TkA08G084430 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G084430

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 21740067-21742714 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2097 bp · TkA08G084430|TK1151|cDNA

ATATGTGTAAAATCATGTTTTTTTTTTAGATTGGGAGGGAAAGAAATTTCGCTCGTTGTTTCAATTTCAAAACACAGGGAGAAATGATAAAAGCAGTTGGCCCCACAACTGCACGCACTTTCATCATCATCTCTCGAAATCCTTTCCCCTCGTCGCATTTTTTCGATCTTACTATTTCCTCGTCACCTGAATAACTGGTTGTTTGTGATGGATTCTACTGCACAAAATCGTGTGCACCCAATCAAGCTATGGCCTCCAAG...

CDS

下载 CDS FASTA

1347 bp · TkA08G084430|TK1151|CDS

ATGGTCGAAACTGTCAAACGAGGCCCTAAAATCAAACAAGAGGAAAATCAAAATCAAAATCAAAATGAAAGTCAAAGTCATCATACGTATTTTGACATTTCTGGAGGTGATCGAGCATTTCTAGATGCAGAAAAAGCACAAGAACTTCTGAAACCACTTCAAGATCCTCAAAACAAGTTTACTAAAATCTGCTTTAGTAATACAAGTTTTGGTGTAGATGCAGCCCGTGTTGCTGTTCCCATTTTGACTTCAGTCAAACA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

448 aa · TkA08G084430|TK1151|PROTEIN

MVETVKRGPKIKQEENQNQNQNESQSHHTYFDISGGDRAFLDAEKAQELLKPLQDPQNKFTKICFSNTSFGVDAARVAVPILTSVKHQLKEVNLSDFIAGRPEEEALEVMSMFSKALEGSNLRYLCLSNNALGEKGVRAFSELLSSQNTLEELYLINNGISEEAAKAVCELLPSTKTLKTLHFHNNMTGDEGAIAISEILKNSSLLQDFKCSSTRIGSEGGVALSNAISKCTLLEILDLRDNMFGVEAGLALSKGISVFS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G084430`
TK1151 ID	TkA08G084430
OH-1004 ID	LXL04_018823
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 复杂对应关系
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 98.438 / OH-1004 68.799 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G084430

位置 Chr08:21740067-21742714 (+)

描述 Similar to RANGAP1: RAN GTPase-activating protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g19320`	用作核Ras相关调节蛋白Ran的GTP酶激活因子，将其转化为推测的不活跃GDP结合状态。	暂无已核实直接文献
`At3g63130`	用作核Ras相关调节蛋白Ran的GTP酶激活因子，将其转化为推测的不活跃GDP结合状态。	Plant RanGAPs are localized at the nuclear envelope in interphase and associated with microtubules in mitotic cells.2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01324.x RanGAP1 is a continuous marker of the Arabidopsis cell division plane.2008 · DOI: 10.1073/pnas.0806157105

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018823 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000911 cytokinesis by cell plate formation 生物过程

GO:0006606 protein import into nucleus 生物过程

GO:0006913 nucleocytoplasmic transport 生物过程

GO:0007165 signal transduction 生物过程

GO:0007249 canonical NF-kappaB signal transduction 生物过程

GO:0031396 regulation of protein ubiquitination 生物过程

GO:0032496 response to lipopolysaccharide 生物过程

GO:0032687 negative regulation of interferon-alpha production 生物过程

GO:0032688 negative regulation of interferon-beta production 生物过程

GO:0032691 negative regulation of interleukin-1 beta production 生物过程

GO:0032695 negative regulation of interleukin-12 production 生物过程

GO:0032715 negative regulation of interleukin-6 production 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G63130

ath:AT5G19320

mmu:268857

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.589

排名 1 · TkA08G084430 · TK1151

细胞质0.550

排名 2 · TkA08G084430 · TK1151

线粒体0.064

排名 3 · TkA08G084430 · TK1151

细胞膜0.027

排名 4 · TkA08G084430 · TK1151

内质网0.019

排名 5 · TkA08G084430 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF10007DUF22503-34 aa

PF29265LRR_CARMIL23-98 aa

PF29255LRR_NLRC364-96 aa

PF27087LRR_TMOD-LMOD86-186 aa

PF12799LRR_487-96 aa

PF13516LRR_689-96 aa

PF29247LRR_MHP1-HER1-GIP3106-206 aa

PF29265LRR_CARMIL117-397 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G084430	`PF10007`	DUF2250	3	34	0.03	15.1
TkA08G084430	`PF29265`	LRR_CARMIL	23	98	2.6e-20	73.3
TkA08G084430	`PF29255`	LRR_NLRC3	64	96	2.5e-36	126.0
TkA08G084430	`PF27087`	LRR_TMOD-LMOD	86	186	5e-13	49.7
TkA08G084430	`PF12799`	LRR_4	87	96	1e-08	35.8
TkA08G084430	`PF13516`	LRR_6	89	96	2.2e-19	68.6
TkA08G084430	`PF29247`	LRR_MHP1-HER1-GIP3	106	206	3.8e-07	30.3
TkA08G084430	`PF29265`	LRR_CARMIL	117	397	2.6e-20	73.3
TkA08G084430	`PF29255`	LRR_NLRC3	118	256	2.5e-36	126.0
TkA08G084430	`PF13855`	LRR_8	120	158	0.11	13.0
TkA08G084430	`PF13516`	LRR_6	121	141	2.2e-19	68.6
TkA08G084430	`PF00560`	LRR_1	121	142	6.9e-12	43.8
TkA08G084430	`PF12799`	LRR_4	121	159	1e-08	35.8
TkA08G084430	`PF29252`	LRR_NLRC4	132	208	8.2e-05	22.7
TkA08G084430	`PF13516`	LRR_6	148	169	2.2e-19	68.6
TkA08G084430	`PF12799`	LRR_4	149	186	1e-08	35.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M651`	拟南芥	sp\|Q9M651\|RAGP2_ARATH RAN GTPase-activating protein 2	66.700%	Swiss-Prot	高置信
`Q9LE82`	拟南芥	sp\|Q9LE82\|RAGP1_ARATH RAN GTPase-activating protein 1	61.600%	Swiss-Prot	高置信

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