TkA08G084490 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G084490

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 21770571-21775010 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

798 bp · TkA08G084490|TK1151|cDNA

ATGATTGACTCGGCTGCCTTCTTGGGGCTACGGTACAAATACATGGCAGCAATTTTCACGTCAGTGATAAACAAGTTTAAAGAAATGATAGACAAAGAATTGACTGAATTTAAAAAACTTGATGAAAATGGAAGGGCAAAGTTACTTGCAGAAGCCGAATCCAAAAATTTGAAGAATAAAAGGAAACGAGGTGGAAGAATAGATTCTGAAGTTTGTTCTAATATTCTAAAATTGGTGCAGTTGAATTTGAAAGGGGCACG...

CDS

下载 CDS FASTA

798 bp · TkA08G084490|TK1151|CDS

ATGATTGACTCGGCTGCCTTCTTGGGGCTACGGTACAAATACATGGCAGCAATTTTCACGTCAGTGATAAACAAGTTTAAAGAAATGATAGACAAAGAATTGACTGAATTTAAAAAACTTGATGAAAATGGAAGGGCAAAGTTACTTGCAGAAGCCGAATCCAAAAATTTGAAGAATAAAAGGAAACGAGGTGGAAGAATAGATTCTGAAGTTTGTTCTAATATTCTAAAATTGGTGCAGTTGAATTTGAAAGGGGCACG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

265 aa · TkA08G084490|TK1151|PROTEIN

MIDSAAFLGLRYKYMAAIFTSVINKFKEMIDKELTEFKKLDENGRAKLLAEAESKNLKNKRKRGGRIDSEVCSNILKLVQLNLKGARAILGKAIGMAPKYKKYIEIELQLGNIDRCRKLYEKYLEWSPENCYAWSKYAELERSLSETERARAIFELAIAQPALDMLELLWKAYIDFKIAEGEFERTRQLYERLLPYKAFEGVFENAINYYRTSASEQKEERAMLLEEWLNMETSFGELGDVGLVRAKLPKKLKKIRQIEL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G084490`
TK1151 ID	TkA08G084490
OH-1004 ID	LXL04_005786
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	70.000
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 69.434 / OH-1004 31.616 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G084490`
位置	Chr08:21770571-21775010 (+)
描述	Similar to CRNKL1: Crooked neck-like protein 1
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_005786` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0000245 spliceosomal complex assembly 生物过程 GO:0000381 regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome 生物过程 GO:0000398 mRNA splicing, via spliceosome 生物过程 GO:1990416 cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus 生物过程 GO:1990830 cellular response to leukemia inhibitory factor 生物过程 GO:0000974 Prp19 complex 细胞组分 GO:0005634 nucleus 细胞组分 GO:0005654 nucleoplasm 细胞组分 GO:0005681 spliceosomal complex 细胞组分 GO:0005829 cytosol 细胞组分 GO:0016607 nuclear speck 细胞组分 GO:0071006 U2-type catalytic step 1 spliceosome 细胞组分
KEGG 基因交叉引用	dme:Dmel_CG3193 dre:393920 hsa:51340 mmu:66877 rno:100910202 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.644

排名 1 · TkA08G084490 · TK1151

细胞质0.293

排名 2 · TkA08G084490 · TK1151

细胞膜0.042

排名 3 · TkA08G084490 · TK1151

内质网0.039

排名 4 · TkA08G084490 · TK1151

高尔基体0.029

排名 5 · TkA08G084490 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13174TPR_611-26 aa

PF17755UvrA_DNA-bind13-66 aa

PF23240HAT_PRP39_N33-38 aa

PF13174TPR_682-95 aa

PF07719TPR_282-99 aa

PF13428TPR_1483-100 aa

PF29376PRP6_TPR83-160 aa

PF14559TPR_1983-138 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G084490	`PF13174`	TPR_6	11	26	0.36	12.3
TkA08G084490	`PF17755`	UvrA_DNA-bind	13	66	0.12	13.4
TkA08G084490	`PF23240`	HAT_PRP39_N	33	38	1.9e-12	48.3
TkA08G084490	`PF13174`	TPR_6	82	95	0.36	12.3
TkA08G084490	`PF07719`	TPR_2	82	99	0.41	11.6
TkA08G084490	`PF13428`	TPR_14	83	100	5e-07	30.5
TkA08G084490	`PF29376`	PRP6_TPR	83	160	1.5e-05	24.6
TkA08G084490	`PF14559`	TPR_19	83	138	5.2e-05	24.2
TkA08G084490	`PF13181`	TPR_8	83	99	5.7e-05	23.7
TkA08G084490	`PF23241`	HAT_PRP39_C	99	158	4.3e-09	37.3
TkA08G084490	`PF05843`	Suf	99	184	6.8e-06	25.6
TkA08G084490	`PF23240`	HAT_PRP39_N	100	196	1.9e-12	48.3
TkA08G084490	`PF23231`	HAT_Syf1_CNRKL1_C	100	222	2.4e-09	37.2
TkA08G084490	`PF13428`	TPR_14	101	125	5e-07	30.5
TkA08G084490	`PF30153`	TPR_YpiA_C	101	129	1.7	10.1
TkA08G084490	`PF23231`	HAT_Syf1_CNRKL1_C	102	121	2.4e-09	37.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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