TkA08G080070 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G080070

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 20547976-20552412 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1836 bp · TkA08G080070|TK1151|cDNA

ATTATACACAATTTTTAGACATAAATTGTTAGTATACATTAAAATTGTTGTGTATGAATTGATTATCACTTATTATTTAGGTTGTTTGCTTTACAAAATTATACAATTCACATATTTTGCATCATTCTTAAACATATTCGTATCTATTATTTGGGAAGTTTCCACTTTGCACTTGAAAAATAAAAACTACAGAAAAAACACAAAACTGCAAGAACAGGTGAATTTAATTGCTTTCCCAAGTCCTCCTTGTAGGTCAGTTC...

CDS

下载 CDS FASTA

597 bp · TkA08G080070|TK1151|CDS

ATGGTGAGAGGATTATTAAACAAACTCGCAACTAAATCGATCACTGTTGCCGGAAAATGGCAACAGCAGCAGCTCCGTCGCCTCAACATCCACGAGTATCAGGGAGCTGAATTGATGGGCAAATTCGGTATTAATGTTCCAAAAGGTGTTGCTGTTTCTTCTGTTGAAGAAGTTAGAAAGGCCATACAAACAACATTTCCCAATGAAAAGGAGTTGGTGGTTAAGAGCCAAATTCTAGCTGGTGGACGTGGTCTAGGAAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

198 aa · TkA08G080070|TK1151|PROTEIN

MVRGLLNKLATKSITVAGKWQQQQLRRLNIHEYQGAELMGKFGINVPKGVAVSSVEEVRKAIQTTFPNEKELVVKSQILAGGRGLGKFTSGLQGGVHIVKIEQVEEIAGKMLGQTLVTKQTGPQGKVVSKVYLCEKVSLVNEMYFAITLDRTTAGPLIIACREGGTSIEDLAEKFPDMIIKVPIDVSKELQMKMLLKL

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G080070`
TK1151 ID	TkA08G080070
OH-1004 ID	LXL04_036848
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	95.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 94.949 / OH-1004 25.371 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G080070

位置 Chr08:20547976-20552412 (+)

描述 Similar to At2g20420: Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta, mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g20420`	琥珀酰辅酶A合成酶在三羧酸循环（TCA）中起作用，将琥珀酰辅酶A的水解与ATP的合成耦合，因此代表TCA中唯一的底物水平磷酸化步骤。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os02g0621700`	琥珀酰辅酶A合成酶在三羧酸循环（TCA）中起作用，将琥珀酰辅酶A的水解与ATP的合成耦合，因此代表TCA中唯一的底物水平磷酸化步骤。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_036848 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006099 tricarboxylic acid cycle 生物过程

GO:0006104 succinyl-CoA metabolic process 生物过程

GO:0006105 succinate metabolic process 生物过程

GO:0015786 UDP-glucose transmembrane transport 生物过程

GO:0048527 lateral root development 生物过程

GO:0055085 transmembrane transport 生物过程

GO:0072334 UDP-galactose transmembrane transport 生物过程

GO:0080147 root hair cell development 生物过程

GO:0000139 Golgi membrane 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G20420

ath:AT4G31600

ddi:DDB_G0271842

dosa:Os02g0621700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.920

排名 1 · TkA08G080070 · TK1151

细胞质0.074

排名 2 · TkA08G080070 · TK1151

细胞核0.039

排名 3 · TkA08G080070 · TK1151

质体0.024

排名 4 · TkA08G080070 · TK1151

细胞外0.018

排名 5 · TkA08G080070 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF27128Rv1109c_N3-26 aa

PF29032MRL1_C11-46 aa

PF08442ATP-grasp_229-194 aa

PF24948Citrate_synth_N32-195 aa

PF01071GARS_A37-85 aa

PF27128Rv1109c_N42-61 aa

PF27128Rv1109c_N95-112 aa

PF27128Rv1109c_N172-194 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G080070	`PF27128`	Rv1109c_N	3	26	0.06	13.7
TkA08G080070	`PF29032`	MRL1_C	11	46	0.084	13.5
TkA08G080070	`PF08442`	ATP-grasp_2	29	194	1.6e-48	165.7
TkA08G080070	`PF24948`	Citrate_synth_N	32	195	0.00017	21.8
TkA08G080070	`PF01071`	GARS_A	37	85	0.068	13.7
TkA08G080070	`PF27128`	Rv1109c_N	42	61	0.06	13.7
TkA08G080070	`PF27128`	Rv1109c_N	95	112	0.06	13.7
TkA08G080070	`PF27128`	Rv1109c_N	172	194	0.06	13.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O82662`	拟南芥	sp\|O82662\|SUCB_ARATH Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta, mitochondrial	82.200%	Swiss-Prot	高置信
`Q6K9N6`	水稻	sp\|Q6K9N6\|SUCB_ORYSJ Succinate--CoA ligase [ADP-forming] subunit beta, mitochondrial	79.800%	Swiss-Prot	高置信

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情