TkA08G067900 | RubberDandelionOmics

基因概览

TkA08G067900

当前版本: TK1151 染色体: Chr08 坐标: 17448829-17454571 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1342 bp · TkA08G067900|TK1151|cDNA

TTAACCAAGAAATCCTTTACTATAACCTCCTGCGATCGGCGAGTCTTCTCTCCGGCAAGTAAATGGCGACCGAGCAATCGGTACTGGCGGTCATCAGGGCTTCACGACCTCAGTTTCGGAATTCTGCTGATAAAGTTGCATTCGCTATAAATTCGATCCTCCTTGCAAGTGGCTACAATCTCAACGTCACCGGCCCCCAGGCCTTCACCGACGACGCCCTTGCCACTTCCTCATCTGATGAAGTAGGAATTGAGGGTTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1026 bp · TkA08G067900|TK1151|CDS

ATGGCGACGGAGCAATCCGTACTGGCGGTCATCAGGGCTTCACGACCTCAGTTTCGGAACTCTGCTGATAAAGTTGCATTCGCTATAAATTCGATCCTCCTTGCAAGTGGCTACAATCTCAACGTCACCGGGCCTCAGGCCTTCACCGACGACGCCCTTGCCACTTCCTCATCTGGAATTGAGGGTTGGAACGAATTCGAAAAACGTTACGCGTTTGTTTACTCAAGCCCTGAAGAGAGTTCAAAGAAAGTGCTCGTGAC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

341 aa · TkA08G067900|TK1151|PROTEIN

MATEQSVLAVIRASRPQFRNSADKVAFAINSILLASGYNLNVTGPQAFTDDALATSSSGIEGWNEFEKRYAFVYSSPEESSKKVLVTCLVMSNQLFVDALAAGSSNPVHLKIKIDDYVAESDDTKYSSQYKNLGKLVDTINKQVISKLNGSSTAITSNATTSSKQSVQKHLSAIYLKALDEIAFTIHSVFMRKEFSLKYTGPQAFADDALPTPLSDEEKLKGWNEVKGNYAFVYSSPERIPRDVLLKCLVINKQLFVDVL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`TkA08G067900`
TK1151 ID	TkA08G067900
OH-1004 ID	LXL04_018553
关系 / 置信度	序列支持，注释或模型存在差异 / 待复核
蛋白一致性 (%)	97.600
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.707 / OH-1004 54.487 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	TK1151 / GWHBCHF00000000

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · TK1151

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID TkA08G067900

位置 Chr08:17448829-17454571 (-)

描述 Similar to At3g53970: Probable proteasome inhibitor

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g53970`	可能在调控蛋白酶体功能中发挥重要作用。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_018553 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。此处为经 ID 对照查得的 OH1004 注释；下方拟南芥/水稻同源表使用当前查询参考的独立蛋白比对。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006511 ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0043161 proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process 生物过程

GO:0071365 cellular response to auxin stimulus 生物过程

GO:1901799 negative regulation of proteasomal protein catabolic process 生物过程

GO:0000502 proteasome complex 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005829 cytosol 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0048471 perinuclear region of cytoplasm 细胞组分

GO:0004866 endopeptidase inhibitor activity 分子功能

GO:0042803 protein homodimerization activity 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT3G53970

mmu:228769

rno:689852

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.673

排名 1 · TkA08G067900 · TK1151

细胞核0.312

排名 2 · TkA08G067900 · TK1151

细胞膜0.089

排名 3 · TkA08G067900 · TK1151

线粒体0.061

排名 4 · TkA08G067900 · TK1151

高尔基体0.052

排名 5 · TkA08G067900 · TK1151

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF11566PI31_Prot_N15-150 aa

PF17939TetR_C_3046-101 aa

PF17841Bep_C_terminal62-94 aa

PF29237DUF8522105-125 aa

PF17018MICSWaP112-168 aa

PF30119DGT4124-169 aa

PF17841Bep_C_terminal141-173 aa

PF11566PI31_Prot_N178-310 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
TkA08G067900	`PF11566`	PI31_Prot_N	15	150	8.7e-42	143.1
TkA08G067900	`PF17939`	TetR_C_30	46	101	0.033	15.2
TkA08G067900	`PF17841`	Bep_C_terminal	62	94	0.0093	16.9
TkA08G067900	`PF29237`	DUF8522	105	125	0.19	12.7
TkA08G067900	`PF17018`	MICSWaP	112	168	0.073	13.4
TkA08G067900	`PF30119`	DGT4	124	169	0.28	11.9
TkA08G067900	`PF17841`	Bep_C_terminal	141	173	0.0093	16.9
TkA08G067900	`PF11566`	PI31_Prot_N	178	310	8.7e-42	143.1
TkA08G067900	`PF30119`	DGT4	216	259	0.28	11.9
TkA08G067900	`PF17841`	Bep_C_terminal	221	248	0.0093	16.9
TkA08G067900	`PF29237`	DUF8522	265	282	0.19	12.7

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M330`	拟南芥	sp\|Q9M330\|PSMF1_ARATH Probable proteasome inhibitor	53.400%	Swiss-Prot	高置信

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