TkA08G080460 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G080460

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 20681412-20689468 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

4107 bp · TkA08G080460|TK1151|cDNA

ATAAACATCAAGAAAAATAAAACCATAGACATTGGTGCGTACACTTCCCCCCCATTTCGGTTATCGTTTTTCTACTCCGGTCCACGATTTGGGCGTTTAGTAAACCCTCAGTCCCCGCTGTATCCGGCCAAAAATCCCAAATTCCCAATCATCCCGCCATAACTGTACCATTTCCCGAATCCCCCAACCTACACACCTATCCACCCCAGAGAAACCTGCTTTAGGGTTTCAGTAGCATGCCAGCAATGGATCTGCAAGGC...

CDS

下载 CDS FASTA

1863 bp · TkA08G080460|TK1151|CDS

ATGCCAGCAATGGATCTGCAAGGCAAAATTCATCGAATCGAACTCGAGAACTTCAAATCCTACAAAGGACACCAAGTTATTGGTCCTTTCAATGACTTCACCGCGATTATTGGTCCCAACGGTTCTGGGAAGTCTAACCTCATGGACGCTATAAGCTTCGTGCTCGGTGTTCGAACCGGTCAACTCAGGGGTGCACAGTTGAAGGACTTGATTTATGCTTTTGAAGACCGGGATAAGGAGCAACGAGGTCGTAAGGCTTT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

620 aa · TkA08G080460|TK1151|PROTEIN

MPAMDLQGKIHRIELENFKSYKGHQVIGPFNDFTAIIGPNGSGKSNLMDAISFVLGVRTGQLRGAQLKDLIYAFEDRDKEQRGRKAFVKLVYRLGNGTELLFTRTITSAGGSEYRLDDRVVNWDDYNAKLKSLGILVKARNFLVFQGDVESVASKNPRELTVLIEQISGSDEDKRLYEDLEEKKGAAEEKSTLAYQKKRTIVMERKQKKEQKEEAEKHMRLQEELRSLKMEHFLWQLFNIQNDVEKANEEIEDEQSSLQE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G080460`
TK1151 ID	TkA08G080460
OH-1004 ID	LXL04_018741
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	98.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 95.484 / OH-1004 48.684 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G080460

位置 Chr08:20681412-20689468 (+)

描述 Similar to SMC1: Structural maintenance of chromosomes protein 1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g54670`	黏连蛋白复合物（cohesin）的核心组分；该复合物是细胞周期中染色体黏连所必需的。	Condensin and cohesin knockouts in Arabidopsis exhibit a titan seed phenotype.2002 · DOI: 10.1046/j.1365-313x.2002.01224.x Cohesin gene defects may impair sister chromatid alignment and genome stability in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1007/s00412-009-0220-x

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018741 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000070 mitotic sister chromatid segregation 生物过程

GO:0006281 DNA repair 生物过程

GO:0007059 chromosome segregation 生物过程

GO:0007062 sister chromatid cohesion 生物过程

GO:0007064 mitotic sister chromatid cohesion 生物过程

GO:0009314 response to radiation 生物过程

GO:0019827 stem cell population maintenance 生物过程

GO:0034087 establishment of mitotic sister chromatid cohesion 生物过程

GO:0051301 cell division 生物过程

GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程

GO:0072423 response to DNA damage checkpoint signaling 生物过程

GO:0090307 mitotic spindle assembly 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G54670

bta:282370

hsa:8243

mmu:24061

rno:63996

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.901

排名 1 · TkA08G080460 · TK1151

细胞质0.155

排名 2 · TkA08G080460 · TK1151

线粒体0.020

排名 3 · TkA08G080460 · TK1151

细胞膜0.020

排名 4 · TkA08G080460 · TK1151

细胞外0.014

排名 5 · TkA08G080460 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF13175AAA_159-361 aa

PF02463SMC_N10-137 aa

PF13555AAA_2911-55 aa

PF13476AAA_2312-300 aa

PF13304AAA_2133-70 aa

PF06470SMC_hinge50-88 aa

PF13555AAA_29120-128 aa

PF24161CCDC39173-370 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G080460	`PF13175`	AAA_15	9	361	3.3e-10	40.8
TkA08G080460	`PF02463`	SMC_N	10	137	1.5e-30	107.0
TkA08G080460	`PF13555`	AAA_29	11	55	3e-09	37.2
TkA08G080460	`PF13476`	AAA_23	12	300	5.7e-07	31.1
TkA08G080460	`PF13304`	AAA_21	33	70	4.9e-08	34.0
TkA08G080460	`PF06470`	SMC_hinge	50	88	5.9e-16	59.6
TkA08G080460	`PF13555`	AAA_29	120	128	3e-09	37.2
TkA08G080460	`PF24161`	CCDC39	173	370	2.8	6.4
TkA08G080460	`PF13851`	GAS	175	231	0.018	15.1
TkA08G080460	`PF27241`	CLIP1	180	286	2.6	8.8
TkA08G080460	`PF02463`	SMC_N	206	265	1.5e-30	107.0
TkA08G080460	`PF06470`	SMC_hinge	234	247	5.9e-16	59.6
TkA08G080460	`PF07889`	DUF1664	239	294	5.1	7.9
TkA08G080460	`PF07889`	DUF1664	240	266	5.1	7.9
TkA08G080460	`PF13851`	GAS	241	303	0.018	15.1
TkA08G080460	`PF13175`	AAA_15	271	488	3.3e-10	40.8

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q6Q1P4`	拟南芥	sp\|Q6Q1P4\|SMC1_ARATH Structural maintenance of chromosomes protein 1	59.400%	Swiss-Prot	高置信

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