TkA08G077020 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G077020

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 19768134-19771045 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1321 bp · TkA08G077020|TK1151|cDNA

TGTTTAGCTTTAAGACATCCACCGACCCGACCCGTTCATCACGACAACCTTCGGATCTTACCCTGTGTATGTATGTGTACCCCCTTTCTATTTCTTCATAAACCCTAGATAGCAGGGTTAAGAAATCTGAACTCTCCTGTTTGATCATCAGATTCTCGCTCTAGGTTTTCAATCATTCGATAACCGCTGCAGCTCAGGGCCACGTGGGCCACCGGTACACCATCACACCATGAACAACACACAAGGTCAAACAATTATGT...

CDS

下载 CDS FASTA

708 bp · TkA08G077020|TK1151|CDS

ATGAACAACACACAAGGTCAAACAATTATGTACGCAAGAGGTGGTAGGAGAAGAAAGATTCTTGATGTTGACCTCAATGACACTCCACCAATTGAAGACCATGACCACGTGGCAGCAAGTCTAGTTCTCTCCTTGACTTATGGTGGACAAGGTGTTGACCATGGTCAAGTGCCCTTCACTGCATCCACTCCAGTTACCCAACCTCTTCAACCACAACCTGTTCCAATCGATGTTGAGGAATTGGATGATGATGTCATCAT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

235 aa · TkA08G077020|TK1151|PROTEIN

MNNTQGQTIMYARGGRRRKILDVDLNDTPPIEDHDHVAASLVLSLTYGGQGVDHGQVPFTASTPVTQPLQPQPVPIDVEELDDDVIISSPRAFEQARNSSRRVSRRTSVIDVESAEEVGRYGNNRNQRRRLNQQPQVLSDDSLYVILEGSGSSMDESEPSVTVVPPPPPPPPPEPPTFNCPVCMGPLVEEVTTKCGHIFCKGCIKAAIAAQSKCPTCRRKVTNRELIRIYLPSAS

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G077020`
TK1151 ID	TkA08G077020
OH-1004 ID	LXL04_018667
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / Probable
蛋白一致性 (%)	94.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID	`TkA08G077020`
位置	Chr08:19768134-19771045 (-)
描述	Similar to RNF4: E3 ubiquitin-protein ligase RNF4
拟南芥 / 水稻参考基因与文献	下载当前基因文献拟南芥当前来源表未检出该物种的同源命中。水稻当前来源表未检出该物种的同源命中。
功能注释来源	查看注释来源功能注释来源：OH1004 · `LXL04_018667` · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。
GO 注释（OH1004 来源）	GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程 GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0006974 DNA damage response 生物过程 GO:0007283 spermatogenesis 生物过程 GO:0016567 protein ubiquitination 生物过程 GO:0030154 cell differentiation 生物过程 GO:0032355 response to estradiol 生物过程 GO:0032527 protein exit from endoplasmic reticulum 生物过程 GO:0036503 ERAD pathway 生物过程 GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程 GO:0044752 response to human chorionic gonadotropin 生物过程 GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程
KEGG 基因交叉引用	ath:AT4G03510 hsa:6047 mmu:19822 mmu:67504 rno:29274 以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.952

排名 1 · TkA08G077020 · TK1151

细胞质0.204

排名 2 · TkA08G077020 · TK1151

线粒体0.020

排名 3 · TkA08G077020 · TK1151

细胞膜0.016

排名 4 · TkA08G077020 · TK1151

内质网0.010

排名 5 · TkA08G077020 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF15858LCE6A86-106 aa

PF15858LCE6A125-148 aa

PF15858LCE6A172-224 aa

PF09723Zn_ribbon_8175-188 aa

PF26191RING-HC_RBR_RNF216177-209 aa

PF14447Prok-RING_4178-184 aa

PF11789zf-Nse178-217 aa

PF13923zf-C3HC4_2179-217 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G077020	`PF15858`	LCE6A	86	106	2.3	9.6
TkA08G077020	`PF15858`	LCE6A	125	148	2.3	9.6
TkA08G077020	`PF15858`	LCE6A	172	224	2.3	9.6
TkA08G077020	`PF09723`	Zn_ribbon_8	175	188	5.4	7.8
TkA08G077020	`PF26191`	RING-HC_RBR_RNF216	177	209	0.93	10.4
TkA08G077020	`PF14447`	Prok-RING_4	178	184	0.0072	16.9
TkA08G077020	`PF11789`	zf-Nse	178	217	0.1	13.1
TkA08G077020	`PF13923`	zf-C3HC4_2	179	217	2.6e-10	40.6
TkA08G077020	`PF13639`	zf-RING_2	179	218	2.9e-09	37.7
TkA08G077020	`PF13920`	zf-C3HC4_3	179	223	6.6e-08	32.9
TkA08G077020	`PF14634`	zf-RING_5	179	219	1.1e-06	29.2
TkA08G077020	`PF16685`	zf-RING_10	179	219	0.002	18.9
TkA08G077020	`PF17123`	zf-RING_11	179	204	0.42	11.1
TkA08G077020	`PF15616`	TerY_C	179	222	3.1	8.7
TkA08G077020	`PF00097`	zf-C3HC4	180	217	1.8e-09	38.0
TkA08G077020	`PF13445`	zf-RING_UBOX	180	215	7.8e-07	29.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

没有找到该查询的结果。

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