALERLVARSPLLKKLRLNRYVSIGQLYRLILR...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

仅下载基因 CDS 下载蛋白序列

多版本 ID 对照

输入 IDTkA08G088310
TK1151 IDTkA08G088310
OH-1004 IDLXL04_031125
关系 / 置信度跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)99.200
蛋白覆盖度 (%)TK1151 99.195 / OH-1004 82.167
覆盖度与证据说明

覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。

版本TK1151 / GWHBCHF00000000
查看完整 ID 对照表
SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 IDTkA08G088310
位置Chr08:22867229-22870307 (+)
描述Similar to At5g49980: Transport inhibitor response 1-like protein
拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
At5g49980 类转运抑制响应1蛋白。 暂无已核实直接文献
At4g24390 F盒蛋白FBX14。 暂无已核实直接文献
At3g26810 SCF(ASK-cullin-F-box) E3 泛素连接酶复合物的组成部分，可能介导靶蛋白的泛素化和随后的蛋白酶体降解。
A plant miRNA contributes to antibacterial resistance by repressing auxin signaling.2006 · DOI: 10.1126/science.1126088
At1g12820 赋予对毒力细菌病原体 P.syringae 的敏感性（通过相似性）。 暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID可能功能对应论文 / DOI
Os04g0395600 类运输抑制因子响应蛋白 Os04g0395600。 暂无已核实直接文献
功能注释来源
查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_031125 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）
GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0006952 defense response 生物过程
GO:0009733 response to auxin 生物过程
GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程
GO:0010152 pollen maturation 生物过程
GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程
GO:0031146 SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程
GO:0048443 stamen development 生物过程
GO:0048527 lateral root development 生物过程
GO:0071249 cellular response to nitrate 生物过程
GO:0080022 primary root development 生物过程
GO:0000325 plant-type vacuole 细胞组分
KEGG 基因交叉引用
ath:AT1G12820
ath:AT3G26810
ath:AT4G24390
ath:AT5G49980
dosa:Os04g0395600
以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。
打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量
数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.722
排名 1 · TkA08G088310 · TK1151
细胞质0.220
排名 2 · TkA08G088310 · TK1151
细胞膜0.071
排名 3 · TkA08G088310 · TK1151
内质网0.044
排名 4 · TkA08G088310 · TK1151
质体0.039
排名 5 · TkA08G088310 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF18511F-box_533-72 aa
PF12937F-box-like39-66 aa
PF00646F-box49-65 aa
PF18791Transp_inhibit92-138 aa
PF24758LRR_At5g56370109-191 aa
PF23622LRR_At1g61320_AtMIF1125-211 aa
PF29594LRR_SKP2130-249 aa
PF25372LRR_FBXL15132-261 aa
基因 ID结构域编号结构域名称起始 aa终止 aaE 值评分
TkA08G088310PF18511F-box_533722.1e-2072.7
TkA08G088310PF12937F-box-like39660.0003421.0
TkA08G088310PF00646F-box49650.1712.6
TkA08G088310PF18791Transp_inhibit921385.8e-2380.9
TkA08G088310PF24758LRR_At5g563701091911.2e-0835.6
TkA08G088310PF23622LRR_At1g61320_AtMIF11252110.01615.4
TkA08G088310PF29594LRR_SKP21302491.7e-0938.1
TkA08G088310PF25372LRR_FBXL151322612.1e-0833.7
TkA08G088310PF13855LRR_81321400.1113.0
TkA08G088310PF07723LRR_21321481.410.4
TkA08G088310PF13516LRR_61431520.009816.6
TkA08G088310PF13516LRR_61571740.009816.6
TkA08G088310PF24758LRR_At5g563701602711.2e-0835.6
TkA08G088310PF13855LRR_81802060.1113.0
TkA08G088310PF13516LRR_61811890.009816.6
TkA08G088310PF07723LRR_21841981.410.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白物种描述一致性数据库置信等级
Q9LTX2拟南芥sp|Q9LTX2|TIR1L_ARATH Transport inhibitor response 1-like protein73.000%Swiss-Prot高置信
Q8RWQ8拟南芥sp|Q8RWQ8|FBX14_ARATH F-box protein FBX1472.000%Swiss-Prot高置信
Q9LW29拟南芥sp|Q9LW29|AFB2_ARATH Protein AUXIN SIGNALING F-BOX 252.300%Swiss-Prot高置信
Q9LPW7拟南芥sp|Q9LPW7|AFB3_ARATH Protein AUXIN SIGNALING F-BOX 351.300%Swiss-Prot高置信
Q7XVM8水稻sp|Q7XVM8|TIR1B_ORYSJ Transport inhibitor response 1-like protein Os04g039560051.100%Swiss-Prot高置信

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